Unraveling new binding partners of ATG3 in autophagy and mitophagy
ATG3 proteinin özgün etkileşim partnerlerinin araştırılması
- Tez No: 754661
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DEVRİM ÖZ ARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: ATG3, Otofaji, Mitofaji, Afinite çöktürme, Partner protein, LC-MS/MS, ATG3, Autophagy, Mitophagy, Pull-down, Binding Partner, LC-MS/MS
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Otofaji, hücre içinde hasar görmüş organellerin, yanlış katlanmış protein kümeleri gibi kalıntıların otofagozom içine alınarak daha sonra bu otofagozomun lizozom ile birleşmesi sonucunda parçalanması ile hücresel yapı taşlarının yeniden kazanılmasını sağlayan önemli bir geri dönüşüm mekanizmasıdır. Otofagozom oluşumu evrimsel olarak korunmuş ve günümüze kadar literatürde tanımlanmış 40'tan fazla çeşidi bulunan ATG proteinleri ile ilişkilendirilmiş bir süreçtir. Bu proteinler arasında yer alan ATG3 proteini otofagozom oluşumunda ve uzamasında kritik bir role sahiptir. ATG3'ün yapısal ve hücresel özellikleri göz önüne alındığında hücre içinde otofajiden bağımsız rolleri de olabileceği ifade edilmektedir. Bu bilgiler ışığı altında, bu çalışmanın amacı, ATG3 proteinin otofaji ve seçiçi otofaji türü olan mitofaji uyaranları varlığında ve yokluğunda farklı yolaklardaki etkileşim partnerlerinin belirlenmesidir. mEmerald-ATG3-N-18 plazmidi ile transfekte edilen insan hepatoma hücre hattı (Hep3B) otofaji (TORIN 1) ve mitofajiye (CCCP) indüklendi. Bu hücrelerden ATG3-GFP füzyon proteinleri ve partnerleri GFP temelli affinite çöktürme yöntemi kullanılarak çöktürüldü ve LC-MS/MS ile analiz edildi. LC-MS/MS verileri“Protein Discoverer (Thermo Scientific)”yazılımı ile protein ifadesindeki farklılıklar tespit edilerek biyoinformatik analizler yapıldı. Kontrol, otofaji ve mitofaji ile indüklenen hücrelerde Reactome yolak analizi, STRING etkileşim yolak analizleri kullanılarak biyoinformatik analizler yapıldı. Bu analizler ATG3'ün; ATG5, ATG7, ATG12, ATG16L1, GABARAPL2, LC3B gibi bilinen partnerlerinin yanı sıra hücresel stress yanıtında görev alan bilinmeyen partnerler ile güçlü olarak etkileştiğini gösterdi.
Özet (Çeviri)
Autophagy is a cellular process whereby damaged proteins, protein complexes, and organelles are engulfed by autophagosomes and then fused with lysosomes for degradation. The cargo is recycled for the retrieval of macromolecular building blocks. One of the key events in this process is autophagosome formation. During the formation of autophagosomes, more than 40 evolutionarily conserved autophagy-related proteins (ATG) are involved. ATG3 has a crucial role in autophagosome formation and elongation. Considering the structural and cellular functions of ATG3, it is proposed to have additional roles independent of autophagy. In light of this knowledge, this study aims to investigate novel interaction partners of ATG3 in the presence and absence of autophagy and mitophagy modulators. Human hepatoma cell lines, (Hep3B cells) were transfected with mEmerald-ATG3-N-18 and then treated with Torin 1 and CCCP for induction of autophagy and mitophagy, respectively. ATG3-GFP and its complexes were pulled down using ChromoTek GFP-Trap® agarose beads and analyzed with LC-MS/MS. ATG3-GFP fusion proteins and their partners were immunoprecipitated from transfected cells and analyzed with LC-MS/MS to compare control, autophagy, and mitophagy induced groups. LC-MS/MS data were analyzed using the“Protein Discoverer (Thermo Scientific)”software for assessing protein expression differences. Reactome pathway analysis and STRING analysis indicated that ATG3 displays interaction with known partners, ATG5, ATG7, ATG12, ATG16L1, GABARAPL2, LC3B, as well as unknown partners involved in cellular stress response.
Benzer Tezler
- Structural bioinformatics analysis of the candidate tumor suppressor protein CTCF
Aday tümör baskılayıcı protein CTCF'in yapısal biyoenformatik analizi
SİNEM DARWISH
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK
- Hepatosellüler karsinom tedavisinde doksorubisin-melanin etkileşiminin incelenmesi
Investigation of doxorubicin-melanin interaction in hepatocellular carcinoma treatment
YAREN ARKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyomühendislikİzmir Demokrasi ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GİZEM KALELİ CAN
DR. BUĞRA AYAN
- Investigation of RIG-I responses under hypoxic conditions in microglia
Mikroglialarda hipoksik koşullar altında RIG-I yanıtlarının araştırılması
YAĞMUR ÖZÇELEBİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEREN ÇIRACI MUĞAN
- Unrevealing the structural mechanisms of Bcl-2: From functional modulation to complex formation with Beclin 1 and Bag-1
Bcl-2'nin yapısal mekanizmalarının aydınlatılması: Fonksiyonel modülasyondan Beclin 1 ve Bag-1 ile kompleks oluşumuna doğru
MİRAY TÜRK
Doktora
İngilizce
2025
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Twitter'daki haberlerde duygular ve kullanıcı etkileşimleri arasındaki ilişkinin çözümlenmesi: Çok yöntemli bir çalışma
Unraveling the association between sentiments and user engagements in the news on twitter: A multi-method study
SADETTİN DEMİREL