Geri Dön

A survey of transcriptomic changes in the colon carcinoma model of HCT116 parental and CDK2-phospho-mutant EEF2 expressing cells under complete growth and nutrient deprivation

Parental ve CDK2-fosfo-mutant EEF2 eksprese olan HCT116 kolon karsinoma hücrelerinin normal büyüme ve besin yokluğundaki transcriptomik değişikliklerinin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 744583
  2. Yazar: ABDULAHI DABO JAKIR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA AYDEMİR ÇOBAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Biruni Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 42

Özet

Kolorektal kanser, tüm dünyada her yıl milyonlarca ölüme neden olan bir gastrointestinal tümördür. Tümör kolon veya rektumdan (kalın bağırsağın bölümleri) kaynaklanır. Belirtiler ve semptomlar dışkıda kan, bağırsak hareketlerinde değişiklik, yorgunluk ve kilo kaybını içerebilir. Çoğunlukla yaşam tarzı faktörleri ve yaşlılık ve hatta genetik bozukluklarla ilgilidir. Risk faktörleri diyet, obezite, sigara ve fiziksel aktivite eksikliğini içerir. Riski artıran diyet faktörleri arasında kırmızı et, işlenmiş et ve alkol bulunur. Diğer bir risk faktörü, Crohn hastalığı ve ülseratif koliti içeren inflamatuar bağırsak hastalığıdır. Vakaların %5'inden azı, ailesel adenomatöz polipoz ve kalıtsal polip olmayan kolon kanseri dahil olmak üzere bazı kalıtsal genetik bozukluklardan kaynaklanır ve sonunda, zamanla kötü huylu bir tümör haline gelen, genellikle polip şeklinde iyi huylu bir tümöre yol açar. Hastalığın teşhisi özellikle ileri evrelerde zordur. Bununla birlikte, erken evrelerde, bu tümörden muzdarip kişiler, verimli bir şekilde tedavi edilebilir ve bu da keyifli bir yaşam sağlar ve kötü prognozu erteleyebilir. EF2 proteini, protein sentezinde yer alan diğer proteinlerle birlikte, geleneksel olarak hücre canlılığında hayati bir rol oynayan hücresel temizlikçiler olarak bilinir. EEF2 ayrıca yaş ve cinsiyet dahil olmak üzere diğer klinikopatolojik parametrelerden bağımsız olarak CRC için prognostik bir biyobelirteçtir. Tümör hücrelerinin hedeflenmesindeki yetersizlik göz önüne alındığında, tümöre özgü genlerin belirlenmesi daha iyi bir tedavi için çok önemlidir. Bundan hareketle bu tezde, ekspresyonu kolon kanseri hücrelerinde CRISPR aracılı knock-in (KI) tekniği ile oluşturulan EF2 geni ile ilişkisi olan yeni gen(ler) tanımlanmıştır. Bunu yapmak için, HCT116-KI ve HCT116-yabanıl tip (WT) hücreler, besin yoksunluğu gibi çeşitli koşullara maruz bırakıldı. Genlerin ekspresyonundaki değişiklikler, hücreler arasında yüksek düzeyde yukarı regüle veya aşağı regüle olan önemli bir gen veya gen grubunu (kontrol hücreleri ve vahşi tip hücreler) tanımlamak için bir mikrodizi analiz tahlili ile tespit edildi. Açlık durumunda, Zinc-finger pro 280c (ZFN280C)'nin normal olarak tam tersi şekilde ifade edilirken yukarı regüle olduğu bulunmuştur. Başka bir gen olan EGR, önemli ölçüde aşağı regüle edildi. Genel olarak bu iki gen, çeşitli genetik ve genetik olmayan koşullar altında hücrelerde farklı ve önemli ölçüde eksprese edildi ve tümör hücrelerini hedeflemek için adaylar sunuyor.

