Survey of expression profiles of circular RNAs and their parent genes in context of tissue specificity
Dokuya özgü halkasal RNA'lar ve kaynak genlerinin ifade profillerinin araştırılması
- Tez No: 754512
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALPER YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Kodlamayan RNA'lar özellikle insan genomunun büyük bir parçasını oluşturan transkripsiyonal ve post transkripsiyonal seviyede çeşitli rollere sahip RNA grubudur. CircRNA'lar ise yeni keşfedilmiş, tek dizili ve kovalent olarak kapatılmış halkasal yapıdaki kodlamayan RNA grubudur. Dairesel olması sebebiyle protein kodlayamamaktadır. Viroidlerdeki ilk keşfinde splicing hatası olduğu düşünülürken, daha sonraki araştırmalarla diğer kodlamayan RNA'larla (miRNA gibi) ve proteinlerle (RBPler) de etkileşimde olduğu ve böylece de epigenetik değişikliklere yol açtığı görülmüştür. Bu işlevsellikleri sebebiyle circRNA'lar dikkatleri üzerine çekmiş ve birçok çalışmanın kaynağı olmuştur. Biyolojik fonksiyonları belirlenmiş olsa da, biyogeneziyle alakalı belirsizlikler varlığını sürdürmektedir. circRNA'lar pre-mRNA'lardan; alternatif splicing den farklı olarak backsplicing mekanizması ile üretilmektedir. Dairesel bir forma sahip olması için iki ucun (5' donör and 3' acceptor site) birleştirilmesi gerekmektedir. Bu birleşme çeşitli termodinamiksel faktörlerden etkilenmektedir. CircRNA yı olu ̧sturan ekzonlar ve flanking intronlar hem dairesel yapı oluşumunu hem de oluşacak circRNA nın türünü etkileyebilmektedir. circRNA olu ̧sumu birçok faktöre ba ̆glı oldu ̆gundan biyogenezle alakalı kesin hükümler verilememektedir. Ancak circRNA'lar pre-mRNA'lardan oluştuğu için gen ekspresyonu ile arasında korelasyon olması beklenmektedir. Bu çalışmada çeşitli dokuları kapsayan ve bir milyonun üzerinde circRNA ve gen ekspresyonlarını içeren circAtlas 2.0 veritabanı kullanılmıştır. Yalnızca bir dokuda ifade edilen genler seçilmiştir. Bunun sonucunda circRNA'nın ifade edildi ̆gi dokuda parent gen ekspresyonunun bulunmadığı genin başka bir dokuda ifade edildiği görülmüştür.Elde edilen verilerden örnek bir grup olarak bu durumu en fazla içeren rahim dokusu seçilmiştir. Bu dokuda circRNA ekspresyonu olduğu halde parent gen ekspresyonu olmayanlar belirlenmiş ve bu gen bölgesine bağlanabilecek potansiyele sahip RBPler ENCODE'daki e-CLIP ve RNA bind N seq deneylerinden elde edilerek kullanılmıştır. Bu çalışma sonucunda elde edilecek bilgilerle circRNA'ların rahimdeki ekspresyonları, fonksiyonları ve circRNA biyogeneziyle alakalı yeni bakış açıları geliştirilmesi amaçlanmıştır. Böylece circRNA'lar rahimle ilgili hastalıkların teşhis ve tedavisi için potansiyel olma durumunda olup, circRNA biyogenezinde parent genin rolü de daha iyi anlasılmış olacaktır.
Özet (Çeviri)
Non-coding RNAs are group of RNA that have various roles at transcriptional and post-transcriptional levels and they comprise majority of human human. CircRNAs are non-coding RNA groups which gained attention recently. circular RNAs are single stranded, circular and covalently closed RNA molecules. Because of its circular structure, CircRNAs cannot code proteins. Upon their initial discovery circRNAs were considered as splicing error in viroids. Ever increasing researches showed that circRNAs interact with other non-coding RNAs (e.g. miRNA) and proteins (e.g. RBPs), and they are associated with epigenetic changes. Although biological functions of circRNAs are brought to light by ongoing research, uncertainties about their biogenesis still exist. CircRNAs are produced from pre mRNAs by mechanism called back splicing, which is considered a distinct splicing mechanism compared to alternative splicing. In order to have circular form, two edges of circRNAs (5' donor and 3' acceptor site) need to be connected. Exons and flanking introns forming the circRNA may affect both structure and type of circRNA. Because formation of circRNA depends on many factors, biogenesis of circRNAs is yet to be fully understood. Since circRNAs are constructed from pre-mRNAs, it is at least expected that a correlation exists between parent gene expression and circRNA level. In this study, gene expression and circRNA expression data for various tissues were retrieved from circAtlas 2.0 database. After filtering genes and circRNAs that are expressed in specific tissues a striking result was observed. For certain circRNAs, parent gene of the circRNA have been expressed in different tissues. In our study we focused on Uterus tissue to investigate the phenomenon. Samples which contain circRNA expression but parent gene expressions have been detected and RBPs which have potential of binding to region of parent gene transcript that constitute the circular RNA were identified by integrating results of e-CLIP and RNA bind N seq data acquired from ENCODE project. Our results shed light on biogenesis of circRNAs.RBPs have potential to interact with certain parent gene transcripts and direct all of them to back splice into circRNAs. Thus, the potential of circRNA in diagnosis and treatment of diseases in uterus and role of parent gene in circRNA biogenesis will have been much better understood.
Benzer Tezler
- Hidrokarbonların detonasyonu
Detonation hydrocarbons
SEHER ÖZKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. KORHAN BİNARK
- Optimization models to identify key RNA regulatory modules in cancer
Kanserde anahtar RNA düzenleme modüllerini tanımlamak için optimizasyon modelleri
MILAD MOKHTARIDOOST
Doktora
İngilizce
2021
BiyoistatistikKoç ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği ve Operasyon Yönetimi
DOÇ. DR. MEHMET GÖNEN
- Diffüz büyük B hücreli lenfoma vakalarında immunhistokimyasal biomarkerların prognostik önemi
The prognostic importance of immunohistochemical biomarkers in diffuse large B cell lymphoma cases
SERDAL KORKMAZ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2013
HematolojiCumhuriyet Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ŞENCAN
- Tekstil boyama atıksularının arıtılabilirliği
Başlık çevirisi yok
BURCU SOYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATOŞ GERMİRLİ BABUNA