Characterization of CkIIα-i1 -a putative ortholog of intellectual disability candidate gene ZBTB11
Zihinsel engellilik aday geni ZBTB11 ortoloğu CkIIα-i1'in karakterizasyonu
- Tez No: 731062
- Danışmanlar: PROF. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
Zihinsel Engellilik (ZE), farklı spektrumlarda görülen heterogenik nörogelişimsel bozukluktur. ZE'nin teşhisinde ortaya çıkan sorunlar ve tedavisindeki kısıtlamalar, toplum için büyük duygusal ve finansal yük oluşturmaktadır. Bu nedenle ZE'ye neden olan genlerin tanımlanması ve fonksiyonel karakterizasyonu, mevcut koşulların iyileştirilmesi için elzemdir. ZE adayı genlerinden biri olan ZBTB11'in iki patojenik varyantı tanımlanıp erken karakterizasyonu yapılmıştır. Ayrıca ZBTB11'in Drosophila ortoloğu olan CkIIα-i1'in susturulması sonucunda sineğin öğrenme ve hafıza merkezinde bozukluk olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın temel amacı, potansiyel ortolojilerini belirleme arayışı ile CkIIα-i1 ve ZBTB11'in sinek üzerinde daha fazla araştırılmasıdır. Hem CkIIα-i1 hem de ZBTB11 yeterince çalışılmamış genler olduğundan, bu çalışmada transgenik ve nakavt sinek hatları oluşturulmuş ve kullanılmıştır. Paralel olarak, CkIIα-i1'in ifadesi, sırasıyla öğrenme ve sirkadiyen ritimle ilgili beyin bölmeleri olan mantarsı gövde (mushroom body- MB) ve sirkadyen hücrelerinde karakterize edildi. Buna ek olarak, CkIIα-i1'in MB oluşumundaki işlevi, CkIIα-i1'ın susturulduğu sineklerde Morfolojik MB analizi ile karakterize edildi. CkIIα-i1'in fonksiyon kaybı için, RNA enterferansı kullanılarak iki CkIIα-i1 susturma hattı ve CRISPR/Cas kullanılarak iki CkIIα-i1 nakavt hattı oluşturuldu. CkIIα-i1'in hem susturulması hem de nakavtı, nakavt hatta daha yüksek frekansla görülen MB'nin α lobunda daralma ile sonuçlandı. Buna karşılık, Gal4/UAS sistemi ile CkIIα-i1'in aşırı ifadesi, MB morfolojisinde herhangi bir değişiklikle sonuçlanmadı. Fonksiyonel analizler CkIIα-i1'in MB'nin lob aksonlarının aksonal yönlendirmesinde rolü olabileceğine işaret etti. CkIIα-i1 ve ZBTB11 arasındaki ortolojiyi araştırmak için ZBTB11'in wt ve tanımlanmış iki varyant formu Drosophila'da transgenik olarak eksprese edildi ve ekspresyonları sinek beyni üzerinde doğrulandı.
Özet (Çeviri)
Intellectual Disability (ID) is a heterogenic neurodevelopmental disorder seen in different spectrums in affected individuals. Resulting problems in the diagnosis of ID and limitations in its treatment constitutes a great emotional and financial burden to society. Therefore, identification of ID-causative genes and their functional characterization are important for the improvement of the current conditions. Two pathogenic variants of one of the ID-candidate genes ZBTB11 was identified and its early characterization was performed. In addition, knockdown of CkIIα-i1, a Drosophila ortholog of ZBTB11 showed deficiency in learning and memory center of Drosophila. The main aim of this study is the further investigate CkIIα-i1 and ZBTB11 in Drosophila in the pursuit of identifying their orthology. Since both CkIIα-i1 and ZBTB11 were understudied genes, transgenic and KO fly lines were generated and utilized in this study. In parallel, the expression of CkIIα-i1 was characterized in mushroom bodies (MB) and clock cells, which are learning- and circadian rhythm-related brain compartments, respectively. In addition, the role of CkIIα-i1 in MB development was analyzed by performing morphological analyses of the MB in CkIIα-i1 knockdown flies. For loss-of-function analysis, two RNA interference lines for the knockdown of CkIIα-i1 were utilized. Furthermore, two CkIIα-i1 KO lines were generated using CRISPR/Cas and used for morphological analysis. Both knockdown and KO of CkIIα-i1 resulted in shrinkage in the α lobe of the MB, with higher frequencies in KO lines. In contrast, the over-expression of CkIIα-i1 using the Gal4/UAS system did not result in any changes in MB morphology. Results of morphological analyses indicated that CkIIα-i1 could have a role in axonal guidance of α lobe axons. In order to investigate orthology between CkIIα-i1 and ZBTB11, wt and two identified variant ZBTB11 constructs were transgenically expressed in Drosophila and their expression was validated in the fly brain.
Benzer Tezler
- Abiyotik stresle ilişkili genlerin mRNA farklılık gösterim tekniği kullanılarak belirlenmesi ve karakterize edilmesi
Identification and characterization of abiotic stress-related genes by using mRNA differential display technique
DİĞDEM AKTOPRAKLIGİL
- AC ve DC püskürtme ile üretilen saydam azo ince filmlerin karakterizasyonu ve birbiri ile karşılaştırılması
Characterization of transparent azo thin films which are produced by AC and DC sputtering and comparison with each other
BUSE KULOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiKırıkkale ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDAT AĞAN
- Antarktik mikrometeoritlerin spektroskopik yöntemlerle karakterizasyonu
Characterization of antarctic micrometeorites by spectroscopic methods
TAKİ SÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Jeoloji Mühendisliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAMIK AYSAL
- Turunçgillerde genetik çeşitliliğin SRAP markırları ile karakterizasyonu
Characterization of genetic diversity of citrus by SRAP markers
AYDIN UZUN
Doktora
Türkçe
2009
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiZiraat Bölümü
DOÇ. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
PROF. DR. TURGUT YEŞİLOĞLU
- Radyasyonla sterilizasyon işlemi sırasında kozmetik ürünlerde ve ürün hammaddelerinde oluşan radikalik arabirimlerin karakterizasyonu
Characterization of radicalic intermediates produced in cosmetics and cosmetic raw materials during the process of sterilization by irradiation
İLKNUR ÖZKIRIM ÜSTÜNDAĞ
Doktora
Türkçe
2009
Fizik ve Fizik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KORKMAZ
- Yerel peynirlerimizden izole edilen laktokokkus suşlarının bazı teknolojik özelliklerinin belirlenmesi
Characterization of some technological properties of lactococcus strains isolated from traditionally made cheeses
MUSTAFA ERSOY
Doktora
Türkçe
2009
Besin Hijyeni ve TeknolojisiUludağ ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RECEP ÇIBIK