Development of a shiny application for comparative transcriptomics and differential gene expression
Karşılaştırmalı transkriptomik ve diferansiyel gen ekspresyonu için bir shiny uygulamasının geliştirilmesi
- Tez No: 763542
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 151
Özet
RNA dizilemenin, moleküler biyoloji araştırmalarında transkriptom hakkında bilgi vermek için etkili bir teknik olduğu kanıtlanmıştır. Mikrodizinler ve cDNA dizilemenin ilk yöntemleriyle karşılaştırıldığında, yüksek verimli RNA dizileme, daha iyi çözünürlüğe, düşük arka plan gürültüsüne, gen ifadesini ölçmek için daha yüksek bir aralığa ve nispeten daha düşük maliyete sahiptir. Sekanslama tekniğinin gelişimi, üretilen yüksek hacimli verilerin analiz edilmesi için farkli araçların geliştirilmesine yol açmıştır. Normalleştirme, filtreleme, keşif ve diferansiyel analiz gerçekleştirme ve RNA dizileme sayım verilerine dayalı diğer işlevsel analizler için istatistiksel yöntemler, RNA dizilemeyi genomikteki en popüler tekniklerden biri haline getirmiştir. Bu tür istatistiksel araçların kullanımını kolaylaştırmaya yardımcı olmak için, Shiny paketi kullanılarak R'de geliştirilen web uygulamaları, araştırmacıların tablo ve grafiklerde sonuçları analiz eden ve üreten altta yatan sunucu tarafı kütüphanelerine girdi ve talimat vermek için grafik bir arayüz kullanabilecekleri avantajlı bir ortam sunar. Bu tez, keşif analizi, veri normalleştirme ve filtreleme, diferansiyel gen ekspresyon analizi (DGEA), korelasyon analizi, temel bileşen analizi ve aşırı temsil analizi ve gen seti zenginleştirme analizi gibi fonksiyonel analizler için geliştirilen yeni bir araç sunmaktadır. Mevcut diğer uygulamalarla karşılaştırıldığında, bu yeni uygulama DGEA için birden fazla yöntem çalıştırma ve bunlar arasındaki sonuçları karşılaştırma yeteneği sunarak, çoklu testlerde DEG olarak keşfedilen gen setlerinin çıktısına yol açmaktadır. Burada, literatürde mevcut olan uygulamaları ilerletmeyi amaçladığım bu uygulamanın özelliklerini ayrıntılı olarak sunuyorum. Laboratuvarımızdan örnek bir veri seti de bu RNA-seq aracı ile incelenerek meme kanserinde Mineralokortikoid Reseptör (MR) sinyalizasyonunun daha iyi anlaşılması sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
RNA sequencing has proven to be an effective technique for divulging information about the transcriptome in molecular biology research. Compared to microarrays and early methods of cDNA sequencing, high-throughput RNA sequencing has better resolution, low background noise, a higher range to quantify gene expression, and relatively lower cost. The development of sequencing technique has led to the development of tools for analyzing the high volume of data that is generated. Statistical methods for normalizing, filtering, performing exploratory and differential analysis, and other functional analyses based on RNA sequencing count data have made RNA sequencing one of the most popular techniques in genomics. To help facilitate the use of such statistical tools, web applications developed in R using the shiny package offer an advantageous environment where researchers can use a graphical interface to give inputs and instructions to the underlying server-side libraries that analyze and generate results in tables and plots. This thesis presents a new tool that has been developed for exploratory analysis, data normalization and filtering, differential gene expression analysis (DGEA), correlation analysis, principal component analysis, and functional analysis such as over-representation analysis and gene set enrichment analysis. When compared to other available applications, this new application offers the ability to run multiple methods for DGEA and compare results between them, leading to the output of gene sets that are discovered as DEGs in multiple tests. Here I present the features of this application in detail where I aim to improve upon the applications that are available in the literature. An example dataset from our lab was also investigated by this RNA-seq tool leading to a better understanding of Mineralocorticoid Receptor (MR) signaling in breast cancer.
Benzer Tezler
- Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis
Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi
HUMA SHEHWANA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Sırlı porselen karo yüzeylerine uygulanabilir transparan sır kompozisyonlarının geliştirilmesi
Development of transparent glaze compositions applicable to glazed porcelain tiles
MUSTAFA TIĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Metalurji MühendisliğiBilecik Şeyh Edebali ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ ÇELİK
- Titanyum esaslı medikal malzeme yüzeyinde bakteriyel tutunma ve biyofilm oluşumunun incelenmesi
Investigation of microbial adhesion and biofilm formation on the surface of titanium based medical material
SEMİH BAYRAKTAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA SUNGUR
- Emaye kaplı parçalarda yapışmazlık özelliğinin geliştirilmesi
Improvement of non-stick feature on enamel coated parts
TUĞÇE NAZLI KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Metalurji MühendisliğiSakarya ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYSUN AYDAY
- Development of a bioinformatic analysis package to test global phylogeographic relationships of species by using geotagged dna sequences from genbank
Coğrafi etiketli genbank dna dizileri kullanılarak türlerin küresel filocoğrafik ilişkilerini test etmek için bir biyoinformatik analiz paketi geliştirilmesi
CANER AKTAŞ
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERTAÇ ÖNDE