Geri Dön

Evolutionary identification of residues related to G protein coupling selectivity in aminergic gpcrs

Aminerjik reseptörlerde G protein kenetlenme seçiciliğiyle alakalı pozisyonların evrimsel olarak ortaya çıkarılması

PDF İndir

  1. Tez No: 759182
  2. Yazar: BERKAY SELÇUK
  3. Danışmanlar: DR. OGÜN ADEBALİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 46

Özet

G protein kenetli reseptörler (GPCR) dört farklı G protein ailesiyle seçici bir şekilde etkileşme geçip aktifleşirler (Gs, Gi, Gq ve G12/13). Fakat, reseptörlerde bu seçiciliği belirleyen pozisyonlar ve G protein spesifik aktivasyon mekanizmaları yeterince ortaya çıkarılmamışır. Biz bu çalışmada aminerjik reseptörler ve onların ortologlarını evrimsel olarak inceleyip her bir G protein için özel olarak korunmuş pozisyonları tespit ettik. Ortaya çıkardığımız bu pozisyonları yapısal olarak incelediğimizde Gs, Gi1,Go ve Gq için spesifik aktivasyon mekanizmaları olduğunu tespit ettik. Bulduğumuz aktivasyon mekanizmalarının G protein seçiciliği ile ilişkili olduğunu göstermek için Gs spesifik mekanizmayı daha detaylı inceledik. Moleküler dinamik simülasyonlarının yardımıyla G7x41'in reseptör aktivasyonu ve Gs kenetlenme seçicilğini TM6'nın dışa doğru hareketini destekleyerek kontrol edebileceğini gösterdik. Son olarak, bulgularımızı sıralı aktivasyon anahtarları isimli, G protein ve reseptör arasındaki seçiciliği özetleyen bir modelde birleştirdik. Modelimiz GPCR aktivasyonunu açıkayan üç farklı anahtarı açıklıyor: ligand bağlanması, G protein seçici aktivasyon mekanizması ve G protein kontağı.

Özet (Çeviri)

G protein-coupled receptors (GPCRs) are coupled to four different subfamilies of G proteins namely Gs, Gi, Gq, and G12/13, in a selective way. However, receptor-wide determinants of selective G protein coupling and G protein specific activation mechanisms remained under investigated. Here, we analyzed aminergic receptors and its orthologs from different phylogenetic levels to reveal positions that are specifically evolved and conserved for the receptors that are coupled to similar G proteins. By co-analyzing these evolutionary conserved amino acids with available structures of the receptors, we revealed specific activation mechanisms for Gs, Gi1, Go, and Gq. To verify that these pathways could play role in determining coupling selectivity we investigated Gs-specific activation mechanism further. By the help of molecular dynamics simulations, we demonstrated that G7x41 is important for receptor activation and it might determine Gs coupling selectivity by promoting outwards movement of TM6. Lastly, we summarized our findings into a model of G protein selectivity called“sequential switches of activation”explaning three major molecular switches controlling GPCR activation: ligand binding, G protein selective activation mechanisms, and G protein contact.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    176779

    Similarity search and analysis of protein sequences and structures: A residue contacts based approach

    Protein dizilerinin ve yapılarının benzerlik araması ve analizi: Amino asit temaslarına dayalı bir yaklaşım

    AHMET SAÇAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAKAN FERHATOSMANOĞLU

    PROF. DR. İ. HAKKI TOROSLU

  2. Tez No

    403025

    Applications of evolutionary bioinformatics in basic and biomedical research

    Temel ve biyomedikal araştırmalarda evrimsel biyoinformatik uygulamalar

    OGÜN ADEBALİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikThe University of Tennessee

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. IGOR B. JOULINE

  3. Tez No

    371980

    Antik insan kemiklerinden DNA izolasyon protokollerinin geliştirilmesi

    Improving method for DNA extraction from ancient human skeletal material

    ELİF ÖZDEMİR KAYNAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. ÖZLEM YEŞİL ÇELİKTAŞ

  4. Tez No

    325728

    Automatic identification of evolutionary and sequence relationships in large scale protein data using computational and graph-theoretical analyses

    Büyük çaplı protein verisinde evrimsel ve dizinsel ilişkilerin işlemsel ve çizge teorisi analizleri ile otomatik olarak belirlenmesi

    TUNCA DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BİLGE KARAÇALI

    PROF. DR. HÜSEYİN BASKIN

  5. Tez No

    318005

    Computational analysis of binding preferences of PICK1 for its PDZ partners

    PICK1 proteininin PDZ partnerlerine bağlanma tercihlerinin hesaplamalı analizi

    BEHİYE TUĞÇE YILDIZOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Mühendislik BilimleriKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM KESKİN

Geri Dön