Farklı kaynaklardan elde edilen bakteri izolatlarının metagenomik analizi
Metagenomic analysis of bacterial isolates obtained from different sources
- Tez No: 712707
- Danışmanlar: PROF. DR. ERCAN ARICAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Mikroorganizmalar, Dünya üzerinde en çok sayıda bulunan biyolojik varlıktır ve en büyük biyolojik ve genetik çeşitliliğini sağlar. Bu çok sayıda mikroorganizma, tüm yaşamı sürdüren enerji ve madde döngülerinde önemli rol oynarlar. Yakın geçmişe kadar bu geniş mikrobiyal dünya çoğunlukla klasik mikrobiyoloji ve kültüre bağlı yöntemlerle araştırılmıştır. Doğrudan çevreden izole edilen büyük rastgele nükleik asit dizileri örnekleri olan metagenomların üretilmesindeki son gelişmeler, mikrobiyal toplulukların bileşimi, yapısı ve işleyişinin kapsamlı portrelerini sunmaktadır. Metagenomik çalışmalar, bir organizmadaki toplam genetik materyalleri ve hücresel fonksiyonların korunmasında kilit rol oynayan deoksiribonükleik asit ve riboz nükleik asit gibi tüm genetik materyalleri tanımlayan yeni ortaya çıkan bir alandır. Bu teknolojinin en iyi yanı, mikrobiyal toplulukların muazzam genetik değişkenliğine anında öncülük etmek için çevresel mikrobiyologlara daha fazla esneklik sağlamasıdır. Bu tez kapsamında İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümü, Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı (TEMA) Laboratuvarı tarafından Küçükçekmece Gölü, Manyas Gölü ve Batı Karadeniz gibi farklı kaynaklardan alınarak oluşturulmuş bakteri izolatlarının metagenomik analizi yapılmıştır. TEMA Laboratuvarı tarafından ticari olarak mevcut API 20E test sistemi kullanılarak standart biyokimyasal yöntemlerle fenotipik olarak tanımlanan izolatlar, genotipik olarak, 16S bakteriyel rRNA geni, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile amplifiye edildi ve sekanslandı. PCR ürününün dizisi, SILVA ( Version 99) veri tabanındaki bilinen 16S rRNA gen dizileri ile çoklu dizi hizalaması ile karşılaştırıldı. Bu çalışma, klasik yöntemler kullanılarak yapılan fenotipik tanımlamaların hatalara yol açabileceğini ve dolayısıyla daha güvenilir, ucuz ve hızlı tanımlama yöntemlerinden olan Metagenomik analizlerin önemini gösteren örnek bir çalışma olarak değerlendirilebilir.
Özet (Çeviri)
Microorganisms are the most abundant biological entities on Earth and provide the greatest biological and genetic diversity. These many microorganisms play an important role in the energy and matter cycles that sustain all life. Until recently, this vast microbial world has mostly been explored by classical microbiological and culture-dependent methods. Recent advances in generating metagenomes, which are large examples of random nucleic acid sequences isolated directly from the environment, provide comprehensive portraits of the composition, structure, and functioning of microbial communities. The metagenomic study is an emerging field that identifies the total genetic materials in an organism and all genetic materials such as deoxyribonucleic acid and ribose nucleic acid that play key roles in maintaining cellular functions. The best part of this technology is that it gives environmental microbiologists more flexibility to instantly lead to the enormous genetic variability of microbial communities. In this thesis, metagenomic analysis of bacterial isolates obtained from different sources such as Küçükçekmece Lake, Manyas Lake and Western Black Sea Region was performed by Istanbul University Department of Biology, Department of Basic and Industrial Microbiology (TEMA) Laboratory. These isolates, which were phenotypically identified by standard biochemical methods using the commercially available API 20E test system by TEMA Laboratory, were genotypically amplified and sequenced with the 16S bacterial rRNA gene, polymerase chain reaction (PCR). The sequence of the PCR product was compared with known 16S rRNA gene sequences in the SILVA (Version 99) database by multiple sequence alignment. This study can be considered as an exemplary study showing the importance of metagenomic analysis, which is one of the more reliable, inexpensive and fast identification methods, and those phenotypic descriptions using classical methods can lead to errors.
Benzer Tezler
- Isolation of novel Quorum quenching bacteria for the control of membrane biofouling and the effect of Bacillus sp. T5 and Delftia sp. T6 on microbial community structure in membrane bioreactor
Membran biyotıkanmasının kontrolü amacıyla yeni Quorum quenching bakterilerinin izolasyonu ve Bacillus sp.T5/Delftia sp. T6 türlerinin membran biyoreaktördeki mikrobiyal komüniteye etkisinin belirlenmesi
BAHAR YAVUZTÜRK GÜL
Doktora
İngilizce
2018
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL KOYUNCU
- Irak Salah Eldin Hastanesinde farklı kaynaklardan izole edilen Staphylococcus spp. direnç genlerinin genotiplendirilmesi ve tespiti
Genotyping and detection of Staphylococcus spp. resistance genes isolated from different sources at Salah Eldin Hospital–Iraq
ALHAMZAH QAHTAN NAJI NAJI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ RAFEA ZAİDAN MUKHİLF ALSUGMAINY
- Pseudomonas aeruginosa izolatlarından elde edilen azurin protein ekstraktının bazı kanser hücre hatları üzerinde sitotoksik etkilerinin belirlenmesi
Determination of cytotoxic effects of azurine protein extract from Pseudomonas aeruginosa isolates on some cancer cell lines
NAGHAM ABDULSALAM RASHID RASHID
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞENUR KAYABAŞ AVŞAR
PROF. DR. LİQAA MAJEED AZİZ ABDULLAH ALQAISI
- Farklı orjinlerden izole edilen alkalifil ve alkalitolerant bakterilerin, endüstriyel öneme sahip bazı enzim aktivitelerinin belirlenmesi ve izolatların moleküler karakterizasyonu
Evaluation of some industrially important enzymes from alkaliphilic and alkaline-tolerant bacteria that isolated from different origins and molecular characterization of isolates
SİNAN BAYRAM
Doktora
Türkçe
2015
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. MEHMET NURİ AYDOĞAN
- Study the correlation between genes for virulence factors and quorum-sensing in Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical sources in Iraq
Irak'ta klinik kaynaklardan izole edilen Pseudomonas aerugınosa'da virülans faktörleri genleri ile quorum-sensıng arasındaki ilişkiyi incelemek
AMENAH HASHIM FERMAN AL JANABI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OKAN ÜRKER
DR. ÖĞR. ÜYESİ NUHA JOSEPH KANDALA