Geri Dön

SOX gen ailesinin sialiltransferazlar ile ilişkisinin hesaplamalı tekniklerle kanser hücre hatlarında tanımlanması

Description of the relationship of SOX gen family with sialyltransferases in cancer cell lines by computational techniques

  1. Tez No: 762555
  2. Yazar: HANDE ÇADIR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SAVAŞ İZZETOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 107

Özet

Sialik asit şeker molekülü, embriyonik gelişim, büyüme gelişme, farklılaşma, bağışıklık cevabı, alerjik yangı, kanser oluşumu ve metastazda görev alırlar. Tümör hücrelerinde gerçekleşen sialik asit miktarındaki artış, kanser hücrelerinin bağışıklık cevabından kaçmasını, bağışıklık hücreleri tarafından tanınmamasını sağlar. Bununla birlikte, sialik asitleri glikoprotein ve glikolipitlere ekleyen sialiltransferaz enzimlerinin ekspresyonu kanserde, kötü hasta prognozu ve metastaz ile bağlantılıdır. Sağlıklı canlılarda, genlerin ekspresyonu ve susturulması ciddi bir şekilde düzenlenir ancak hücre farklılaşması, organ oluşumu ve diğer gelişimsel süreçlerde yer alan SOX (transkripsiyon faktörleri) genleri, kanser hücrelerinde düzensizdir ve bu düzensizlikler transkripsiyonel, translasyonal ve posttranslasyonal seviyelerde meydana gelebilir. Bu tez çalışmasında meme kanserinde ekspresyon seviyesi artan sialiltransferaz ailesi üyeleri ile SOX gen ailesi üyelerinin arasında korelasyon bulunup bulunmadığı in slico yöntemlerle belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma için, Kanser Genom Atlas'ından (TCGA) alınan ekspresyon verileri ve klinik veriler işleme alınmıştır. İşlemler R programı aracılığıyla istatistiksel olarak hesaplanmıştır. SOX ve sialiltransferaz gen ailelerinin ekspresyon seviyelerindeki farklılığı bulmak için diferansiyel gen ekspresyonu analizi, normal ve tümör dokudaki farklılıkları bulmak için temel bileşen analizi, prognostik genleri belirlemek için sağ kalım analizi ve istenilen genlerin birbirleri ile olan ilişkilerini anlamak için korelasyon analizi yapılmıştır. Bunların yanı sıra online biyoinformatik sitesi olan GEPIA üzerinden hedef genlerin normal ve tümör dokudaki ekspresyon seviyelerine bakılmıştır. Ekspresyon analizi sonucu SOX4, ST3GAL1, SOX9, ST6GAL1, ST6GALNAC2, ST3GAL4, SOX12, SOX13 ve ST6GALNAC6 genlerinin meme kanserinde ekspresyon seviyeleri artmış olsa da SOX gen ailesi ve sialiltransferaz gen ailesi arasında pozitif bir ilişki görülmemiştir. Polisialilasyon olan ST6GALNAC3'ün ST8SIA1 ile olan korelasyonundan kaynaklı meme kanserinde bir biyobelirteç olduğu düşünülebilir.

Özet (Çeviri)

Sialic acid sugar molecule plays a role in embryonic development, growth development, differentiation, immune response, allergic inflammation, cancer formation and metastasis. The increase in the amount of sialic acid in tumor cells ensures that cancer cells escape from the immune response and are not recognized by immune cells. However, expression of Sialyltransferase enzymes that add Sialic acids to glycoproteins and glycolipids is associated with poor patient prognosis and metastasis in cancer. In healthy organisms, expression and silencing of genes are severely regulated, but SOX (transcription factors) genes involved in cell differentiation, organ formation, and other developmental processes are dysregulated in cancer cells, and these irregularities can occur at the transcriptional, translational, and posttranslational levels. In this thesis, it was aimed to determine whether there is a correlation between sialyltransferase family members whose expression levels increase in breast cancer and SOX gene family members by in silico methods. For the study, expression data from the Cancer Genome Atlas (TCGA) and clinical data were processed. Transactions were calculated statistically via the R Program. Differential gene expression analysis was performed to find the difference in the expression levels of the SOX and sialyltransferase gene families, principal component analysis to find differences in normal and tumor tissue, survival analysis to identify prognostic genes, and correlation analysis to understand the relationships of desired genes with each other. In addition to these, the expression levels of target genes in normal and tumor tissues were examined via the online bioinformatics site GEPIA. Although the expression levels of SOX4, ST3GAL1, SOX9, ST6GAL1, ST6GALNAC2, ST3GAL4, SOX12, SOX13 and ST6GALNAC6 genes were increased in breast cancer as a result of expression analysis, no positive correlation was observed between SOX gene family and sialyltransferase gene family. It can be thought that ST6GALNAC3, which is polysialylation, is a biomarker in breast cancer due to its correlation with ST8SIA1.

Benzer Tezler

  1. Isolation and characterisation of the mouse homologue of the human SOX20 gene

    İnsan SOX20 geninin faredeki karşılığının izolasyonu ve karakterizasyonu

    ŞAFAK YAYLAOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜLİN GÜRAY

  2. Kolon poliplerinde adenom-karsinom sekansında SOX-2 ve β-katenin ekspresyonunun yeri ve tanıya katkısının araştırılması

    Investigation of SOX-2 and b-catenin expression for diagnosis in adenoma-carcinoma sequence of colon polyps

    NESLİHAN ETİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    PatolojiMersin Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İCLAL GÜRSES

  3. K-562 hücre serilerinde imatinib'e karşı gelişen dirençte rol oynayan gen ifade değişimlerinin saptanması

    Determining changes in the expression of genes playing role in imatinib resistance of K562 cell lines

    YALDA HEKMATSHOAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Tıbbi BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASUMAN SUNGUROĞLU

  4. In vitro functional analysis of Sry related transcription factor Sox11 in adult neurogenesis

    Sry ilişkili transkripsyon faktörü Sox11?in erişkin nörojenezdeki rolünün hücre kültüründe araştırılması

    MERVE GÜVENLİOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ

  5. Griscelli sendromu uyarılmış pluripotent kök hücre geliştirilmesi, karakterizasyonu ve in vitro hematopoetik farklılaşması

    Development, characterization and in vitro hematopoeitic differentiation of griscelli syndrome i̇nduced pluripotent stem cells

    GÜLEN ESKEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİMA AERTS KAYA