Perakende olarak satışa sunulan kanatlı etlerinde GSβl, AMP-C ve karbapenemaz üreten E. coli suşlarının antimikrobiyal direncinin MIC, klasik PCR ve LAMP PCR analizleri ile araştırılması
Investigation of ESBLŞ, AMP-C, carbapenemase-producing E. coli strains antimicrobial resistance properties isolated from chicken meat in retail by MIC PCR and lamp analysis
- Tez No: 709881
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL KIZIL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Antimicrobial Resistance, E. coli, E-test, PCR, ESβL, Amp-c, Carbapenemaz
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kırıkkale Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Kanatlı hayvanların yetiştirilmesi esnasında görülen bazı bakteriyel enfeksiyonları baskılamak amacıyla kullanılan antimikrobiyal ajanlar; yoğun bir şekilde ve bilinçsizce kullanıldığında kanatlı hayvanlarda da antibiyotiklere karşı direnç oluşturmaktadır. Kanatlılarda, E. coli normal bağırsak florasında mevcut olup, floranın bozulması sonucu çeşitli enfeksiyonlar neden olmaktadır. Bu çalışmada; marketlerde satılan farklı markalara ait tavuk göğüs etlerinden izole edilen GSβL, Amp-c ve Karbapenemaz üreten E.coli suşlarının antibiyotik direnç özelliklerinin disk difüzyon ve E test (MIC) ile belirlenmiş; antibiyotik direnç genlerinin ise Klasik PCR ve LAMP PCR metotlarıyla belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu kapsamda alınan 100 adet tavuk göğüs etinin (fileto), 7 tanesinden E.coli suşları izole edilmiş ve hızlı idendifikasyon sistemi (BBL Crystal) ile doğrulanmıştır. İzolatların disk difüzyon test sonuçları EUCAST ve CLSI'a göre değerlendirilmiş ve tetrasikline %100; ampisilin, ciprofloksasin, sefoksitin, nalidiksik asit, oksitetrasikline %85; seftazidime %57, kloramfenikole %71, trimethoprim/ sulfomeametoksazol, sefotaksime %42; gentamisine %14 oranında dirençlilik görülmüştür. Ayrıca izolatların hepsi (%100) meropeneme duyarlı bulunmuştur. İzolatların E-Test (MIC) sonuçları EUCAST, CLSI ve EURL-AR'a göre değerlendirilmiş ve 1 adet izolatta GSβL, 4 adet izolatta ise Amp-c aktivitesi saptanmıştır. Karbapenemaz aktivitesi izolatların hiçbirinde saptanmamıştır. Antibiyotik direnç genlerinin tespiti için DNA'lar izole edildikten sonra Klasik PCR ve LAMP PCR testleri yapılmıştır. Klasik PCR için uygun primerler ile çalışılmış; elektroforezde oluşan bantlar değerlendirilmiştir. LAMP PCR metodunda ise uygun primerlerle hazırlanmış ekstraksiyonlar izotermal şartlarda (65°C), yaklaşık 40 dakika uygulanmış olup, elektroforezde yürütülerek sonuçlar elde edilmiştir. Klasik PCR sonuçlarına göre, izolatların hepsinde GSβL aktivitesi tespit edilmiş olup; sırasıyla en çok CTXM-1 (%71) ve SHV1 (%71), OXA-1 (%42,8), CTXM-9 (%28,5) ve TEM (%14,2) saptanmıştır. Piyasadan toplanan kanatlı etlerinden izole edilen E. coli'lerin GSβL, Amp-c ve karbapenemaz genleri yönünden risk teşkil edebileceği ve bu konu ile ilgili olarak sürekli izlenmesi gerektiği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimer: Antimikrobiyal direnç, E. coli, E-test, PCR, GSβL, Amp-c, Karbapenemaz.
Özet (Çeviri)
Antimicrobial agents used to suppress some bacterial infections during the rearing of poultry; When used intensively and unconsciously, it also creates resistance to antibiotics in poultry. In poultry, E. coli is present in the normal intestinal flora and causes various infections as a result of the deterioration of the flora. In this study; The antibiotic resistance properties of ESβL, Amp-c, Carbapenemase producing E.coli strains isolated from chicken breast meat of different brands sold in the markets were determined by disk diffusion and E test (MIC); It is aimed to determine antibiotic resistance genes by Classical PCR and Lamp PCR methods. In this context, E. coli strains were isolated from 7 of 100 chicken breast meat (fillets) and verified by rapid identification system (BBL Crystal). Disk diffusion test results of the isolates were evaluated according to EUCAST and CLSI, 100% to tetracycline; ampicillin, ciprofloxacin, cefoxitin, nalidixic acid, oxytetracycline 85%; ceftazidime 57%, chloramphenicol 71%, trimethoprim/ sulfomeamethoxazole, cefotaxime 42%; 14% resistance to gentamicin was observed.In addition all isolates (%100) were susceptable to meropenem. E-Test (MIC) test results of the isolates were evaluated according to EUCAST, CLSI ve EURL-AR and ESβL activity was found in 1 isolates and Amp-c activity was detected in 4 isolates. Carbapenemase activity was not detected in any of the isolates. Classical PCR and LAMP PCR tests were performed after the DNAs were isolated for the detection of antibiotic resistance genes. Worked with primers suitable for classical PCR. In the LAMP PCR method, the extractions prepared with suitable primers were applied in isothermal conditions (65 °C) for approximately 40 minutes, and then the same results were obtained by conducting electrophoresis again. It has been concluded that E. coli isolated from poultry meat collected from the market may pose a risk in terms of ESβL, Amp-c, and carbapemase genes continuous monitoring is required in this regard.
Benzer Tezler
- Piliç sosislerinin raf ömrüne modifiye atmosfer paketleme koşullarında biyokoruyucu kültür uygulamasının etkisi
Effect of biopreservative cultures and modified atmosphere packaging on the shelf life of chicken cocktail sausage
SEVGİ ATAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Veteriner HekimliğiFırat ÜniversitesiGıda Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÇALICIOĞLU
- Assessing the impact of promotions on sales: A quantitative approach for a large-scale retailer's sales performance
Promosyonların satışlar üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi: Büyük ölçekli bir perakendecinin satış performansına ilişkin kantitatif bir yaklaşım
ÖMER ZEYBEK
Doktora
İngilizce
2022
Ekonometriİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL BURÇ ÜLENGİN
PROF. DR. TOLGA KAYA
- Perakende piyasalarında dayanıksız tüketim ürünleri ile ilgili gelişmeler -bireysel markalı ürünlerde satın alma davranışı
Developments regarding fast moving consumer goods at retail markets-buying behavior at the private label products
K. SELÇUK TUZCUOĞLU
- Covid 19 sonrası değişen tüketici kanal tercihleri
Changing consumer channel preferences after Covid 19
SUAD MECO
- Algılanan deneyimsel değer ve akış deneyiminin mağaza memnuniyeti ve satın alma niyeti üzerindeki etkileri: Çevrimiçi, fiziksel ve mobil mağaza kanallarının karşılaştırılması
Effects of perceived experiential value and flow experience on store satisfaction and purchasing intent: Comparison of online, physical and mobile store channels
GÜLHAN YENİLMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
İşletmeOsmaniye Korkut Ata Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUTLU YÜKSEL AVCILAR