Investigation of plasmid mediated colistin resistance phenotypically and genotypically in Salmonella and E. coli isolates in Turkey
Türkiye'de elde edilen Salmonella ve E. coli izolatlarında plazmid kaynaklı kolistin direncinin fenotipik ve genotipik olarak incelenmesi
- Tez No: 736796
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 180
Özet
Kolistin, günümüzde Gram-negatif bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde son çare antibiyotiği olarak kullanılmaktadır. Kolistinin aşırı ve uygunsuz kullanımı, Gram-negatif bakterilerde kolistin direnci gelişimine neden olmuştur. Yapılan çalışmalar, kolistin direncine neden olan plasmid kanyaklı mcr genlerinin varlığını ortaya koymuştur. Bu genin yatay gen transferiyle farklı bakteri türleri arasında yayılımının mümkün olduğu görülmüştür. Bu çalışmada E. coli ve Salmonella izolatlarında kolistin direnci ve yıllar içerisinde kolistin direncindeki değişim incelenmiştir. Bu amaçla, güncel popülasyonu temsil eden izolatlar, 2018-2019 yılları arasında Ankara'nın çeşitli bölgelerinden toplanan 238 tavuk eti örneğinden elde edilmiştir (36 E. coli, 16 Salmonella). Eski popülasyonu temsil eden ve METU izolat koleksiyonundan elde edilen 197 Salmonella izolatı 2010-2015 yılları arasında, Türkiye'nin farklı şehirlerinden toplanan insan, hayvan ve gıda örneklerinden, eski poplülasyonu temsil eden 48 E. coli izolatı ise, 2011-2015 yılları arasında çeşitli gıda örneklerinden izole edilmiştir. Tüm izolatlarda kolistin direnci ve yeni izolatlarda kolistin dışında 18 farklı antibiyotiğe karşı direnç araştırılmıştır. Fenotipik direnç tespitinde , disk difüzyon ve MİK mikrodilüsyon yöntemleri kullanılmıştır. Genotipik direnç tespitinde ise PCR yöntemi kullanılmıştır. Yeni E. coli ve Salmonella izolatlarında kolistin direnci %25 ve %53, eski E. coli ve Salmonella izolatlarında %0 ve %8 olarak tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, kolistin direncinin zaman içerisinde arttığını göstermektedir. Bu çalışmada kullanılan izolatlarda, kolistin direncinin plazmid kaynaklı mcr genlerinden kaynaklanmadığı, kromozomal mutasyonlardan kaynaklanıyor olabileceği sonucuna varılmıştır. Bu varsayımın doğruluğu gelecekte yapılacak olan çalışmalarla araştırılmalıdır.
Özet (Çeviri)
Today, colistin is used as the last resort antimicrobial against Gram-negative bacteria. Excessive use of colistin caused resistance among bacteria. Recent studies showed presence of plasmid mediated mcr genes, encoding colistin resistance that can be transferred horizontally between different bacterial species. In this study, it was aimed to investigate colistin resistance and change in colistin resistance rate in E. coli and Salmonella isolates over time from different cities in Turkey. For this aim, we used 2 groups of isolates as recent (collected in 2018-2019) and historical (collected in 2010-2015). E. coli and Salmonella isolates, were isolated from 238 chicken meat samples collected between 2018-2019 in Ankara in this study. 36 E. coli and 16 Salmonella were isolated. All strains were tested for antimicrobial resistance for colistin and 18 antimicrobial agents other than colistin. 197 Salmonella isolates, representing historical isolates collected between 2010-2015 from human, animal and food samples and 48 E. coli isolates collected in 2011-2015 from food samples were investigated for colistin resistance. Phenotypic resistance was observed using disc diffusion and MIC test. Genotypic resistance characterization was investigated using PCR. 25 % and 53 % of recent, 0 % and %8 of historical E. coli and Salmonella isolates showed evidence of colistin resistance. Colistin resistance was seen to be increased over time among both Salmonella and E. coli isolates. We investigated that colistin resistance in isolates used in this study was not due to plasmid mediated genes, but most likely due to the chromosomal mutations. This assumption should be further investigated.
Benzer Tezler
- Kanatlı patojenik Escherichia coli'lerde mobilize kolistin direnç geni-1'in araştırılması
Investigation of the mobile colistin resistance gene-1 in avian pathogenic Escherichia coli
ECENUR YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem ve kolistin direnç mekanizmalarının moleküler olarak araştırılması
Molecular investigation of carbapenem and colistin resistance mechanisms in klebsiella pneumoniae isolates
NESLİHAN GENİŞEL
Doktora
Türkçe
2020
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİ GÜL
- Klinik örneklerden izole edilen enterobacteriaceae izolatlarında plazmid aracılı kolistin direncinin moleküler yöntemler ile araştırılması
Investigation of plasmid mediated colistin resistance by molecular methods in enterobacteriaceae isolates isolated from clinical samples
TOLGA TOROL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÜLGER
- Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı (mcr-1, mcr-2) ve kromozomal kolistin direnç genleri (phop/phoq, pmra/pmrb) varlıklarının araştırılması
Investigation of existance of plasmid-mediated (mcr-1, mcr-2) and chromosomal colistin resistance genes (phop/phoq, pmra/pmrb) in members of enterobacteriaceae
YAŞARGÜL ÖZHELVACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiAfyonkarahisar Sağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEYTULLAH KENAR
- Enterobacterales izolatlarında kolistin direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of colistin resistance in Enterobacterales isolates by phenotypic and genotypic methods
KÜBRA HACIEMİNOĞLU ÜLKER
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI