Lens ervoides kloroplast genomunun sekanslanması ve Lens culinaris kloroplast genomu ile karşılaştırılması
Sequencing of Lens ervoides chloroplast genome and comparison with Lens culinaris chloroplast genome
- Tez No: 744043
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DUYGU ATEŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Lens, Fabaceae ailesinin Papilionoideae alt ailesine ait bir üyedir ve genellikle dünyanın birçok bölgesinde insanların beslenme düzeninin önemli bir parçası olup bitkisel protein kaynağı olarak kullanılmaktadır. Kloroplast (cp) genomları, bitkilerin oldukça aktif olan genetik bileşenleridir ve çeşitli amaçlar için moleküler belirteçler olarak kullanılabilmektedirler. Yabani mercimek türlerinden biri olan Lens ervoides cp genomu ise ilk kez bu çalışmada yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemi kullanılarak sekanslanmıştır. De novo işlemleri sonucunda 122.722 bp uzunlukta L. ervoides cp genomu elde edilmiştir. Sonuçlarımız, L. ervoides'in cp genomunun da Lens culinaris'in cp genomu gibi inverted repeat lacking clade (IRLC)'ye ait olduğunu göstermiştir. Kültür mercimek türü olan L. culinaris cp genomu ile karşılaştırıldığında bu iki mercimek türündeki farklılığın oldukça düşük olduğu tespit edilmiştir. Fakat, ndhB, ndhF, rbcL, rpoC2 ve ycf2 genlerini içeren kodlama bölgelerinde ise dikkate değer farklılıklar belirlenmiştir. Göreceli eş anlamlı kodon kullanımının (RSCU) analizi sonucunda, belirli genlerin, psbN, psaI, psbI, psbE, psbK, petD ve ndhC'nin tercih edilen kodonları daha sık kullandığı ve bu nedenle yüksek ekspresyon seviyesine sahip olabileceği sonucuna varılmıştır. Genel olarak, bu çalışma, yabani ve kültüre alınmış mercimek cp genomlarındaki farklılık seviyesini sergilemektedir ve çeşitli hedefler için ayrım belirteçleri olarak kullanılabilecek belirli bölgelere işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Lens is a member of the Papilionoideae subfamily of Fabaceae family and generally used as a source of vegetable protein as part of human diets in many regions of the world. Chloroplast (cp) genomes are highly active genetic components of plants and can be utilized as molecular markers for various purposes. Lens ervoides cp genome, which is one of the wild lentil species, was sequenced for the first time in this study using the next-generation sequencing (NGS) method, and as a result of de novo processes, the L. ervoides cp genome with a length of 122,722 bp was obtained. Our results indicated that the cp genome of L. ervoides belongs to the inverted repeat lacking clade (IRLC) as well as Lens culinaris. Comparative genome analysis including the cultured lentil species L. culinaris cp demonstrated that the divergence between these two lentils was quite low as compared to other cp genomes from Papilionoideae. Several noteworthy divergences within the coding regions were observed in ndhB, ndhF, rbcL, rpoC2, and ycf2 genes. Analysis of relative synonymous codon usage (RSCU) showed that certain genes, psbN, psaI, psbI, psbE, psbK, petD, and ndhC, preferred using biased codons more often and therefore might have elevated expression. Overall, this study exhibits the level of divergence between the wild type and cultured lentil cp genomes and points to certain regions that can be utilized as distinction markers for various goals.
Benzer Tezler
- Kültür mercimeğinde (Lens culinaris Medik.) geliştirilen genomik SSR Markörlerinin yabani mercimek türlerine transfer edilebilirliğinin belirlenmesi
Determination of transferability of genomic SSR Markers developed in cultured lentil (Lens culinaris Medik.) to wild lentil species
MERVE KEKLİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELİKE BAKIR
- Mercimek cinsinde (lens mıller) dayanıklılık gen analogları, peroksidaz ve wrky transkripsiyon faktörü gen ailelerinin polimorfizmi
Polymorphism of resistance gene analogs, peroxidase and wrky transcription factors gene families in the genus lens miller
DUYGU SARI YOL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENGİZ TOKER
- Anadolu kökenli tarımsal genetik kaynak lens Culinaris medik. türünün genetik çeşitliliğinin ve filocografik örüntülerinin belirlenmesi
Determination of genetic diversity and phylogeographic patterns of agricultural genetic resource lens Culinaris medik. originated from Anatolia
ŞENAY BOYRAZ TOPALOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELİM SUALP ÇAĞLAR
DOÇ. DR. İSMAİL KUDRET SAĞLAM
- SSR markörleri kullanılarak mercimek tür ve çeşitlerinde genetik çeşitliliğe dayalı taksonomik ilişkinin araştırılması
Taxonomic relationships based on genetic diversity using SSR markers among lentil species (Lens sp.) and cultivars
MUAZZEZ DERYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- KO-rings and J-groups of lens spaces
Lens uzaylarının KO-halkaları ve J-grupları
MEHMET KIRDAR
Doktora
İngilizce
1998
Matematikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM BİBAĞ