Geri Dön

Comparative analysis of transcriptome profiles during early leaf development in Iza (Triticum monococcum ssp monococcum) wheat

Iza (Triticum monococcum ssp monococcum) buğdayının erken yaprak gelişim sürecindeki transkriptom profillerinin karşılaştırılmalı analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 720226
  2. Yazar: YUNUS ŞAHİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NUSRET ZENCİRCİ, DR. ÖĞR. ÜYESİ ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 149

Özet

Changing climate conditions has negative effects on the growth of plants through stress effects they create. There is an increasing need for varieties that perform better performance under adverse environmental conditions. DNA / RNA marker selection has become a promising approach to accelerate breeding application. Leaf development: in particular, it directs metabolic processes via its morphology and anatomy structure, and directly affects the yield of the plant by photosynthetic activity. Bread wheat ancestor Iza (Triticum monococcum ssp. monococcum), which has a higher yield compared to bread wheat in terms of cultivation in nutrient-poor soil, will provide conserved genetic mechanisms that will help us understand the developmental process about resistant to adverse conditions. Molecular information to be obtained at this stage will help us in developing molecular markers that can be used in studies of yield increase. Our general hypothesis in the dissertation is that in Triticum monococcum ssp. monococcum species, the active genes in the developmental mechanism of the plant from juvenile stage lead to the metabolic activities of the plant in the late stages and grain yield is directly related to these genetic arrangements in the early process. The study focused on peroxisome biogenesis and metabolism genes so far. They showed varied expression patterns in comparative developmental stages in the transcriptome analysis of some creals. The study covered the analysis of the data sets that obtained from the developmental stages over 100 RNA-seq libraries. The peroxisome metabolism genes were categorized into 21 different categories to reveal their association with growth and development. Catabolism of polyamine harbored very interesting story that has not been addressed before. The expression patterns of BADH and CAT genes were verified by qRT-PCR. In addition, peroxisome fission genes were screened under drought stress. PEX11C and CAT have shown consistent upregulation under drought stress, in terms of bioinformatics and, were confirmed by qRT-PCR.

Özet (Çeviri)

Değişen iklim koşulları, yarattıkları stres etkileri ile bitkilerin büyümesi üzerinde olumsuz etkiler yaratmaktadır. Olumsuz çevre koşullarında daha iyi performans gösteren çeşitlere artan bir ihtiyaç vardır. DNA / RNA markör seçimi, ıslah uygulamasını hızlandırmak için umut verici bir yaklaşım haline geldi. Yaprak gelişmi: özellikle morfolojisi ve anatomik yapısı ile metabolik süreçleri yönlendirir ve fotosentetik aktivite ile bitkinin verimini doğrudan etkiler. Besin yönünden fakir topraklarda, ekimi açısından ekmeklik buğdaya göre daha yüksek verime sahip olan ekmeklik buğday atası Iza (Triticum monococcum ssp. monococcum), olumsuz koşullara dayanıklılık konusundaki gelişim sürecini anlamamıza yardımcı olacak korunmuş genetik mekanizmalar sağlamaktadır. Bu aşamada elde edilecek moleküler bilgiler, verim artışı çalışmalarında kullanılabilecek moleküler belirteçlerin geliştirilmesinde bize yardımcı olacaktır. Tezdeki genel hipotezimiz, Triticum monococcum ssp. monococcum türleri, bitkinin erken gelişim döneminden itibaren gelişim mekanizmasında yer alan aktif genler, daha sonraki aşamalarda bitkinin metabolik faaliyetlerine yön verir ve tane verimi erken süreçte ki bu genetik düzenlemelerle doğrudan ilişkilidir. Çalışmamızda peroksizom biyogenezi ve metabolizma genlerine odaklandı. Bazı genlerin transkriptom analizinde karşılaştırmalı gelişim aşamalarında çeşitli ifadelenme örüntüleri gösterildi. Çalışma, 100'ün üzerinde RNA-seq kütüphanesinin gelişim aşamalarından elde edilen veri setlerinin analizini kapsamıştır. Peroksizom metabolizma genleri, büyüme ve gelişme ile olan ilişkilerini ortaya çıkarmak için 21 farklı kategoride sınıflandırıldı. Poliamin katabolizması, daha önce ele alınmamış ilginç bir hikaye ortaya koydu. BADH ve CAT genlerinin ekspresyon örüntüleri, qRT-PCR ile doğrulandı. Ek olarak, peroksizom fisyon genleri kuraklık stresi altında taranmıştır. PEX11C ve CAT, biyoinformatik açısından kuraklık stresi altında tutarlı bir artan regülasyon göstermiştir ve qRT-PCR ile doğrulanmıştır.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    884189

    Comparative analysis of the molecular mechanisms of melanocyte regeneration and melanoma using the zebrafish model and manipulation of gene expression profiles in melanoma cells using the CRISPR/Cas9 to induce a regeneration-like progress

    Melanosit rejenerasyonunun ve melanomun moleküler mekanizmalarının zebrabalığı modelinde karşılaştırmalı analızı ve melanom hücrelerinde gen ifadesi profillerının CRISPR/Cas9 yöntemi ile düzenlenerek rejenerasyon benzeri bir ilerleyişin indüklenmesi

    ESRA KATKAT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilim ve TeknolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN

    PROF. DR. ŞERİF ŞENTÜRK

  2. Tez No

    496432

    Molecular and physiological investigation of longevity in yeast

    Maya hücrelerinde uzun yaşamın moleküler ve fizyolojik yönden incelenmesi

    MEVLÜT ARSLAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  3. Tez No

    255883

    Comparative analysis of teafs and NP analysis to integrate interactome and transcriptome data to reveal response to C-pulse in Saccharomyces cerevisiae

    Etkileşim ve anlatım verisinin bütünleştirilmesi yöntemleri olan teafs ve NP analizi ile Saccharomyces cerevisiae?nin glikoz vurumuna tepkisinin karşılaştırmalı analizi

    MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. BETÜL KIRDAR

  4. Tez No

    758614

    Seçilmiş yerel buğday çeşitlerinin karşılaştırmalı transkriptomik analizi ve çinko uygulamasının bazı enzim genlerinin ifade düzeyine olan etkisi

    Comparative transcriptome analysis of selected local wheat varieties and effects of zinc treatment on expression levels of some enzyme genes

    AYŞEGÜL BİLGE UĞUZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REMZİYE YILMAZ

    DR. AYTEN SALANTUR

  5. Tez No

    874307

    Omic analyses of stress-resistant Saccharomyces cerevisiae

    Strese dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin omik analizleri

    ENES FAHRİ TEZCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

Geri Dön