A cryptocurrency incentivized voluntary grid computing platform for DNA read alignment
DNA dizi hizalaması için kriptopara teşvikli gönüllü dağıtımlı hesaplama platformu
- Tez No: 574793
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ CAN ALKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yüksek çıktılı dizilemeye dair veri analizlerinde en temel sayısal sıkıntı okumaların referans genoma haritalanmasıdır ve bu iş için genelde bilgisayar kümeleri kullanılmaktadır. Lakin, petabaytlara varan bu veriyi işleyecek büyüklükte bilgisayar kümeleri kurmak imkansıza yakındır. Ayrıca, hataları gidermek ve yeni dizilenmiş insersiyonları eklemek için referans genom periyodik olarak güncellenmekte olup, bu durum bir çok büyük projede okumaların tekrar haritalanmasına ihtiyaç doğurmaktadır. Bu yüzden, programlama kümelerine olan ihtiyacı azaltmak için gönüllü örgü programlama teknolojilerini araştırmamız gerekmektedir. Ancak, okuma haritalama probleminin hesaplama gereksinimleri hatrı sayılır olması, analizin geri dönüşünün hızlı olması gerekliklerinden dolayı gönüllüleri motive edecek bir yönteme ihtiyaç duymaktayız. Bu sebepten dolayı, dağıtık okuma haritalama tekniklerini popüler blokzincir teknolojisi ile buluşturmayı öneriyoruz. Bitcoin gibi kripto paralar yeni blok üretimini zorlaştırmak ve kontrolde tutmak için“nonce”adı verilen bir değeri hesaplamayı mecburi kılar ancak bu sürecin başka herhangi bir kullanışlı amacı yoktur. Bizim çözümümüz (Coinami) yeni bir kripto para birimi olarak Halocoin'i sunuyor ve bu kripto para birimi bilimsel çalışmaları ödüllendirmeyi alternatif bir para basma yöntemi olarak sunuyor. Coinami, okuma haritalama problemlerini merkezi olmayan şekilde yayınlayıp dağıtarak gönüllüleri yaptıkları işten dolayı ödüllendirmeyi esas alır. Yetkili kurumlar sistemimizde iki temel şeyden sorumludur; 1) yeni problem kümeleri yayınlamak, 2) sonuçların kontrolünü sağlayıp sahte para basılmasının önüne geçmek.
Özet (Çeviri)
The main computational bottleneck of High Throughput Sequencing (HTS) data analysis is to map the reads to a reference genome, for which clusters are typically used. However, building clusters large enough to handle hundreds of petabytes of data is infeasible. Additionally, the reference genome is also periodically updated to fix errors and include newly sequenced insertions, therefore in many large scale genome projects the reads are realigned to the new reference. Therefore, we need to explore volunteer grid computing technologies to help ameliorate the need for large clusters. However, since the computational demands of HTS read mapping is substantial, and the turnaround of analysis should be fast, we also need a method to motivate volunteers to dedicate their computational resources. For this purpose, we propose to merge distributed read mapping techniques with the popular blockchain technology. Cryptocurrencies such as Bitcoin calculate a value (called nonce) to ensure new block (i.e.,“money”) creations are limited and difficult in the system, however, this calculation serves no other practical purpose. Our solution (Coinami) introduces a new cryptocurrency called Halocoin, which rewards scientific work with alternative minting. In Coinami, read alignment problems are published and distributed in a decentralized manner while volunteers are rewarded for their work. Authorities have two main tasks in our system: 1) inject new problem sets (i.e.,“alignment problems”) into the system, and 2) check for the validity of the results to prevent counterfeit.
Benzer Tezler
- 21. yüzyılda Türkiye'de dijital sanatın yaygınlaşmasında COVID-19 pandemisinin etkileri
The effects of the COVID-19 pandemic on the spread of digital art in Turkey in the 21st century
EMRE YÜKSEL
- A comparative analysis of deep learning models for multi-horizon cryptocurrency return forecasting with wavelet denoising
Dalgacık gürültü giderme ile kripto para getirilerinin çok ufuklu tahmininde derin öğrenme modellerinin karşılaştırmalı analizi
MEHMET ÖZSOY
Doktora
İngilizce
2026
İşletmeSüleyman Demirel Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ZİHNİ TUNCA
- A hybrid deep learning approach using multi-indicators for cryptocurrency direction prediction and trading
Kripto para yön tahmini ve ticareti için çoklu göstergeler kullanan hibrit derin öğrenme yaklaşımı
RZA HASANLI
Doktora
İngilizce
2026
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolGazi ÜniversitesiBilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. MAHİR DURSUN
- A revised approach to cryptocurrency portfolio optimization using advanced Q-learning and policy iteration frameworks
Başlık çevirisi yok
CEREN ALTOK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiÖzyeğin ÜniversitesiVeri Bilimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERİNÇ ALBEY
- Cryptocurrency trading and addiction: A psychoanalytic study
Kripto para ticareti ve bağımlılık: Psikanalitik bir çalışma
AHMET TARIK YURTKURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
PsikolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FARUK GENÇÖZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEN MARAŞ
