Kolorektal kanserde metastatik süreçleri yönlendiren hücre matriks adezyonu ifade değişimleri
Alterations in expression of the cell-matrix adhesion molecules which drive metastatic processes in colorectal cancer
- Tez No: 789421
- Danışmanlar: PROF. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Onkoloji, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Oncology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Translasyonel Onkoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Kanserin oluşumu genetik, epigenetik ve çevresel etkenlerden kaynaklanan çok mekanizmalı bir süreçtir. Kolorektal kanserin tanı ve tedavisi adına anlamlı sonuçlar elde edilmesine karşın, rutinde kullanılan yöntemlerin sınırlılıkları hâlâ mevcuttur. Bu sınırlılıklar ve kanserin metastatik karakteri nedeniyle, hastalığın süreci ölümle sonuçlanabilmektedir. Bu yüzden, kanserde erken tanı ve uygun tedavi için, metastaz biyolojisinin daha iyi anlaşılması gerekmektedir. Biyomarker temelli yöntemlerin uygulanabilirlik, maliyet ve hız bakımından daha avantajlı olabileceğinin anlaşılmasıyla birlikte, kolorektal kanserli dokuya spesifik gen ve gen ürünlerinin keşif araştırmaları süregelmektedir. Gelişen teknolojiyle birlikte artan araştırmalar doğrultusunda gen ürünlerinin, metastaz biyolojisindeki önemi şiddetle vurgulanmaktadır. Metastaz oluşumu temelde EMT mekanizmaları ile ilgilidir. Hücre-matriks adezyon proteinlerini kodlayan genlerin fonksiyonlarında meydana gelen bozukluklar, adezyon moleküllerinin ekspresyon seviyelerinde değişime yol açmaktadır. Bu değişimlerin saptanması, biyoinformatik teknolojilerle, daha hızlı ve verimli sonuçlar elde edilmesini sağlamaktadır. Bu araştırmanın amacı, metastatik süreci yönlendiren hücre-matriks adezyon moleküllerinin ekspresyon seviyelerini, in silico yöntemlerle saptamak ve kolorektal kansere özgü biyomarker seti tanımlamaktır. Bu çalışmada, TCGA ve Gene Ontoloji veri tabanlarında yer alan tüm kolorektal tümörlü hastaların mRNA sekansları, primer tümörlü ve metastatik karakterli hastalarda karşılaştırılma yapılarak hücre adezyon moleküllerinin ekspresyon değişimleri analiz edildi. Bu araştırma kapsamında yapılan analizler doğrultusunda L1CAM, MSLN, CD96, ITGAL, ITGB2, FERMT3 ve HPSE hücre-matriks adezyon moleküllerinin, KRK için potansiyel biyomarker niteliği taşıdığı literatürde de önerilmektedir. Ancak çalışmamızda anlamlı bulunan PARVG ve VTN genlerinin KRK progresyonu ve metastazına olan etkileri henüz aydınlatılmamıştır. Bu nedenle in vitro ve in vivo araştırmaların yapılması, bu genlerin KRK üzerindeki fonksiyonu ve biyomarker niteliği konusunda bilgi sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Carcinogenesis is a multistep process that arises from genetic, epigenetic, and environmental factors. Despite obtaining beneficial outcomes for colorectal cancer diagnosis and prognosis, there are challenges to current methods simultaneously. On the other hand, the disease can lead to fatality because of its specific feature called metastasis and its limitations. Thus, a better understanding of the biological process underlying metastasis is an urgent need for early diagnosis and favorable treatment. According to research, biomarker-based methods have more advantages concerning practicability, rapidity, and cost. Therefore, ongoing investigations for which genes and gene products that are CRC-specific as a biomarker. Acutely emphasis on the crucial functions of gene products involved in the biology of metastasis by advancing technology that enhanced increasing research. Metastasis cascades are mainly related to the EMT process. Expression levels of cellmatrix adhesion proteins are altered by a deficiency in the function of genes that encodes these proteins. Then, bioinformatics technologies allow the detection of these changes with more productivity and fast. The aim of this, determine alterations in the expression of the cell-matrix adhesion molecules at the mRNA level, drive metastatic processes in colorectal cancer in silico and identify a biomarker set that CRC specifity. In this study, alterations of cell-matrix adhesion molecules have analyzed by comparison with all CRC samples in TCGA and Gene Oncology database in primary and metastatic tissue. n conclusion, L1CAM, MSLN, CD96, ITGAL, ITGB2, FERMT3, and HPSE cellmatrix adhesion molecules have potential biomarkers for CRC, in the light of performed comparative analysis within the current thesis as well as literature data. However, PARVG and VTN genes are statistically significant, but our understanding of their roles is insufficient in CRC progression and metastasis. We can have a high opinion of their functions and biomarker potentials for CRC, in the direction of more in vitro and in vivo investigations.
Benzer Tezler
- Metastatik kolorektal kanserde FAK-Rho-ROCK bağlantılı sinyal kaskadı inhibisyonun mekanobiyolojik etkileri
Mechanobiological effects of FAK-Rho-ROCK-associated signal cascade inhibition in metastatic colorectal cancer
SERAP TÜRKMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiOnkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR
- Kolorektal kanserlerde kras-nras mutasyonlarının tespiti ve anti-EGFR tedavi ile ilişkisi
Detection of kras-nras mutations in colorectal cancer and relation to anti-EGFR treatment
EDA GÜZDOLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
- Metastatik kolorektal kanserde yeni nesil sekanslama tekniğiyle saptanan gen mutasyonlarının prognoza ve sağ kalıma etkisi
The effect of gene mutations detected BY next generation sequenci̇ng technique on prognosi̇s and survival in metastatic colorectal cancer
AHMET ÜNLÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
OnkolojiPamukkale Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ATİKE GÖKÇEN DEMİRAY
- Bevacizumab kemoterapisi almış metastatik kolorektal karsinomlu hastaların hemogram parametrelerindeki değişikliğin sağkalım ile ilişkisi
The relationship between treatment response and clinical parameters in patients with metastatic colorectal cancer receiving bevacizumab-based chemotherapy
İBRAHİM GÖKTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
OnkolojiAkdeniz Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURHAN SAVAŞ
- Metastatik kolorektal kanserli hastalarda VEGF-A, PDGF-BB ve c-MET biyobelirteçlerinin prognoz üzerine etkisinin belirlenmesi
Prognostic role of VEGF-A, PDGF-BB and c-MET in patients with metastatic colorectal cancer
HATİCE ASLAN SIRAKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
OnkolojiSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEVLÜDE İNANÇ