Primer immün yetmezliğe sahip hastaların klinik, immünolojik ve moleküler genetik değerlendirilmesi ve yeni tanımlanan varyantlar
Clinical, immunological and genetic evaluation of patients with primary immunodeficiency, with identification of novel variants
- Tez No: 801027
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
- Enstitü: Meram Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 176
Özet
Amaç: Primer İmmün Yetmezlik Hastalığı (PİYH), bağışıklık sisteminde görev alan unsurların, doğumsal ya da primer gelişim ve olgunlaşma basamaklarını ilgilendiren bozukluklar nedeniyle meydana gelen, otoimmünite, immündisregülasyon ve kronik ve/veya yineleyen enfeksiyonlarla sonuçlanan bir hastalık grubudur. Moleküler tanının zorluğu ve fenotipik sınıflandırmadaki değişiklikler nedeniyle özellikle farklı popülasyonlara ait genomik veri bugüne değin sınırlı kalmıştır. Bu çalışmada merkezimizce incelenen tüm hastaların fenotipik özellikleri ve genotipik altyapıları birlikte değerlendirilerek, Türk toplumunda görülen değişimlere dair fikir edinmek, insidental verilere ulaşmak, genotip-fenotip korelasyonuna dair içgörümüzü geliştirmek ve daha önce tanımlanmamış varyantları inceleyerek klinik veri ile korrelasyonlarını değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda, 2017 ile 2021 yılları arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Bölümü'ne immün yetmezlik ön tanısı ve/veya ilintili şikayetleriyle başvurmuş ve ön değerlendirmeden geçirdikten sonra, DNA izole edilmiş, ve immün yetmezliklerin tanı ve takibinde yeri olduğu gösterilmiş 64 adet geni içeren bir panel, NGS (Next Generation Sequencing – Yeni Nesil Dizileme) yöntemi ile genetik açıdan analiz edilmiş, ve nihayetinde hastaların fenotipik ve genotipik verileri değerlendirilmiştir. Buna ek olarak ebeveyn çalışmaları için belirlenen bölgelere Sanger dizi analizi çalışılmış ve analiz edilmiştir. Bulgular: Bazı hastalarda birden çok gen değişimi raporlandığından, 224 hastada olası benign, önemi bilinmeyen varyant, olası patojenik ve patojenik sınıflarına dâhil olan toplam 354 varyant raporlandı. En sık raporlanan gen DOCK8 idi (36 hasta, 10,2%), bunu LRBA (25 hasta, 7.2%), ATM (24 hasta, 6.9%), TNFRSF13B (20 hasta, 5.8%) ve PRF1 (17 hasta, 4.9%) izlendi. IV Sonuç: Çalışmamızda, immün sistem bozuklukları ile ilişkili genlerdeki değişimlerin kapsamlı bir değerlendirmesi yapılmış, patojenitesi bugüne değin netleşmemiş veya literatürde daha önce hiç bildirilmemiş varyantlar tartışılarak yeni genotip fenotip ilişkilendirmeleri yapılmıştır. Elde edilen veriler, literatüre sağlayacağı katkının yanında bu alanda gelecekte planlanacak araştırmalar ve hastalara yaklaşm için yol gösterici olabilir.
Özet (Çeviri)
Background/Aim: Primary Immunodeficiency defines a group of disorders that occur due to congenital, developmental and/or maturational disruptions of immune system elements; resulting in autoimmunity, immune dysregulation, and chronic/recurrent infections. Diseases in this group occur as a result of inherited gene defects that damage the production or structure of the components involved in the functioning of the immune system. The significance of genetic tests has been increasingly understood in regard with many aspects of primary immunodeficiencies; including making a definitive diagnosis, overseeing the prognosis, choosing the treatment procedure and determining the subtype and finally, genetics has become an indispensable mainstay in the evaluation of this group of patients in recent years. In this study, by concurrently evaluating the phenotypic features and the genotypic backgrounds of all patients we aimed to gain an idea about the changes seen in the Turkish population, to access incidental data, and also to improve our insight into the genotype-phenotype correlation by reviewing the previously undefined variants with their clinical data. Methods: Patients that have applied to Necmettin Erbakan University Meram Medical Faculty Hospital, Department of Medical Genetics between 2017 and 2021 with pre-diagnosis of immunodeficiency and/or related complaints were included. After pre-evaluation step consisting of history and physical examination, patient DNAs were isolated using a previously defined DNA isolation method from at least 3cc blood in an EDTA tubes. After the isolation, NGS analysis was performed with the“Primary Immunodeficiency - Celemics Target Capture Kit”containing 64 genes that have been shown to be related with immunodeficiencies. The phenotypic and genotypic data of the patients were evaluated and were classified according to ACMG (American College of Medical Genetics) guidelines based on database searches and in-silico analyzes simulating protein function. Results: As multiple gene alterations were reported in some samples, a total of 354 variants were reported in 224 patients, falling into the classes of likely benign, variants of unknown VI significance, likely pathogenic, and pathogenic. The most frequently reported gene was DOCK8 (36 patients, 10.2%), followed by LRBA (25 patients, 7.2%), ATM (24 patients, 6.9%), TNFRSF13B (20 patients, 5.8%) and PRF1 (17 patients, 4.9%). Conclusion: A comprehensive evaluation of the changes in the genes associated with immune system disorders was made, and new genotype phenotype associations were established by discussing the variants whose pathogenicity has not been clarified until now or have never been reported in the literature before. The data obtained can be a guide for future research and approach to patients in this field, in addition to its contribution to the literature.
Benzer Tezler
- Çocukluk çağı aktif ve latent tüberkülozunun tanısında, idrarda ve kanda bakılan interferon gamma ile indüklenebilir protein 10 (IP-10) testinin yeri
Use of interferon gamma inducible protein 10 (IP-10) test in the diagnosis of childhood active and latent tuberculosis in urine and blood
SALİM CAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NAZAN DALGIÇ
UZMAN AYŞE ŞAHİN
- Hacettepe üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi Çocuk İmmünoloji Bilim Dalında primer immün yetmezlik tanısı ile izlenen hastaların tanı ve klinik özellikleri açısından değerlendirilmesi
Evaluation of the diagnosis and clinical characteristics of patients who followed up with the diagnosis of primary immunodeficiency in Hacettepe University Ihsan Doğramaci Children's Hospital Pediatric Immunology Department
BÜŞRA KOÇALİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN
- Erişkin yaygın değişken immun yetmezlik hastalarının takip ve tedavi protokollerinin belirlenmesi
Identification of follow up and treatment protocols in patients with Common Variable Immune Deficiency
ZEYNEP ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Allerji ve İmmünolojiNecmettin Erbakan Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ZAFER ÇALIŞKANER
- Primer immün yetmezliğe sahip çocuk hasta grubunda, allojenik kemik iliği transplantasyonu sonrası mikrobiyota analizi
Microbiota analysis after allogeneic bone marrow transplantation in pediatric patients with primary immunodeficiency
ELİF KASAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Hematolojiİstinye ÜniversitesiKök Hücre ve Doku Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYHUN BOZKURT
- Primer immün yetmezliğe sahip çocuk hasta grubunda, allojenik kemik iliği transplantasyonu öncesi mikrobiyata analizi
Analysis of the microbiata before allogenic bone marrow transplantation in the patient group of children with primary immune deficiency
İREM NUR ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Genetikİstinye ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL SABRİ HANÇER