Geri Dön

Lens ervoides kloroplast genomunun sekanslanması ve Lens culinaris kloroplast genomu ile karşılaştırılması

Sequencing of Lens ervoides chloroplast genome and comparison with Lens culinaris chloroplast genome

PDF İndir

  1. Tez No: 744043
  2. Yazar: NURBANU TAYŞİ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. DUYGU ATEŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 75

Özet

Lens, Fabaceae ailesinin Papilionoideae alt ailesine ait bir üyedir ve genellikle dünyanın birçok bölgesinde insanların beslenme düzeninin önemli bir parçası olup bitkisel protein kaynağı olarak kullanılmaktadır. Kloroplast (cp) genomları, bitkilerin oldukça aktif olan genetik bileşenleridir ve çeşitli amaçlar için moleküler belirteçler olarak kullanılabilmektedirler. Yabani mercimek türlerinden biri olan Lens ervoides cp genomu ise ilk kez bu çalışmada yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemi kullanılarak sekanslanmıştır. De novo işlemleri sonucunda 122.722 bp uzunlukta L. ervoides cp genomu elde edilmiştir. Sonuçlarımız, L. ervoides'in cp genomunun da Lens culinaris'in cp genomu gibi inverted repeat lacking clade (IRLC)'ye ait olduğunu göstermiştir. Kültür mercimek türü olan L. culinaris cp genomu ile karşılaştırıldığında bu iki mercimek türündeki farklılığın oldukça düşük olduğu tespit edilmiştir. Fakat, ndhB, ndhF, rbcL, rpoC2 ve ycf2 genlerini içeren kodlama bölgelerinde ise dikkate değer farklılıklar belirlenmiştir. Göreceli eş anlamlı kodon kullanımının (RSCU) analizi sonucunda, belirli genlerin, psbN, psaI, psbI, psbE, psbK, petD ve ndhC'nin tercih edilen kodonları daha sık kullandığı ve bu nedenle yüksek ekspresyon seviyesine sahip olabileceği sonucuna varılmıştır. Genel olarak, bu çalışma, yabani ve kültüre alınmış mercimek cp genomlarındaki farklılık seviyesini sergilemektedir ve çeşitli hedefler için ayrım belirteçleri olarak kullanılabilecek belirli bölgelere işaret etmektedir.

Özet (Çeviri)

Lens is a member of the Papilionoideae subfamily of Fabaceae family and generally used as a source of vegetable protein as part of human diets in many regions of the world. Chloroplast (cp) genomes are highly active genetic components of plants and can be utilized as molecular markers for various purposes. Lens ervoides cp genome, which is one of the wild lentil species, was sequenced for the first time in this study using the next-generation sequencing (NGS) method, and as a result of de novo processes, the L. ervoides cp genome with a length of 122,722 bp was obtained. Our results indicated that the cp genome of L. ervoides belongs to the inverted repeat lacking clade (IRLC) as well as Lens culinaris. Comparative genome analysis including the cultured lentil species L. culinaris cp demonstrated that the divergence between these two lentils was quite low as compared to other cp genomes from Papilionoideae. Several noteworthy divergences within the coding regions were observed in ndhB, ndhF, rbcL, rpoC2, and ycf2 genes. Analysis of relative synonymous codon usage (RSCU) showed that certain genes, psbN, psaI, psbI, psbE, psbK, petD, and ndhC, preferred using biased codons more often and therefore might have elevated expression. Overall, this study exhibits the level of divergence between the wild type and cultured lentil cp genomes and points to certain regions that can be utilized as distinction markers for various goals.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    820839

    Kültür mercimeğinde (Lens culinaris Medik.) geliştirilen genomik SSR Markörlerinin yabani mercimek türlerine transfer edilebilirliğinin belirlenmesi

    Determination of transferability of genomic SSR Markers developed in cultured lentil (Lens culinaris Medik.) to wild lentil species

    MERVE KEKLİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELİKE BAKIR

  2. Tez No

    360765

    Mercimek cinsinde (lens mıller) dayanıklılık gen analogları, peroksidaz ve wrky transkripsiyon faktörü gen ailelerinin polimorfizmi

    Polymorphism of resistance gene analogs, peroxidase and wrky transcription factors gene families in the genus lens miller

    DUYGU SARI YOL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CENGİZ TOKER

  3. Tez No

    840822

    Anadolu kökenli tarımsal genetik kaynak lens Culinaris medik. türünün genetik çeşitliliğinin ve filocografik örüntülerinin belirlenmesi

    Determination of genetic diversity and phylogeographic patterns of agricultural genetic resource lens Culinaris medik. originated from Anatolia

    ŞENAY BOYRAZ TOPALOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELİM SUALP ÇAĞLAR

    DOÇ. DR. İSMAİL KUDRET SAĞLAM

  4. Tez No

    299445

    SSR markörleri kullanılarak mercimek tür ve çeşitlerinde genetik çeşitliliğe dayalı taksonomik ilişkinin araştırılması

    Taxonomic relationships based on genetic diversity using SSR markers among lentil species (Lens sp.) and cultivars

    MUAZZEZ DERYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÖZKAN

  5. Tez No

    79319

    KO-rings and J-groups of lens spaces

    Lens uzaylarının KO-halkaları ve J-grupları

    MEHMET KIRDAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Matematikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Matematik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM BİBAĞ

Geri Dön