IVF kültür sıvısının pre implant genetik tanı amaçlı genomik ve metabolomik analizi
Genomic and metabolomic analyses of IVF culture medium for preimplantation genetic diagnosis
- Tez No: 751215
- Danışmanlar: PROF. DR. AYSEL ÖZPINAR, PROF. DR. MUSTAFA CENGİZ YAKICIER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Genetik, Biochemistry, Genetics
- Anahtar Kelimeler: IVF, embriyo kültürü, girişimsel olmayan PGT-A, öploid, anöplodi, Anöploidi, Embriyo, Embriyo kültür teknikleri, Fertilizasyon-in vitro, Genetik, Genetik teknikler, Teşhis testleri, IVF, embryo culture, non-invasive PGT-A, euploid, aneuploidy, Embryo, Embryo culture techniques, Fertilization-in vitro, Genetics, Genetic technics, Diagnostic tests
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Üremeye yardımcı tedavilerde (ÜYTE) başarısızlığın en önemli nedenleri yetersiz embriyo seçim metodları ve artan anne yaşına bağlı olarak artan embriyonik anöploidilerdir. Günümüzde bu anomalilerin PGT-A yöntemi ile embriyo transferi öncesi tespiti mümkündür fakat analiz için gerekli olan embriyo biyopsisi beraberinde ek riskler ve maliyet getirebilmektedir. Bu çalışmada amaç, girişimsel olmayan şekilde ve embriyoya ait kullanılmış kültür ortamlarının (SCM) genomik ve metabolomik incelenmesi temeline dayalı, etkin ve düşük maliyetli bir test yaklaşımı geliştirmektir. Çalışmaya Nisan 2019 – Nisan 2022 tarihleri arasında Bahçeci Umut Tüp Bebek Merkezinde tedavi gören ve PGT-A uygulanan 149 hastaya ait 392 TE biyopsisi yapılmış embriyo ve SCM örneği dahil edilmiştir. Bunların arasından 22 SCM örneği (11 öploid ve 11 anöploid) genomik niPGT-A analizi amaçlı olarak NGS tekniği ile, 49 SCM örneği (17 öploid ve 32 anöploid) metabolomik niPGT-A analizi amaçlı olarak LC-MS/MS tekniği ile analiz edilmiştir. Genomik PGT-A amaçlı incelenen 22 örneğin 11'inde hücresiz DNA başarılı bir şekilde çoğaltılabilmiş ve 4 örneğin tam, 4 örneğin ise kısmı olarak TE biyopsi sonucuyla uyumluluk gösterdiği tespit edilmiştir. Çalışmanın metabolomik niPGT-A kolunda tirozin aminoasit konsantrasyonunun öploidi/anöploidi açısından istatistiksel olarak anlamlı şekilde ayrıştırıcı olduğu, Treonin, lizin, histidin, glisin ve asparajin amino asitlerinin monozomik embriyolarda scm'deki miktarları istatiksel olarak yüksek bulunmuştur (p<0.05). Ayrıca yine monozomik embriyolarda scm'deki glutamin miktarı istatiksel olarak düşük bulunmuştur (p<0.05). Fenilalanin, valin, methiyonin, arjinin, lösin, aspartik asit, hidroksiprolin ve sitrülin amino asit miktarlarının monozomi ve trizomi ile ilişkili olduğu istatiksel olarak gösterilmiştir (p<0.05). Bu çalışmada elde edilen sonuçlar embriyoların metabolomik niPGT-A yaklaşımı kullanılarak anöploidi tanısı koymada yardımcı olabileceğini göstermekle birlikte genomik niPGT-A tanısı koymak için ek çalışmalara ihtiyaç olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The most important reasons for failure in assisted reproductive technologies (ART) treatments are inadequate embryo selection methods and increasing embryonic aneuploidies due to increasing maternal age. Today, it is possible to detect these anomalies before embryo transfer with PGT-A method, but embryo biopsy required for analysis may bring additional risks and costs. The aim of this study is to develop an efficient and low-cost testing approach based on genomic and metabolomic examination of embryonic used culture media (SCM) non-invasively. In the study, 392 TE biopsied embryos and SCM samples of 149 patients who were treated at Bahçeci Umut IVF Center and underwent PGT-A between April 2019 and April 2022 were included. Among them, 22 SCM samples (11 euploid and 11 aneuploid) were analyzed by NGS technique for genomic niPGT-A analysis, 49 SCM samples (17 euploid and 32 aneuploid) were analyzed by LC-MS/MS technique for metabolomic niPGT-A analysis. Cell-free DNA was successfully amplified in 11 of 22 samples examined for genomic PGT-A, and it was found that 4 samples were compatible with the TE biopsy result as complete and 4 samples partially. In the metabolomic niPGT-A arm of the study, the tyrosine amino acid concentration was statistically significantly different in terms of euploidy/aneuploidy, and the amounts of threonine, lysine, histidine, glycine and asparagine amino acids in scm in monosomic embryos were found to be statistically high (p<0.05). In addition, the amount of glutamine in scm was found to be statistically low in monosomic embryos (p<0.05). It has been shown statistically that the amino acid amounts of phenylalanine, valine, methionine, arginine, leucine, aspartic acid, hydroxyproline and citrulline are associated with monosomy and trisomy (p<0.05). The results obtained in this study show that embryos can be helpful in diagnosing aneuploidy using the metabolomic niPGT-A approach, but further studies are needed to diagnose genomic niPGT-A.
Benzer Tezler
- 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi
Başlık çevirisi yok
VEFA AHSEN
Doktora
Türkçe
1984
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- Helisel yayların statik karakteristiklerini ölçme ve kontrol etme cihazının tasarımı ve imalatı
Design and manufacture of a device measuringand controlling the static characteristics of helical springs
MUAMMER MUSULLUOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Makine MühendisliğiGazi ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FEVZİ ERCAN
- Regresyon analizi ve Türkiye üzerine bir deneme buğday üretiminin tahmini
Başlık çevirisi yok
MACİT MESUT ÖZMEN