Gene expression omnibus (GEO) veribankası kaynakları kullanılarak nöral krest kaynaklı dental kök hücrelerinin, nörojenik rejenerasyon ile ilişkili gen ifade profillerinin karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
Investigation of the comparative gene expression profiles of dental stem cells related to neurogenic regeneration using gene expression omnibus (GEO) database
- Tez No: 716825
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞEN ÖZCAN, DOÇ. DR. CEREN SUCULARLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Diş Hekimliği, Nöroloji, Dentistry, Neurology
- Anahtar Kelimeler: Dentak kaynaklı kök hücreler, nöral krest hücreleri, nörodejeneratif hastalıklar, dental pulpa kaynaklı kök hücreler, transkriptom, Dental-derived stem cells, neural crest cells, neurodegenerative diseases, dental pulp-derived stem cells, transcriptomics
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Merkezi ve periferik sinir sistemi hücre ve dokuların önemli bir kısmı nöral krest kökenlidir ve diş ve çevresinde yer alan nöral krest kökenli mezenkimal kök hücrelerin nörodejeneratif hastalıklara yönelik rejeneratif terapilerde kullanılabileceği düşünülmektedir. Bu araştırmanın amacı, dental ve periodontal alanda yer alan mezenkimal kök hücre tiplerinin nörodejeneratif hastalıkların tedavisinde kullanım potansiyellerinin, moleküler biyoloji düzeyinde biyoinformatik yöntemleri ile değerlendirilmesidir. Bu araştırmada; Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanında yer alan araştırmalardan elde edilen veriler, Transcriptome Analysis Console ve STRING-db yazılımları kullanılarak analiz edildi. Analizlerde, dental kök hücreler, nörojenik farklılaşma kapasiteleri kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücreler ile karşılaştırıldı. Dental kaynaklı kök hücrelerin, kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücrelere göre nöronal yapıların gelişimi ve fonksiyonuyla ilgili ifade düzeylerinin daha yüksek olduğu görüldü. Bu etkinliğin, ortaya çıkmasında ASPM, SLİT2, PTN ve SEMA3A gibi genler ve ilişkili oldukları proteinlerin rol oynayabileceği belirlendi. Dental kaynaklı kök hücreler, kendi aralarında değerlendirildiğinde ise benzer profillere sahip oldukları görüldü. Dental pulpa kaynaklı kök hücrelerde daha yüksek düzeyde ifade edilen LRRTM2 ve WFDC-1 genler ve ilişkili proteinlerin özellikle sinaptik iletim ile ilgili biyolojik süreçler yer aldığı görüldü. Dental kaynaklı kök hücreler, köken aldıkları nöral krest hücreleri ile kıyaslandığında incelenen 40 binden fazla genden sadece %30'unun benzer düzeyde ifade edildiği görüldü. Sonuç olarak; transkriptom verilerine göre dental kaynaklı kök hücrelerin gen ifade profilleri açısından, kemik iliği kaynaklı mezenkimal hücrelere göre nöronal yapılara yönelik rejeneratif tedaviler için daha uygun oldukları görülmektedir.
Özet (Çeviri)
Neural crest cells give rise tissues and organs of the central and peripheral nervous system as well as parts of dental and peridontal tissues. Thus, it is believed that stem cells located in and around the tooth have high potential for use in regenerative therapies for neurodegenerative diseases. The aim of this study is to evaluate the potential of use of dental stem cells in the treatment of neurodegenerative diseases at molecular biology level transcriptiomic data and using bioinformatics. In this research, the studies from The Gene Expression Omnibus (GEO) database and the data obtained from the GEO data sets were analyzed using the Transcriptome Analysis Console (TAC) and STRING-db software. In the analyses, the neurogenic differentiation capacities of dental stem cells were compared with bone marrow-derived mesenchymal stem cells. The results of the study showed that dental stem cells had higher expression levels related to the development and function of neuronal structures compared to bone marrow derived mesenchymal stem cells. It has been determined that genes such as ASPM, SLIT2, PTN and SEMA3A and their related proteins may play a role in these activities. When dental stem cells were evaluated among themselves, no major differences were noted. It was observed that LRRTM2 and WFDC-1 genes and related proteins, which are expressed at higher levels in dental pulp-derived stem cells, are involved in biological processes especially related to synaptic transmission. When dental stem cells were compared with the neural crest cells from which they originated, gene expression profiles were significantly different and the number of genes with similar expression levels were only around 30%. These findings; shows that dental-derived stem cells are more suitable for regenerative treatments of neural structures than bone marrow-derived mesenchymal cells in terms of gene expression profiles.
Benzer Tezler
- Akciğer kanserinde omik veri tabanlı analizler ve biyobelirteçlerin araştırılması
Omics data-based analysis and investigation of biomarkers in lung cancer
AYŞE CANER
Doktora
Türkçe
2024
Moleküler TıpEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ORDİN
- Identification of mirna regulatory pathways in complex diseases
Kompleks hastalıklarda mirna düzenleyici yolakların belirlenmesi
İLKNUR MELİS DURASI KUMCU
Doktora
İngilizce
2018
BiyoistatistikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK
- Yolak temelli biyomarkör keşif çalışması: Kolanjiyokarsinom kanserine ait gen ifade verilerinin in-siliko yaklaşımlar bütünü ile incelenmesi
Pathway-based biomarker discovery study: İnvestigation of gene expressions of arm clinic carcinoma cancer with a whole in-silico approaches
MERVE ARDA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyolojiİstinye ÜniversitesiKanser Biyolojisi ve Farmakolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUTLU
- Mide kanserlerinde tanı ve tedaviye yönelik işaretçilerin in silico yöntemlerle tesbiti
Determination of points for diagnosis and treatment in gastric cancers by in silico methods
RAUF MEHTIYEV
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
İç HastalıklarıDokuz Eylül Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER BERAT ELLİDOKUZ
- Network-based analysis of cognitive impairment and memory deficits from transcriptome data
Transkriptom verileri kullanılarak hafıza problemlerinin ve bilişsel bozuklukların hücresel ağlara dayalı analizi
ELİF EMANETCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR