Hastalardan izole edilen Pseudomonas Aerugınosa'da Mvat, Cupa ve Cupb genleri ile gen ekspresyonu arasındaki ilişki
The relation between mvat, Cupa and Cupb genes with gene expression in Isolated Pseudomonas Aeruginosa from Patients
- Tez No: 725949
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE FIRAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Bu çalışma, P.aeruginosa klinik izolatlarında CupA, CupB ve MvaT genleri arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçlamıştır. Bağdat'ta Al-Yarmuk Genel Eğitim Hastanesi'nde farklı hastalık, yara, yanık, diyabetik ayak ülseri, idrar yolu enfeksiyonu, keratit, dış kulak iltihabı olan hastalardan toplanan yüz elli numunenin yüz bir tanesi P.aeruginosa kaynaklı olarak teşhis edilmiştir. Katılımcılar çeşitli yaş gruplarından ve cinsiyetlerden seçilmiştir. Toplanan numuneler farklı seçici ve diferansiyel besiyerlerinde kültürlenmiş ve P.aeruginosa'yı tanımlamak için biyokimyasal olarak test edilmiştir. P. aeruginosa'nın tanımlanması API 20E sistemleri kullanılarak doğrulanmış, sonuçlar API20NE testi için duyarlılığın (%80,1) olduğunu göstermiştir. 5 izolat için CupA, CupB ve MvaT genlerinin tespiti için konvansiyonel PCR uygulanmıştır. Bu genlerin varlığı elektroforez ile doğrulanmıştır ve üç gen için agaroz jelde DNA bandının görünümü sonuçlar pozitiftir (%100). Daha sonra CupA, CupB ve MvaT genlerinin pozitif sonuçlarını veren 5 izolatı için dizileme yapılmıştır ve NCBI'ndeki hizalama, P.aeruginosa ile CupA geninin %98, CupB geninin %96 ve MvaT geninin %100 özdeşliğini göstermiştir. Tüm izolatların antibiyotik duyarlılığını değerlendirmek için dokuz antibiyotik kullanılmıştır. Sonuçlar, izolatların çoğunun Levofloksasin (%94), Timinim (%88,1), Gentamisin (%82,1) ve hem Pipracillin hem de Imipenem'e (%80,1) duyarlı olduğunu göstermiştir, ancak izolatlar diğer antimikrobiyaller Augmentin'e (%72,2), Ceftazidime'e (%33,6), Colistin'e (%37,6) ve Siprofloksasin'e (%27,7) karşı dirençli görünmüştür. Levofloksasin'in, P. aeruginosa izolatlarına karşı en etkili antibiyotiği temsil ettiği tespit edilmiştir. Real Time PCR kullanılarak 16 izolat için CupB, MvaT ve RpoD (housekeeping gen) genlerinin gen ekspresyonu yapılmıştır. MvaT geninin en yüksek gen ekspresyon katlama değerine (3,86) sahip olduğu, CupB geni için 0,01 olduğu ve RpoD için 1,02 olduğu belirlenmiştir. Çalışmanın sonucuna göre; biyofilm oluşumunda rol oynayan CupB geni MvaT global regülatör geni tarafından baskılanmış ve buna rağmen bu izolatlar patojenitelerini korumaya devam etmiş ve bazı antibiyotiklere dirençli oldukları tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
This study aimed to study the relationship between CupA, CupB and MvaT genes in P.aeruginosa clinical isolates. Hundred fifty samples were collected, hundred one of them were diagnosed as P.aeruginosa were collected from patients with different diseases, wounds, burns, diabetic foot ulcers, urinary tract infection, keratitis, external otitis in Baghdad hospital (Al-Yarmuk General Teaching Hospital). Participants were drawn from a variety of age groups and genders. The collected samples were cultured on different selective and differential media and tested biochemically in order to identify P.aeruginosa, the identification of P. aeruginosa confirmed by using the systems API 20E, the results showed that the sensitivity for API20NE test was (80.1%). Conventional PCR has been applied for detect CupA, CupB and MvaT genes for 5 isolates, then the presence of these genes was confirmed by electrophoresis and appearance of DNA band in the agarose gel for three genes the results was positive 5/5 (100%), then sequencing was performed for the 5 isolates which gave positive results of CupA, CupB, MvaT genes and the alignment in NCBI showed identities of CupA gene 98%, CupB gene 96% and MvaT gene 100% with P. aeruginosa. Nine antibiotics were used to evaluate the antibiotic sensitivity of all isolates. The most isolates were sensitive to Levofloxacin (94%), Ticarcillin-clavulanic acid (Timinim) (88.1%), Gentamicin (82.1%) and to both Pipracillin and Imipenem (80. 1%), while the isolates appeared resistant to other antimicrobials represented by (72.2%) to Augmentin, (33.6%) to Ceftazidime, (37.6%) to Colistin, and (27.7%) to Ciprofloxacin. Levofloxacin represents the most effective antibiotic against P. aeruginosa isolates. By Real Time PCR the gene expression of CupB, MvaT and RpoD (housekeeping gene) genes were conducted for 16 isolates. It was found that the mvaT gene have the highest value of gene expression fold which was (3.86), while the CupB gene was 0.01, and the RpoD was 1.02. This study concluded that; CupB gene which have a role in biofilm formation repressed by MvaT global regulator gene and despite this, these isolates were pathogens and had resistance for some antibiotics.
Benzer Tezler
- The virulence genes algL and algD in Pseudomonas aeruginosa isolated form skin burn and wound specimens of Iraqi patients
Iraklı hastaların deri yanık ve yara örneklerinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa'da algL ve algD virülans genleri
ABBAS HASAN GHLAIM AL-BAYATI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİN BOZKURT
DR. ÖĞR. ÜYESİ SHAİMAA YOUSİF ABDULFATTAH
- Kistik fibrozlu hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa ve Stenotrophomonas maltophilia suşlarının tiplendirilmesi
Başlık çevirisi yok
HASAN NAZİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
- Solunum yollarından izole edilen pseudomonas, aspergillus ve candida suşlarının virülans faktörlerinin araştırılması
İnvestigation of the virulence factors of pseudomonas, aspergillus and candida strains i̇solated from respiratory tract
BEDRİYE NAZLI GENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL KARAHASAN
- Yatan hastalardan izole edilen pseudomonas aeruginosa suşlarında antibiyotik direnci, indüklenebilir beta laktamaz, metallo beta laktamaz oranları ve bazı antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkinliğinin araştırılması
The investigaton of the antibiotic resistance, inducible beta lactamase, metallo beta lactames ratios and in vitro efficacy of some antibiotic combinations in pseudomonas aeruginosa strains isolated from inpatients
EBRU UNCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ZER
- Molecular detecting of β-lactam resistance–Pseudomonas aeruginosa isolated from patient in al-nasseryia city
Al-nasseryia şehrinde hastalardan izole edilen β–laktam direnci-Pseudomonas aeruginosa'nın moleküler tespiti
MOHAMED ABDUL AZIZ ABDULWAHID ABDULWAHID
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ARSLAN
PROF. DR. AHMAD KHASSAF