TGFBI geninde genom düzenleme tekniği ile oluşturulan varyasyonların zebra balığı korneasındaki fenotipik etkilerinin incelenmesi
Evaluation of phenotypic effects of genome editing mediated tgfbi variation on zebrafish cornea
- Tez No: 579397
- Danışmanlar: PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Göz Hastalıkları, Eye Diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
TGFBI-ilişkili kornea distrofileri, bu gende meydana gelen yanlış anlamlı mutasyonlar sonucu oluşan protein ürününün amiloid ya da hiyalin yapıda korneada birikmesiyle ortaya çıkan kalıtsal bir hastalık grubudur. TGFBI geni zebra balığında tek kopya olarak bulunmakta olup protein dizisi insandaki ortoloğu ile %65 homolojiye sahiptir. Bu genin protein ürünü (TGFBIp) zebra balığı korneasında gösterilmiştir. TGFBI'da 124. amino asit olan arjinini kodlayan kodon bu hastalık grubunda en sık bildirilen mutasyon bölgelerinden biridir. 124. arjinin amino asidi zebra balığında da korunmuştur. Bu verilerden yola çıkarak tez kapsamında zebra balığında tgfbi'de hedefteki arjinin rezidüsünü kodlayan bölgede TALEN ya da CRISPR/Cas9 genom düzenleme araçlarını kullanarak in frame değişiklik yapmayı amaçladık. Tgfbi'de hedef bölgedeki değişiklik homolog olmayan uç birleştirme tamir mekanizması ile oluşturulmuş olup hedef arjinin amino asidini ortadan kaldıracak şekilde p. Ser115_Arg117delinsLeu (c. 347_353delinsT) varyasyonu elde edilmiştir. Bu varyasyon hastalığı zebra balığında taklit etme potansiyeline sahiptir. Varyasyonu heterozigot olarak taşıyan 3 aylık zebra balıklarının gözlerinde ışık mikroskobu ile yapılan histolojik incelemelerde hematoksilen eosin, masson trikrom ve kongo kırmızısı ile boyamada hiyalin veya amiloid birikim saptanmamıştır. Bu tez çalışması, tgfbi geninde kornea distrofilerine neden olan 124. arjinin amino asidini zebra balığı genomunda ortadan kaldırarak in frame indel oluşturan ilk çalışmadır. Bu varyasyonu taşıyan zebra balıklarının daha ileri yaşlarda incelenmesi sonucu fenotipik değişiklikler tespit edilerek TGFBI-ilişkili kornea distrofilerinin modellenmesi ve hastalığın patogenezinin ortaya konulması mümkün olabilecektir.
Özet (Çeviri)
TGFBI-related corneal dystrophies are hereditary disorders characterized by accumulation of the abnormal protein product of TGFBI gene in the hyaline or amyloid form due to missense mutations of this gene. This gene exists in the zebrafish genome without duplication and its protein product has 65% homology to its human ortholoque. Protein product of tgfbi (TGFBIp) was shown in the cornea of zebrafish. Mutations of this gene that effect the arginine residue on the 124th position of TGFBIp were reported as one of the hot spots for this group of corneal dystrophies. This argininine residue was also conserved in zebrafish. According to these data; in this study we aimed to make an in frame change in the region that codes the 124th amino acid residue of tgfbi in the zebrafish genome by using TALEN or CRISPR/Cas9. Finally, we achieved indel variation at the target sequence that resulted in p. Ser115_Arg117delinsLeu (c. 347_353delinsT) by nonhomology mediated repair. This variation could mimic the disease process in the zebrafish cornea. The 3 months old zebrafish eyes were examined histopathologically under the light microscope but no amiloid or hyaline deposits could be detected with hematoxylen-eosin, masson-trichrome and congo red staining. Thus, this study is the first in literature that succeeded to make an in frame variation effecting the hot spot arginine residue in tgfbi protein and further studies could detect phenotypical changes in older zebrafish that could mimic the TGFBI-related corneal dystrophies and help to reveal the disease pathogenesis.
Benzer Tezler
- Meme kanseri olgularında TGFBR1 ve SMAD7 genetik varyasyonlarının incelenmesi
Investigation of TGFBR1 and SMAD7 genetic variation in breast cancer patients
BURCU ÇELİKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Moleküler Tıpİstanbul ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAKİR ÜMİT ZEYBEK
- Usage of bacterial cellulose-collagen scaffolds incorporating IGF-I and TGFB-1 genes for cartilage regeneration
Kıkırdak yenilenmesi için IGF-I ve TGFB-1 genleri yüklenmiş bakteri kaynaklı seluloz-kollajen doku iskelelerinin kullanılması
SEÇİL DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GAMZE KÖSE
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Kıkırdak rejenerasyonu için dental folikül mezenkimal kök hücre ve TGFB-1 katkılı 3B nanofiber doku iskelelerinin geliştirilmesi, in vitro ve in vivo deneyleri
The development of dental follicle mesenchymal stem cell and TGFB-1 enriched 3D nanofiber tissue scaffolds for cartilage regeneration: in vitro and in vivo experiments
FATMA KURU
Doktora
Türkçe
2024
BiyomühendislikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA KARA SUBAŞAT
- Alerjik rinitte regulatuvar T hücrelerin rolü
Role of regulatory T cells in allergic rhinitis
ÖZLEM ÖZENTÜRK KIRGIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Allerji ve İmmünolojiCelal Bayar Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CENGİZ KIRMAZ
- Yassı hücreli kanser ve bazal hücreli kanserlerde 'Hedgehog' sinyal yolagı : Shh, Ptch-1, Gli-1 düzeylerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the 'Hedgehog' signalling pathways: Shh, Ptch-1, Gli-1 levels in squamous cell carcinoma and basal cell carcinoma.
ALİ RIZA CENK ÇELEBİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Göz HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYYAM KIRATLI