İnsan bağırsak mikrobiyotasının farklı DNA izolasyon yöntemleri kullanılarak incelenmesi
Investigation of human gut microbiota using different DNA isolation methods
- Tez No: 744542
- Danışmanlar: PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU, DR. DİLEK SEVER KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
İnsan mikrobiyotası en yoğun olarak bağırsakta bulunur. İnsan bağırsak mikrobiyatasının (İBM) homeostatik yapısının insan sağlığını olumsuz etkileyebilecek yönde değişimi bağırsak disbiyozisi olarak adlandırılır. Çalışmalarda son yıllarda yeni nesil dizileme (YND) yöntemleri, özellikle 16S rRNA amplikon dizileme hassas, düşük maliyetli ve yüksek çıktılı veri sunmasıyla oldukça yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu tez çalışmasında gönüllülerden (n=3) alınan dışkı örneklerinden üç farklı (Fenol-Kloroform, QIAamp Powerfecal DNA Kit, ZymoBIOMICS Miniprep Kit) yöntem ile bakteriyel genomik DNA izolasyonları gerçekleştirilip ürünlerinin 16S rRNA geni V3-V4 bölgeleri PZR işlemi ile çoğaltılarak Illumina Miseq cihazında dizilendi. 16S amplikon dizileme sonucunda ortalama 83.633 okuma başarısı sağlandı. Ancak taksonomik olarak sınıflandırılabilen ortalama okuma sayısı ise 40.603 olarak belirlendi ve bu okuma derinliğinde elde edilen en anlamlı veri filum düzeyinde gerçekleştirildi. En kapsamlı veri filtreli ticari kitlerle Qiagen (7 filum) ve Zymo (6 filum) elde edilen örnekler ile sağlanmıştır. Fenol klorofom (5 filum) ile elde edilen DNA miktarları çok olmasına rağmen bakteri temsiliyeti bakımından filtreli kitlere göre daha başarısız olduğu görüldü. Örnekler arası karşılaştırmalarda Bacteroidetes filumunun tespitinin filtreli (Qiagen) izolasyonlarda daha etkin olduğu görülmüştür. Bu çalışmanın sonuçlarına göre bakteriyel genomik DNA izolasyon yönteminin bakterilerin tümünün DNA izolasyonunu gerçekleştirmedeki başarısı, biyolojik parametrelerden bağımsız olarak doğrudan mikrobiyal kompozisyonu etkilemektedir.
Özet (Çeviri)
The human microbiota is most dense in the gut. The change in the homeostatic structure of the human gut microbiota in a way that may adversely affect human health is called intestinal dysbiosis. In recent years, next-generation sequencing methods, especially 16S rRNA amplicon sequencing, have been widely used in studies because they provide sensitive, low-cost and high-throughput data. In this thesis study, bacterial genomic DNA isolations were performed from stool samples taken from volunteers(n=3) with three different methods(Phenol-Chloroform, QIAamp Powerfecal DNA Kit, ZymoBIOMICS Miniprep Kit) and 16S rRNA gene V3-V4 regions of their products were amplified by PCR and analyzed in Illumina Miseq device. As a result of 16S amplicon sequencing, an average of 83,633 read successes was achieved. However, the average number of taxonomically classified reads was determined as 40,603, and the most meaningful data obtained at this reading depth was performed at the phylum level. The most comprehensive data is provided with samples obtained from commercial kits with filters, Qiagen(7 phyla) and Zymo(6 phyla). Although the amount of DNA obtained with Phenol-Chloroform(5 phyla) was high, it was seen that it was more unsuccessful in terms of bacterial representation compared to the filter kits. In the comparisons between samples, it was observed that the detection of the Bacteroidetes phylum was more effective in filtered(Qiagen) isolations. According to the results of this study, the success of bacterial genomic DNA isolation method in performing DNA isolation of all bacteria directly affects the microbial composition regardless of biological parameters.
Benzer Tezler
- Farklı kaynaklardan izole edilen probiyotik bakterilerin antimikrobiyal ve antikanser etkinliğinin değerlendirilmesi
Evaluation of antimicrobial and anticancer activity of probiotic bacteria isolated from different sources
SAIDA MUSTAFAYEVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NAZMİYE ÖZLEM ŞANLI
- Valorization of black chokeberry waste as a potential source of bioactive compounds: Their identification, microencapsulation and impact on the human gut microbiota
Biyoaktif bileşiklerin potansiyel bir kaynağı olarak siyah aronya atığının değerlendirilmesi: Tanımlanması, mikrokapsüllenmesi ve insan bağırsak mikrobiyotasi üzerindeki etkisi
GİZEM ÇATALKAYA
Doktora
İngilizce
2022
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA ÇAPANOĞLU GÜVEN
- COVİD-19 hastalarının bağırsak mikrobiyota profillerinin araştırılması
Investigation of gut microbiota profiles of COVİD-19 patients
HATİCE ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR ARSLAN
- STING R232/H232 varyantının inflamatuar bağırsak hastalığının prognozundaki etkileri
Effects of effects of sting STING R232/H232 variant on prognosis of inflammatory bowel disease
GİZEM AKYOL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN BOZOK ÇETİNTAŞ
DOÇ. DR. MİRAY KARAKOYUN
- Determination of enterotype specific microbial biomarkers from metagenome data for early diagnosis and screening system in colon cancer
Kolon kanserinde erken tanı ve tarama sistemi için metagenom verilerinden enterotip spesifik mikrobiyal biyobelirteç tayini
ÜNZİLE GÜVEN GÜLHAN
Doktora
İngilizce
2024
BiyoistatistikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. SALİHA DURMUŞ