In vivo investigation of the epigenetic functions of the CENP-A amino terminal
CENP-A amino terminalinin epigenetik fonksiyonlarının ın vivo araştırılması
- Tez No: 740081
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHAMMED KASIM DİRİL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
Sentromerik Protein A (CENP-A) bir histon H3 varyantıdır. Diğer sentromere özgü DNA bağlayıcı faktörlerle birlikte mitoz sırasında kinetokor düzeneğini yönlendirir. Ayrıca, CENP-A, sentromerlerin tanımlanmasını belirleyen epigenetik bir belirteç görevi görür. CENP-A N-terminalinin fosforilasyonu, diğer H3 varyantlarından farklı olduğu için araştırmacıların ilgi odağı olmuştur. İnsan CENP-A serin 7'nin (S7p) fosforilasyonu mitotik girişin bir belirteci olan H3 S10p'ye benzerliği sebebiyle özellikle ilgi çekicidir. Hücre bölünmesi sırasında S7 fosforilasyonunun fonksiyonu ile ilgili tartışmalı bulgular yayınlanmıştır. İnsan CENP-A S7 fosforilasyonu konusunda fikir birliği olmamasının yanı sıra, diğer türlerde karşılık gelen fosforilasyon bölgelerinin işlevi araştırılması gerekeklidir. Yakın tarihli bir yayında, murin CENP-A'nın ilk üç serininin (S15, S16 ve S22) mitoz sırasında insan CENP-A S7p'ye benzer bir rolü olan fosforilasyon bölgeleri olduğu öne sürülmüştür. Bununla birlikte, S15 ve S16 fonksiyonlarını ele alan in vivo bir çalışma bildirilmemiştir. Fare CENP-A N-terminal fosforilasyonunun amacını anlamak için, S15A ve S16A fosforile edilemeyen rezidüleri ifade eden bir knockin fare modeli oluşturmayı amaçladık. Farelerin genetik mühendisliğini yapmak için CRISPR-EZ teknolojisini (Zigotların CRISPR ribonükleoprotein Elektroporasyonu) kullandık. İlk olarak, kendi protokollerimizi optimize etmek için, hedefleme ve genotipleme protokolleri yayınlanan fare Tyr lokusunu düzenledik. Albino Tyr knockout fare modelini başarıyla ürettikten sonra, CENP-A knockout fare modelini oluşturmayı hedefledik. Oluşturulan homozigot knockin fareleri canlı ve doğurgan olması sebebiyle CENP-A N-terminal fosforilasyonunun kromozom ayrımı için önemli bir rolü olmadığı sonucuna vardık. N-terminal fosforilasyonunun epigenetik fonksiyonlarını karakterize etmek için ayrıntılı çalışmaların yapılması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Centromeric Protein A (CENP-A) is a histone H3 variant. During mitosis, it drives kinetochore formation with other centromere-specific DNA binding proteins. Furthermore, CENP-A serves as an epigenetic marker that determines the identification of centromeres. Phosphorylation of the CENP-A N-terminal has drawn a lot of attention since it differs greatly from other H3 variants. Phosphorylation of human CENP-A serine 7 (S7p) is of particular interest because it resembles H3 S10p, a marker of mitotic entry. There are conflicting findings related to the purpose of S7 phosphorylation during cell division. Besides the lack of consensus on human CENP-A S7 phosphorylation, the function of corresponding phosphorylation sites in other species needs to be investigated. In a recent publication, the first three serines (S15, S16, and S22) of the murine CENP-A were proposed to be phosphorylation sites with an analogous role to human CENP-A S7p during mitosis. However, no in vivo study has been reported addressing S15 and S16 functions. In order to understand the purpose of murine CENP-A N-terminal phosphorylation, we decided to create a knockin mouse model expressing S15A and S16A non-phosphorylatable residue substitutions. We used CRISPR-EZ technology (CRISPR ribonucleoprotein Electroporation of Zygotes) to genetically engineer mice. Firstly, we edited the mouse Tyr locus which has published targeting and genotyping protocols, in order to try and establish our own protocols. After successfully deriving the albino Tyr knock-out mouse model, we moved forward to create the CENP-A knockin mouse model. Homozygous knockin mice were viable and fertile suggesting that CENP-A N-terminal phosphorylation does not have a crucial role for chromosome segregation. Detailed studies will need to be carried out to characterize more subtle epigenetic functions of N-terminal phosphorylation.
Benzer Tezler
- Fisetin ve mirisetin flavonoidlerinin Caernorhabditis elegans' ta yaşam uzunluğu ve stres direncine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of fisetin and myricetin flavonoids on lifespan and stress resistance in Caernorhabditis elegans
SEREN ÇELİKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET AKİF KILIÇ
- Kolorektal kanserde metastatik süreçleri yönlendiren hücre matriks adezyonu ifade değişimleri
Alterations in expression of the cell-matrix adhesion molecules which drive metastatic processes in colorectal cancer
SELİN İŞİDOĞRU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiOnkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
- Valproik asit ve spironolakton kombinasyonunun akciğer kanseri hücre soylarında sitotoksik/apoptotik etkilerinin araştırılması
Investigation of cytotoxic/apoptotic effects of valproic acid and spironolactone combination on lung cancer cell lines
MEHMET EMİN KÖSE
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Biyolojiİstinye ÜniversitesiKanser Biyolojisi ve Farmakolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NAZLIHAN AZTOPAL
- Investigation of n-terminus mll complexes on the reversion of taxane resistance in castration-resistant prostate cancer
N-terminal mll komplekslerinin kastrasyona dirençli prostat kanserinde taksan direncini geri döndürmedeki rollerinin araştırılması
İPEK BULUT
Doktora
İngilizce
2024
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN
- Epigenetics of the mesenchymal to epithelial transition
Mezenkimal epitelyal dönüşümün epigenetiği
İNCİ YAPRAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