Geri Dön

Yeni nesil dizileme yöntemi ile türk fındığı (Corylus colurna L.) ve tombul fındığın (Corylus avellana L.) transkriptom analizlerinin yapılması ve karşılaştırılması

Transcriptome analyzes of turkish filbert (Corylus colurna L.) and tombul hazelnut (Corylus avellana L. tombul) with next generation sequencing

PDF İndir

  1. Tez No: 754518
  2. Yazar: SALİH ULU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Ziraat, Biology, Genetics, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 105

Özet

Fındık, tarih boyunca insanlar için değerli bir gıda olmuştur. Gıda sektöründe çerez olarak, özellikle pasta ve çikolata yapımında tüketilmesi yanı sıra yağ bitkisi olarak kullanılan, ekonomik değeri oldukça yüksek bir bitkidir. Huşgiller (Betulaceae) familyasından Coryleae alt familyasının Corylus cinsi içerisinde tanımlanan 25'ten fazla türün ticari olarak en çok tercih edilenleri ise Anadolu kaynaklı olanlarıdır. Tüm dünyanın ihtiyacının yaklaşık %70'inin Türkiye'den karşılanması ve anavatanının Türkiye olması ayrıca Türk ekonomisine katkısı açısından da oldukça önemli bir bitkidir. Ülkemizde birçok çeşidinin ticari olarak yetiştirilmesine rağmen, en yaygın olarak yetiştirilen türleri; ticari olarak en çok tercih edilen Tombul çeşidi olarak isimlendirilen Corylus avellana L. Tombul ve ağaç formunda olan ve güçlü kök yapısı sebebiyle ıslah çalışmalarında anaç olarak kullanılan ve Türk Fındığı olarak bilinen Corylus colurna L.'dir. Bu çalışmada Giresun Fındık Araştırma Enstitüsünün koleksiyonunda yer alan Tombul ve Türk fındık ağaçlarının yaprak, erkek ve dişi çiçek, tomurcuk ve zuruflarından total RNA izolasyonu yapıldı. Yeni Nesil Dizileme teknolojisi kullanılarak Illumina HiSeq4000 ile iki uçlu olarak 100 bp uzunluklarında okumalardan oluşan iki farklı kütüphane oluşturuldu. Dizileme sonrası C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul'dan yaklaşık 10,30 GB ve 10,48 GB transkriptom verisi elde edildi. C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul okumaları de novo olarak 95979 transkripte derlendi. TRAPID platformu kullanılarak transkriptlerin GO ve KEGG fonksiyonel özellikleri belirlendi. C. colurna L. ve C. avellana L. Tombul için sırasıyla 27051 ve 25312 SSR tanımlandı. RNA-seq verilerinin qPCR ile validasyonu için TL1, GMPM1, N, 2MMP, At1g29670, CHIB1 genleri seçildi. Yapılan bu çalışma ile Anadolu kaynaklı iki fındık türü; en kaliteli fındık kabul edilen Tombul çeşidi fındığın ve anaç olarak kullanılan Türk Fındığının ilk defa kapsamlı transkriptom analizi yapıldı, bu fındık türlerinin gen ekspresyon profilleri ilk defa karşılaştırılarak geniş bir bilgi elde edildi. Bu veriler fındık yetiştiriciliği, tıbbi ve endüstriyel araştırmalar için açık bir kaynak oluşturacaktır.

Özet (Çeviri)

Hazelnut has become a valuable nutrient throughout the history. As it is used in cake and chocolate products as well as appetizers and also oil extraction, its economic value is high. More than 25 species have been identified in Coryleae subfamily and Betulaceae family in taxonomical order, whereas commercially most preferable ones are grown in Anatolia region. Hazelnut is an economically important plant for Turkey since 70% of world need is supplied from Turkey. A lot of hazelnut species grow in Turkey, but the most widespread species are Corylus avellana L. Tombul which has high economically value because of their special flavor and oil content and Turkish hazelnut Corylus colurna L. which is used for breeding as rootstock because of their resistance against extreme nature conditions. In this study, Total RNA was isolated from young leaves, flowers (male and female), bud, husk shoot of C. colurna L. and C. avellana L. Tombul from the collection of Giresun Hazelnut Research Institute. Two different libraries were sequenced using Illumina HiSeq4000 with 100 bp paired-end. We generated 10,30 and 10,48 gb of transcriptome data from C. colurna L. and C. avellana L. Tombul, respectively. The reads from C. colurna L. and C. avellana L. Tombul were de novo assembled into 95979 transcripts. The transcripts of C. colurna L. and C. avellana L. Tombul were GO ve KEGG functionally annotated using the TRAPID platform, respectively. We identified 25312 and 27051 Simple Sequence Repeats (SSRs) for C. colurna L. and C. avellana L. Tombul, respectively. TL1, GMPM1, N, 2MMP, At1g29670, CHIB1 genes were selected for validation with qPCR. With this study a wide trascriptome analysis were done for Anatolia originated two hazelnuts that most quality Tombul hazelnut (Corylus avellana L.) and used as roodstocks Turkish hazelnut (Corylus colurna L.) and this was given wide information about their gene expression profile. We report the first de novo transcriptome data of C. avellana L. Tombul and compare C. colurna L. of commercial importance. These data constitute a valuable extension of the publicly available transcriptomic resource useful for breeding, medicinal and industrial research studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    876484

    Yeni nesil dizileme temelli girişimsel olmayan test verilerinden türk popülasyonunda sükraz-izomaltaz geni varyant profilinin ortaya konulması ve varyant taşıyıcılarında semptomların değerlendirilmesi

    Revealing the sucrase-isomaltase gene variant profile in the turkish population from non-interventional testing data based on new generation sequencing and evaluation of symptoms in variant carriers

    KÜBRA USLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUNİS DÜNDAR

  2. Tez No

    608010

    Prostat kanseri ile ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi: Biyoinformatik araçlar ve veritabanları

    Investigation of genes associated with prostate cancer bynext generation sequencing: Bioinformatics tools anddatabases

    ALİ YAVUZ ÇAKIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyomühendislikSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ KUYAŞ HEKİMLER ÖZTÜRK

  3. Tez No

    864350

    ABO kan grubu sisteminin genotipininyeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi

    Examining the genotype of the ABO blood group system using next-generation sequencing method

    ŞEYMA AKTAŞ PASKAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUNİS DÜNDAR

  4. Tez No

    872988

    Kalıtsal retinal distrofi hastalarında saptanangenetik varyantların değerlendirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    ŞENOL DEMİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BİLGEN BİLGE GEÇKİNLİ

    PROF. DR. AHMET ARMAN

  5. Tez No

    801027

    Primer immün yetmezliğe sahip hastaların klinik, immünolojik ve moleküler genetik değerlendirilmesi ve yeni tanımlanan varyantlar

    Clinical, immunological and genetic evaluation of patients with primary immunodeficiency, with identification of novel variants

    AHMET BURAK ARSLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM

Geri Dön