A cryptocurrency incentivized voluntary grid computing platform for DNA read alignment
DNA dizi hizalaması için kriptopara teşvikli gönüllü dağıtımlı hesaplama platformu
- Tez No: 574793
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ CAN ALKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Yüksek çıktılı dizilemeye dair veri analizlerinde en temel sayısal sıkıntı okumaların referans genoma haritalanmasıdır ve bu iş için genelde bilgisayar kümeleri kullanılmaktadır. Lakin, petabaytlara varan bu veriyi işleyecek büyüklükte bilgisayar kümeleri kurmak imkansıza yakındır. Ayrıca, hataları gidermek ve yeni dizilenmiş insersiyonları eklemek için referans genom periyodik olarak güncellenmekte olup, bu durum bir çok büyük projede okumaların tekrar haritalanmasına ihtiyaç doğurmaktadır. Bu yüzden, programlama kümelerine olan ihtiyacı azaltmak için gönüllü örgü programlama teknolojilerini araştırmamız gerekmektedir. Ancak, okuma haritalama probleminin hesaplama gereksinimleri hatrı sayılır olması, analizin geri dönüşünün hızlı olması gerekliklerinden dolayı gönüllüleri motive edecek bir yönteme ihtiyaç duymaktayız. Bu sebepten dolayı, dağıtık okuma haritalama tekniklerini popüler blokzincir teknolojisi ile buluşturmayı öneriyoruz. Bitcoin gibi kripto paralar yeni blok üretimini zorlaştırmak ve kontrolde tutmak için“nonce”adı verilen bir değeri hesaplamayı mecburi kılar ancak bu sürecin başka herhangi bir kullanışlı amacı yoktur. Bizim çözümümüz (Coinami) yeni bir kripto para birimi olarak Halocoin'i sunuyor ve bu kripto para birimi bilimsel çalışmaları ödüllendirmeyi alternatif bir para basma yöntemi olarak sunuyor. Coinami, okuma haritalama problemlerini merkezi olmayan şekilde yayınlayıp dağıtarak gönüllüleri yaptıkları işten dolayı ödüllendirmeyi esas alır. Yetkili kurumlar sistemimizde iki temel şeyden sorumludur; 1) yeni problem kümeleri yayınlamak, 2) sonuçların kontrolünü sağlayıp sahte para basılmasının önüne geçmek.
Özet (Çeviri)
The main computational bottleneck of High Throughput Sequencing (HTS) data analysis is to map the reads to a reference genome, for which clusters are typically used. However, building clusters large enough to handle hundreds of petabytes of data is infeasible. Additionally, the reference genome is also periodically updated to fix errors and include newly sequenced insertions, therefore in many large scale genome projects the reads are realigned to the new reference. Therefore, we need to explore volunteer grid computing technologies to help ameliorate the need for large clusters. However, since the computational demands of HTS read mapping is substantial, and the turnaround of analysis should be fast, we also need a method to motivate volunteers to dedicate their computational resources. For this purpose, we propose to merge distributed read mapping techniques with the popular blockchain technology. Cryptocurrencies such as Bitcoin calculate a value (called nonce) to ensure new block (i.e.,“money”) creations are limited and difficult in the system, however, this calculation serves no other practical purpose. Our solution (Coinami) introduces a new cryptocurrency called Halocoin, which rewards scientific work with alternative minting. In Coinami, read alignment problems are published and distributed in a decentralized manner while volunteers are rewarded for their work. Authorities have two main tasks in our system: 1) inject new problem sets (i.e.,“alignment problems”) into the system, and 2) check for the validity of the results to prevent counterfeit.
Benzer Tezler
- 21. yüzyılda Türkiye'de dijital sanatın yaygınlaşmasında Covıd-19 pandemisinin etkileri
The effects of the Covid-19 pandemic on the spread of digital art in Turkey in the 21st century
EMRE YÜKSEL
- Teknik analiz ve derin pekiştirmeli öğrenme ile kriptopara alım-satımı
A cryptocurrency trading with deep reinforcement learning and technical analysis
MUHAMMED SAİD ÜNLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Okan ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR YILDIRIM
- Blok zinciri tabanlı kripto paraların çalışma yöntemlerinin araştırılması
Investigation of the working methods of blockchain based crypto currencies
ENGİN AKKOCA
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN BULUŞ
- Sosyal medyadaki iletilerin kripto para fiyatları üzerindeki etkisi: Twitter örneği
The impact of social media posts on cryptocurrency prices: The example of Twitter
NOOR MOHAMMAD RASHIDI
- Bitcoin as a cryptocurrency and its relationship with gold, crude oil and Euro exchange rate
Bir kripto para birimi olarak bitcoin ve bitcoin'in altın, ham petrol ve Euro ile ekonometrik ilişkisi
NARMIN AGHALIBAYLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
EkonometriMarmara Üniversitesiİşletme (İngilizce) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JALE ORAN