Biyosistemlerle uyumlu polimerlere yönelik hesapsal yaklaşımlar
Computational approaches for biopolymers compatible with biosystems
- Tez No: 728676
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Malzeme uygulamaları için yenilenebilir kaynaklardan türetilen çok çeşitli doğal olarak oluşan polimerler mevcuttur. Selüloz ve nişasta gibi bunlardan bazıları bugün ürünlerde aktif olarak kullanılırken, birçoğu yeterince kullanılmamaktadır. Temel biyosentetik yolakların ve bu yolakları genetik manipülasyonlar yoluyla modüle etme veya uyarlama seçeneklerinin anlaşılmasındaki hızlı ilerlemeyle, yenilenebilir kaynaklardan polimerlerin kullanımı için yeni fırsatlar düşünülmektedir (Kaplan, 1998). Bu tez için hidrojel oluşumu seçildi. Polimerizasyon için monomerolarakbetasiklodekstrin ve çapraz bağlayıcı olarak epiklorohidrin seçildi. Polimerizasyon basamakları sırasında oluşan yapıların konformasyonel analizi için Spartan 16 programı kullanıldı. Daha sonra bu yapıların optimizasyonu yarı ampirik yöntemler kullanılarak MOPAC2016 programı yardımıyla yapıldı. Burada elde edilen yapılar arasından seçilecek kararlı sistemler için sonraki aşamalarda Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (Density Functional Theory, DFT) yaklaşımı kullanıldı. Dispersif etkileşimleri dikkate alan ωB97XD fonksiyoneli 6-31+G(d,p) baz seti ile birlikte hesaplamalar için seçildi. Bütün optimizasyonlar öncelikle suda yapıldı, hesaplamalar Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılarak çözücü ortamında tekrar edildi.
Özet (Çeviri)
A wide variety of naturally occurring polymers derived from renewable resources are available for material applications. While some of these, such as cellulose and starch, are actively used in products today, many of them are not used enough. With rapid progress in the understanding of key biosynthetic pathways and the options to modulate or adapt these pathways through genetic manipulations, new opportunities are being considered for the use of polymers from renewable resources (Kaplan, 1998). Hydrogel formation was chosen for this thesis. Betacyclodextrin was chosen as monomer and epichlorohydrin as crosslinker for polymerization. Spartan 16 program was used for the conformational analysis of the structures formed during the polymerization steps. Later, these structures were optimized using semiempirical methods with the help of the MOPAC2016 program. Density Functional Theory (DFT) approach was used in the next steps for the stable systems to be selected among the structures obtained here. The ωB97XD functional, which takes into account dispersive interactions, was selected for calculations with the base set 6-31+G(d,p). All optimizations were performed primarily in water, and the calculations were repeated in solvent medium using the Polarizable Continuum Model (PCM).
Benzer Tezler
- Treatability of aircraft deicing fluids (ADFs) by high-rate anaerobic systems: An investigation on biogas potential and energy recovery
Havalimanlarında ortaya çıkan buz çözücü sıvıların yüksek-hızlı anaerobik sistemlerde arıtılabilirliği: Biyogaz potansiyeli ve enerji geri kazanımının araştırılması
GİZEM ENGİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM GÖMEÇ
- İzmir-Gerence Körfezi su ürünleri yetiştiriciliğinin bulunduğu biyosistemlerde doğal radyonüklid zenginleşmesinin incelenmesi
Investigation of the natural radionuclides enrichment in the biosystem of aquaculture in İzmir-Gerence Bay
EBRU TATAR
Doktora
Türkçe
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiEge ÜniversitesiNükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSUN UĞUR GÖRGÜN
- Biyolojik sistemlerde oluşabilecek radikallerin molekülermodelleme yöntemleriyle incelenmesi
Investigation of radicals present in biological systems by molecular modeling methods
BUŞRA BAŞ