Lokal Pseudomonas suşundan antikanser proteini kodlayan azurin genini (AZU) moleküler tarama ve klonlama
Molecular screening and cloning the azurin gene (AZU) encoding anticancer protein from local Pseudomonas strain
- Tez No: 725653
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MURAT ÇANLI, DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULAMEER M. GHAREEB
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Kanser dünyada önde gelen ölüm nedenidir. Yaygın tedavi protokollerinin çoğunun sınırlamaları ve sakıncaları vardır. Bu nedenle, etkili kanser tedavileri bulmak birçok araştırmacının hedefidir. Terapötik peptitler, proteinler, antikorlar dahil olmak üzere geleneksel farmasötiklere göre sayısız fayda sağlayan umut verici bir ilaç sınıfıdır. Özellikle Pseudomonas aeruginosa'dan üretilen Azurinin, çeşitli kanser hücrelerinde antikanser etkisine sahip olduğu gösterilmiştir. Klinik örnekleri, Nisan 2021'in başından Temmuz 2021'in sonuna kadar Bağdat'taki ana hastanelerden toplandı. Hem cinsiyet hem de farklı yaş gruplarını içeren 150 hastadan yanık, kulak, yara sürüntüsü, balgam ve idrar örnekleri alındı, hastaların yaşları 10-68 arasındaydı. Daha önce konvansiyonel biyokimyasal testler ile tanımlanmış olan P.aeruginosa izolatlarının tanımlanmasını doğrulamak için VITEK 2 kompakt sistem ve PCR kullanılmıştır. Bu çalışma için bakteriyel izolatların konvansiyonel teşhisinin sonuçları, numunelerden 30'unun (%20) P.aeruginosa enfeksiyonları için pozitif sonuç verdiğini göstermiştir. Bu çalışmanın antibiyotik duyarlılık testi sonuçları, 16'sının (%44,44) 12 farklı antibiyotiğe dirençli olduğunu gösterdi. Bu çalışmada, bir Irak yerli suşu Pseudomonas aeruginosa'dan (Shiraq2) spesifik primerler ile PCR kullanarak azu genini bir ekspresyon vektörüne (pET28a) klonlayabildik ve IPTG ile indüksiyon olduktan sonra onu E. coli (BL-21/DE3) Rosetta'da eksprese edebildik. Azu dizisini sağlamak için amplikon azu geni (~500 bp) dizilendi ve Genscript Co., ABD tarafından sentezlenmeye gönderildi. Azu gen dizisinin, P. aeruginosa türü PA01 ile yüzde 99 özdeş olduğu bulundu. Protein saflaştırması, İyonik değişim kromatografisi (DEAE-selüloz) kullanılarak yapıldı. Proteinin aşırı eksprese edildiğini göstermek ve moleküler ağırlığını ölçmek için SDS-PAGE analizi kullanıldı. 14 kDa'ya tekabül eden kalın bir bandın görünümü, azurin proteininin etkili aşırı ekspresyonunu doğruladı. Saflaştırılmış azurin, sırasıyla 1637.35 cm-1 ve 1641.5 cm-1 civarında bir zirveye sahiptir. Sonuç olarak, azurin geni başarıyla klonlandı ve eksprese edildi. Yerel Pseudomonas aeruginosa'dan türetilen Azurin, gelecekte antikanser ve antibakteriyel araştırmalarda kullanılacaktır
Özet (Çeviri)
Cancer is the leading cause of death in the world. Most of the common treatments' protocols have limitations and drawbacks. Thus, finding effective cancer treatments is the goal of many researchers. Therapeutic peptides are a promising class of medicines that offer numerous benefits over traditional pharmaceuticals including proteins, antibodies. Azurin, in particular produced from Pseudomonas aeruginosa has been shown to have anticancer action in a variety of cancer cells. The clinical specimens were collected from main hospitals in Baghdad from beginning of April 2021 to end of July 2021. burn, ear, wound swabs, sputum and urine samples were obtained from 150 patients include both gender and different age groups, the patient's age was between 10-68 years. VITEK2 compact system and PCR was employed for confirming the identification of P. aeruginosa isolates that were previously identified by conventional biochemical tests. The results of conventional diagnosis of bacterial isolates for the present study showed that 30 (20%) out of specimens were given a positive result for P. aeruginosa infections. The results of antibiotic susceptibility test of this study showed that 16 (44.44%) were resistant for 12 different types of antibiotics. In this study, we were able to clone the azu gene using PCR with specific primers from an Iraqi indigenous strain Pseudomonas aeruginosa (Shiraq2) into an expression vector (pET28a) and express it in E. coli (BL-21/DE3) Rosetta after induction with IPTG. The amplicon azu gene (~500 bp) was sequenced to provide the azu sequence and submitted to synthesized by Genscript Co., USA. The azu gene sequence was found to be 99 percent identical to that of P. aeruginosa strain PA01. Protein purification was done using Ionic exchange chromatography (DEAE-cellulose). SDS-PAGE analysis was used to show that the protein was overexpressed and to quantify its molecular weight. The appearance of a thick band corresponding to 14 kDa confirmed the effective overexpression of azurin protein. Purified azurin has a peak near 1637.35 cm-1 and 1641.5 cm-1, respectively. As a result, the azurin gene was successfully cloned and expressed. Azurin derived from local Pseudomonas aeruginosa will be employed in anticancer and antibacterial investigations in the future.
Benzer Tezler
- Ankara Bilkent Şehir Hastanesi evde sağlık hizmetleri birimine kayıtlı 65 yaş ve üzeri hastaların idrar yolu enfeksiyonlarının değerlendirilmesi
Evaluation of urinary tract infections in patients aged 65 and over registered in ankara Bilkent city Hospital home care services unit
TEBAREK BEGÜM ERCAN DÜZGÜN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Aile HekimliğiSağlık Bilimleri ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
UZMAN İREP KARATAŞ ERAY
- Levobupivakainin pseudomonas aeruginosa üzerine antibakteriyel etkinliğinin in-vitro araştırılması
In vitro investigation of the antibacterial activity of levobupivacaine on pseudomonas aeruginosa
MAHİR KUYUMCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Anestezi ve ReanimasyonDokuz Eylül ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YÜKSEL ERKİN
- Lokal enfeksiyonun mikrovasküler damar anastomozlarına etkisi
The effect of local infection on microvascular anastomosis
ALPER AKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiMersin ÜniversitesiPlastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. FERİT DEMİRKAN
- Lokal endemik Stachys euadenia P.H. Davis (Lamiaceae)'dan sentezlenen zno nanoparçacıkların antibakteriyel aktivitelerinin incelenmesi
Investigation of antibacterial activities of zno nanoparticles synthesized from local endemic Stachys euadenia P.H. Davis (Lamiaceae)
EMİNE ADAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT YILDIRIM
DOÇ. DR. CANAN BAŞLAK
- Karbapenem grubu antibiyotiklerin (Meropenem, İmipenem, Ertapenem) etkisi altında quorum sensing olumlu ve quorum sensing olumsuz Pseudomonas aeruginosa suşlarının konak etken etkileşiminin araştırması
Investigation of host agent relation in quorum sensing positive and quorum sensing negative Pseudomanas aeruginosa strains under the effect of carbapenem group antibiotics (Meropenem, İmipenem, Ertapenem)
OKAN ALPAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN BASKIN
PROF. DR. İ.HAKKI BAHAR