Genetic variations in the antigenic genes of seasonal H3N2 influenza a viruses (2018-2019 season; Izmir, Turkey)
Mevsimsel H3N2 influenza a virüslerinin antijenik genlerinde ortaya çıkan genetik varyasyonlar (2018-2019 sezonu; İzmir, Türkiye)
- Tez No: 709278
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP AHSEN KOÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Tıbbi Biyoloji, Biology, Microbiology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Mevsimsel influenza virüsleri her yıl 3 ile 5 milyon arası bireyde şiddetli hastalıklara yol açmakta ve bu vakaların 300000 ile 650000'i ölümle sonuçlanmaktadır. Mevsimsel influenza virüsleri arasında, H3N2 virüsleri daha hızlı mutasyon geçirmeleri ve daha şiddetli hasatlıklara sebep olmalarıyla bilinmektedir. Antijenik genlerdeki yüksek mutasyon oranı sebebiyle aşı verimi düşebilmektedir. Bu sebeple, bu tez çalışması 2018-2019 influenza sezonu sırasında Türkiye dolaşımda olan H3N2 virüslerinin antijenik genlerindeki varyasyonların araştırılmasını hedeflemektedir. Bu çalışmada, influenza virüslerinin izolasyon oranı %52,5 olarak tespit edilmiştir. İzole edilen örneklerin %85,5'i H3N2 alt tipine sahiptir. İzole edilen H3N2 örneklerinden 31 tanesinin HA genine ve 30 tanesinin NA genine ait tüm gen dizileri elde edilmiştir. Bu okumalar referans dizi (A/Kansas/14/2017(H3N2)-benzeri virüs) ile karşılaştırıldığında HA ve NA genlerinde sırasıyla 39 ve 64 farklı lokasyonda amino asit değişimi gözlemlenmiştir. HA geninde altı, NA genin de ise 16 amino asit değişikliği antijenik bölgelerde gözlenmiştir. HA ve NA genlerinde gözlemlenen değişimlerine bakıldığında iki izolat hariç, izole edilen tüm virüslerin 3C.2a grubuna ait olduğu saptanmıştır. Hastaların yaşı, cinsiyeti ve risk grubuyla alakalı birkaç amino asit değişimi tespit edilmiştir. Örneğin, çoğunlukla 65 yaşından büyük hastalardan alınan izolatlarda 374 numaralı amino asit lokasyonunda bir amino asit karışımı (S/F) gözlendi. Ayrıca, hem cinsiyet hem de risk grubu ile ilişkili olabilecek iki lokasyonda amino asit karışımları (kadınlarda K108K/R ve erkeklerde Q327Q/H; tümü risk gruplarında) gözlendi. H3N2 izolatlarının NA geninde, erkek bebek örneğinden elde edilen bir izolatta R/K karışımı olarak R292R/K amino asit değişimi gözlendi. NA genindeki R292K değişikliği, nöraminidaz inhibitörlerine karşı direnç sağladığı bilinen moleküler bir belirteç mustasyonudur. NA amino asit değişimleri ve hastaların demografik bilgileri arasındaki ilişki açısından, iki bölgede amino asit değişimi gözlemlendi: hem yaş hem de cinsiyet ile ilişkili W178W/G ve hastaların risk durumu ile ilişkili N161S. Ayrıca HA ve NA genlerinde sporadik amino asit değişiklikleri olan bölge sayısı risk grubundaki hastalarda daha fazlaydı (HA: 1.9 kat, NA: 2.2 kat).
Özet (Çeviri)
Seasonal influenza viruses cause severe illness in 3 to 5 million individuals each year, and 300,000 to 650,000 of these cases result in death. Among seasonal influenza viruses, H3N2 viruses are known to mutate faster and to cause more severe disease than other seasonal influenza viruses. High mutation rates in the antigenic genes of H3N2 viruses may reduce the vaccine efficacy. Thus, this thesis study aims to investigate the variations in the antigenic genes of H3N2 viruses that circulated in Izmir, Turkey during 2018-2019 influenza season. In this study, virus isolation was successful from 52.5% of the retrospective nasopharyngeal swabs. Of those, 85.5% have H3N2 subtype. Full gene sequences were obtained for 31 HA genes and 30 NA genes of the isolated H3N2 viruses. Sequence analyses showed that there were 39 and 64 amino acid changes at different locations in the HA and NA genes, respectively, when compared to that of a reference strain (A/Kansas/14/2017(H3N2)-like virus). Six amino acid changes in the HA genes and 16 amino acid changes in the NA genes were observed at the antigenic sites. Based on the clade-specific mutations observed in the HA and NA genes, all H3N2 isolates were found to belong to the clade 3C.2a, except two isolates. Several amino acid substitutions were observed in the HA genes of H3N2 isolates in terms their association with age, gender, or risk group of the patients. For instance, a mixture of amino acids (S/F) were observed at residue 374 of HA, mostly in the isolates from the patients older than 65. Moreover, mixtures of amino acids were observed at two residues that may be associated both with gender and risk group (K108K/R in females and Q327Q/H in males; all in risk groups) of the patients. In the NA gene of H3N2 isolates, R292R/K substitution was observed as a mixture of R/K in an isolate obtained from a male infant's sample. R292K alteration in NA gene is a known molecular marker for resistance to neuraminidase inhibitors. In terms of association between NA substitutions and demographic information, two substitutions were observed: W178W/G in association with both age and gender, and N161S in association with the risk status of patients. In addition, the number of residues with sporadic amino acid changes in HA and NA genes was higher in patients in the risk groups (HA: 1.9-fold, NA: 2.2-fold).
Benzer Tezler
- Türk toplumunda Multipl skleroz hastalığında etkili olabilecek genlerin bilinen ve de novo mutasyon taraması
Known and de novo mutation screening of genes having role in Multiple sclerosis in Turkish population
BURAK YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
GenetikTurgut Özal ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET GÜNDÜZ
- SCCA genlerinin astımla ilgili genetik değişikliklerinin saptanması ve astım patolojisi üzerine etkilerinin araştırılması
Detection of SCCA genes variations relevant to asthma and investigation of effect on the asthma pathology
İBRAHİM ÇAĞATAY KARAASLAN
- Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing
MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması
MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Güneydoğu Anadolu bölgesi populasyonunda düşük moleküler ağırlıklı polipeptid?2 (low molecular weight polypeptide-LMP2) ve düşük moleküler ağırlıklı polipeptid?7 (LMP7) gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Analysis of the low molecular weight polypeptide?2 (LMP2) and low molecular weight polypeptide?7 (LMP7) gene polymorphisms in southeastern Anatolian population
DENİZ MIHÇIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
GenetikGaziantep ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZBAŞ GERÇEKER
- Türkiye'de izole edilen şap viruslarının genetik ve antijenik karakterizasyonu
Genetic and antigenic characterisation of foot-and-mouth disease viruses isolated from Turkey
ÜNAL PARLAK