Towards a general descriptor for the prediction of PKA
PKA ların tahmini için genel bir elektronik tanımlayıcıya doğru
- Tez No: 750881
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ANTOINE MARION
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Ab initio, Amino asitler, Kuantum kimyası, Ab initio, Amino acids, Quantum chemistry
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Moleküllerin pKa'sını doğru, genel ve verimli protokollerle tahmin etmek, birçok uygulama için, özellikle protein modellemesi için gereklidir. Örneğin, tek tek pKa amino asitleri sulu çözeltilerde bilinmesine rağmen, protein ortamında ve genel olarak farklı bir ortamda değişebilir. Desolvasyon, hidrojen bağı veya yük yükü etkileşim- leri bu tür pKa kaymasına neden olabilir ve kimyasal reaksiyon sırasında moleküllerin bağlanma tercihlerini açıklamak genellikle çok önemlidir. QM tabanlı, MM tabanlı, süreklilik tabanlı ve bilgi tabanlı yöntemler gibi yaklaşımlarla pKa değerlerini tah- min etmenin çeşitli yolları vardır. Bununla birlikte, bu yaklaşımlar genellikten yoksun olma eğilimindedir ve genellikle yalnızca belirli molekül sınıflarının pKa'sını tahmin etmek için uyarlanmıştır. Amacımız, proton afinitesinin bir molekülden diğerine ve bir ortamdan diğerine değişmesini sağlayan şeyin özünü kavrayacak genel bir elekt- ronik tanımlayıcı belirlemektir. Protokolümüz, başlangıçta elektronik uyarma üzerine moleküler elektron yoğunluğundaki topolojik değişiklikleri karakterize etmek için ta- sarlanmış tanımlayıcılara dayanmaktadır. Bu araçları başka bir amaca uygun hale ge- tirerek, pKa kavramını çeşitli moleküler ortamlara, yani gaz fazından bir protein içine aktarılabilen kesin elektronik tanımlayıcılarla rasyonalize etmek için de-protonasyon üzerine elektron yoğunluğunun yeniden düzenlenmesini keşfetmeyi amaçlıyoruz.
Özet (Çeviri)
Estimating pKa of molecules with accurate, general, and efficient protocols is essen- tial for many applications, notably for proteins modelling. For example, although individual amino acids pKa is known in aqueous solutions, it might be changed in the protein environment and in general in a different environment. Desolvation, hydro- gen bonding, or charge charge interactions can cause such pKa shift, and it is often crucial to explain the bonding preferences of molecules during the chemical reaction. There are various ways to predict pKa values with approaches such as QM based, MM based, continuum based, and knowledge based methods. These approaches, however, tend to lack generality and are usually tailored to predict the pKa of certain classes of molecules only. Our aim is to identify a general electronic descriptor that would grasp the essence of what makes proton affinity vary from one molecule to another, and from one environment to another. Our protocol is based on descriptors initially designed to characterize topological changes in molecular electron density upon elec- tronic excitation. By repurposing these tools, we aim at exploring the reorganization of the electron density upon de-protonation to eventually rationalize the concept of pKa with clear-cut electronic descriptors that can be transferred to various molecular environments, i.e., from the gas phase to a protein interior.
Benzer Tezler
- Equimolar binary compounds: A first-principles based machine learning study
Eşmolar ikili alaşımlar: AB-initio tabanlı makina öğrenme çalışması
CEM ORAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
İstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- Raylı sistemlerde otomasyon seviyeleri ve sürücülü metro hatlarında hatada emniyetli hat ihlal sistemi
The grade of automation in railway systems and a fail safe line intrusion detection system for semi-automatic metro lines
EMRE BAHÇIVAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Yıldız Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Helikopter ana rotor uç geometrisinin aeroakustik açıdan optimizasyonu ve rotor hareketlerinin aeroakustik etkilerinin incelenmesi
Aeroacustical optimization of helicopter main rotor tip geometry and investigation of aeroacustic effects of rotor movements
TUĞRUL TEOMAN ÖZTÜRK
- Akışkan yataklı reaktörde biyolojik denitrifikasyon sürecinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
M.GÜRKAN DUMLU
- Mali yapı analizlerinde çok boyutlu modeller
Multi-dimensional models in financial structural analyses
SERKAN ANIL