Testing of ompa signal peptide for bile salt hydrolase (BSH) recombinant protein secretion in bacterial expression system
Bakteriyel ekspresyon sisteminde safra tuzu hidrolaz (STH) rekombinant protein sekresyonu için ompa sinyal peptidinin test edilmesi
- Tez No: 723397
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Sinyal peptit (SP) adı verilen spesifik hedefleme dizisi proteinleri, prokaryotik ve ökaryotik hücrelerin salgı yoluna yönlendirir. 25-30 kalıntıdan oluşan tipik bir sinyal peptidi, proteinlerin N amino-terminal bölgesinde bulunur ve protein translokasyonunda görev alır. Temel olarak SP'nin yapısı üç ana bölümden oluşur: pozitif yüklü alana sahip N bölgesi, hidrofobik bir çekirdek olan H bölgesi ve kesilme bölgesi olan C bölgesidir. Sinyal peptidazları, C-bölgesine bağlanarak proteini salgı yolunda serbest bırakan enzimlerdir. Escherichia coli'nin salgılanabilir rekombinant protein üretim yeteneği; üretim maliyetini ve sonraki işlem basamaklarını en aza indirdiği için biyoteknoloji endüstrisi için çok önemlidir. Bununla birlikte, rekombinant proteinlerin büyük ölçekli üretiminde inklüzyon cisimciklerinin oluşumu veya proteazlar yoluyla protein bozunması gibi çeşitli engellerle karşılaşılabilinmektedir. Bu yüksek lisans tez çalışmasında, OmpA SP'nin E. coli'de rekombinant safra tuzu hidrolaz (BSH) üretimi için bir pET ekspresyon sistemi üzerindeki salgı etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. OmpA sinyal peptidinin salgılama verimliliğini göstermek için, bsh ve OmpA SP kodlayan genler pET-28b(+) plazmit DNA'sına klonlandı ve elde edilen pEDE3 klonunun E. coli BLR(DE3) hücrelerinde eksprese edilmiştir. Çalışmada, OmpA SP'nin salgılama etkisi direkt plaka yöntemi ile gözlemlenirken, BSH enzimlerinin ifade seviyeleri SDS-PAGE analizi ile tespit edilmiştir. Doğrudan plaka yöntem sonuçları da OmpA ve bsh geni içeren pEDE3/BLR(DE3) klonunun ortama BSH enzimi salgıladığını göstermiştir. Ancak, SDS-PAGE sonuçları ise 35-42 kDa boyutundaki çözünür BSH proteinlerinin poliakrilamid jel üzerinde görünür olmadığını göstermiştir. Çalışma sonucunda elde edilen bu veriler, OmpA SP içeren pEDE3 klonunun az miktarda da olsa aktif bir BSH proteini üretim kapasitesine sahip olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Proteins are allowed to enter the secretory pathway in both prokaryotic and eukaryotic organisms, only if they are accomplished with a specific signal destination which is called a signal peptide (SP). A typical signal peptide consisting of 25-30 residues is located at the N amino-terminal site of proteins and has the task of protein translocation. Mainly the structure of SP has three main parts: the first one is N-region that has the positive-charged domain, the second one is the H-region which is a hydrophobic core, and the third domain is the C-region that is the cleavage site. Signal peptidases are enzymes that bind to the C-site and release the protein in the secretory pathway. The secreted recombinant protein production ability of Escherichia coli is crucial to the biotechnology industry as it minimizes the production cost and downstream processing. However, the large-scale production of recombinant proteins has various obstructions, among which proteolytic degradation and inclusion body formation via proteases are the dominant ones. This dissertation work aims to investigate the secretory effect of the OmpA SP on a pET-based expression system for the production of recombinant bile salt hydrolase (BSH) in E. coli. To demonstrate that the secretory effect of the OmpA signal peptide, the bsh encoding genes and OmpA SP coding gene were cloned into pET-28b(+) plasmid DNA and obtained pEDE3 construct was overexpressed in E. coli BLR(DE3) cells. While the secretory effect of the OmpA SP was observed by the direct plate assay method, the expression levels of the BSH enzyme was detected by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) analysis. Direct plate assay results indicated that pEDE3/BLR(DE3) clones containing OmpA SP and bsh gene secreted BSH enzyme into the medium. However, SDS-PAGE results showed that soluble BSH proteins with 35-42 kDa in size were not visible on a polyacrylamide gel. These results demonstrated that the pEDE3 construct containing OmpA SP had the capacity to produce a releasable active BSH protein, albeit a small amount.
Benzer Tezler
- Escherichia coli W3110'da porin proteinlerinin (OmpA, OmpC, OmpF. OmpG, OmpT, LamB ve PhoE) metal stresindeki rollerinin belirlenmesi
Determination of the role of porin proteins (OmpA, OmpC, OmpF. OmpG, OmpT, LamB and PhoE) under metal stress in Escherichia coli w3110
GÜLÇİN ÇETİN KILIÇASLAN
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiBilecik Şeyh Edebali ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CİHAN DARCAN
- Tam genom dizilemesi ile çoklu-ilaç dirençli Acinetobacter baumannii suşunun direnç ve virülans mekanizmalarının araştırılması
Investigation of resistance and virulence mechanisms of multidrug resistant Acinetobacter baumannii strain by whole genome sequencing
MÜBERRA ÇİMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiGümüşhane ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AZER ÖZAD DÜZGÜN
- Testing of adhesively CERP composite and metal bonded structures
Yapıştırılmış CERP kompozit metal yapıların test edilmesi
VOLKAN AKTULGA
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Metalurji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPAY ANKARA
- Kronik B hepatiti patogenezinde süperantijen hipotezinin test edilmesi
Testing of superantigen hypothesis in chronic B hepatitis
NİLGÜN YILBAZ DÖŞOĞLU
Doktora
Türkçe
1998
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Üniversitesiİmmünoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. O. ŞADİ YENEN
- Santrifüj vantilatörlerin deneysel olarak incelenmesi
Testing of centrifugal ventilators
BURÇİN ÇİÇEK
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Makine MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM GENTEZ