Özet (Çeviri)

Colorectal cancer is a gastrointestinal tumor, causing more than millions of deaths yearly all around the world. The tumor originates from the colon or rectum (parts of the large intestine). Signs and symptoms may include blood in the stool, a change in bowel movements, fatigue and weight loss. Mostly related to lifestyle factors and old age, and even genetic disorders. Risk factors include diet, obesity, smoking, and lack of physical activity. Dietary factors that increase the risk include red meat, processed meat, and alcohol. Another risk factor is inflammatory bowel disease, which includes Crohn's disease and ulcerative colitis. Less than 5% of cases arises from some of the inherited genetic disorders including familial adenomatous polyposis and hereditary non-polyposis colon cancer and eventually leads to the benign tumor, often in the form of a polyp, which over time becomes a malignant tumor. The diagnosis of the disease is challenging especially at the advanced stages. However, at the early stages, people who are suffering from this tumor can be treated with efficiency resulting a pleasant life and could postpone the bad prognosis. EF2 protein, together with other proteins involved in protein synthesis, is traditionally known as cellular housekeepers that play a vital role in cell viability. EEF2 is also a prognostic biomarker for CRC independent of other clinicopathological parameters, including age and gender. Considering the insufficiency in targeting tumor cells, genes specific to tumor, is very important to identify for a better treatment. Based on this, in this thesis novel gene(s), which have relationships with EF2 gene -whose expression is constituent in colon cancer cells by a CRISPR mediated knock-in (KI) technique- were identified. To do this, the HCT116-KI and HCT116-wild type (WT) cells were exposed to various conditions such as nutrient deprivation. The changes in the expression of the genes were detected by a microarray analysis assay to identify a significant gene or group of genes that are highly up-regulated or down-regulated among the cells (control cells vs wild type cells). Upon starvation, Zinc-finger pro 280c ZNF280C is found to be up-regulated whilst normally expressed the other way around. Another gene namely, EGR was significantly down regulated. Overall these two genes were differentially and significantly expressed in the cells under various genetic and non-genetic conditions and offer candidates for targeting tumor cells.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    498312

    Isı şoku protein genlerinin (HSP) bazı populus taksonlarında fonksiyonel genom analizi ve abiyotik stres koşullarında HSP genlerinin ifade seviyelerinin belirlenmesi

    Genome-wide survey of heat shock proteins (HSP) and expression analysis of HSP genes under abiotic stress conditions in some populus taxons

    ESRA NURTEN YER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    GenetikKastamonu Üniversitesi

    Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEZGİN AYAN

    DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU

  2. Tez No

    412547

    Türkiye'de pediyatrik kaudal epidural anestezi uygulamalarının değerlendirilmesi

    A survey of pediatric caudal epidural anesthesia administration in Turkey

    ÜMİT HÜSEYİN TOPAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Anestezi ve ReanimasyonUludağ Üniversitesi

    Anesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BELGİN YAVAŞCAOĞLU

  3. Tez No

    412658

    Polis akademisi öğrencilerinin bazı fiziksel, antropometrik ve motor özelliklerinin araştırılması

    A survey of police academy students some physical, anthropometric and motor characteristics

    MUHAMMED ZAHİT KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Eğitim ve ÖğretimDumlupınar Üniversitesi

    Beden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARSLAN KALKAVAN

  4. Tez No

    419402

    Kalıp sistemlerinin ölçü ve bedene uyum yönünden incelenerek Türk kadın beden yapısına uyumlarının değerlendirilmesi

    A survey of pattern systems on fit and measurement for evaluating the fit for Turkish women's body type

    HİLAL ŞEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Eğitim ve ÖğretimGazi Üniversitesi

    Giyim Endüstrisi ve Giyim Sanatları Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HACI FATMA ŞENER

  5. Tez No

    245225

    Antalya-Kumluca ve Fethiye'de manganez ve krom araştırılmasında jeofizik yöntemlerin uygulanması

    A survey of manganese carry out of geophysical methods in Antalya-Kumluca and Fethiye

    HATİCE KÜBRA DOĞRULUK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Jeofizik MühendisliğiSakarya Üniversitesi

    Jeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CAN KARAVUL

Geri Dön