Geri Dön

Equilibrum dynamics of folded proteins

Katlanmış proteinlerin denge dinamikleri

  1. Tez No: 76454
  2. Yazar: MELİK CUMHUR DEMİREL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: İnşaat Mühendisliği, Civil Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 1998
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 46

Özet

ÖZET Proteinlerin denge dinamikleri elastik ağ yapısına sahip Gaussian bir model kabul edilerek çalışılmıştır. Bu ağ yapısı amino asitlerin Ca atomlarının birbirine bağlanması ile oluşturulmuştur. Katlanmış protein içindeki / ve j C" atomları arasındaki dalgalanma hareketinin Gaussian bir dağılıma uyduğu kabul edilmiştir. Dalgalanma hareketin bu modeldeki nedeni quadratik yapıdaki bir iç enerjiye dayandırılmıştır. Bu model katlanmış yapı içindeki devinimleri yüksek rezidülerin bulumasında kullanılmıştır. Devinimleri yüksek rezidüler denge konumda iken en yüksek frekansta dalgalanmaya katkıda bulunan rezidüler olarak tanımlanmıştır. Teori bir çok proteine uygulanmıştır: chymotrypsin inhibitor 2, cytochrome c, C2 proteinleri ve CheY. Katlanma sürecinde önemli olarak belirtilen ve üçüncül yapının stabil kalmasında kritik önemi olduğu bilinen rezidüler doğru olarak belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

IV ABSTRACT Equilibrium dynamics of proteins is studied using a Gaussian model in which the protein is viewed as an elastic network based on local residue packing densities and contact topology. The network is formed by joining the C" atoms of the amino acids. The fluctuations between the ith and jth Ca atoms in the folded protein are assumed to obey a Gaussian distribution. The fluctuations are described by this model based on an internal Hamiltonian that has a quadratic form. The model is used for identifying the kinetically hot residues in folded structures. The kinetically hot residues are identified as the ones that participate in the highest frequency fluctuations at the equilibrium configuration. The theory is applied to a series of proteins: chymotrypsin inhibitor 2, cytochrome c, related C2 proteins and CheY. Most of the residues previously pointed out to underlie the folding process of these proteins, and to be critically important for the stabilization of the tertiary fold, are correctly identified.

Benzer Tezler

  1. Investigation of protonation state dependent conformational dynamics of the nucleotide binding domain of Hsp70 protein homolog Dnak via computational methods

    Hsp70 protein homoloğu dnak'nin nükleotit bağlanma alaninin protonlanma haline bağli konformasyonel dinamiklerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi

    UMUT ÇAĞAN UÇAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyofizikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA

  2. Monomeric and aggregation behavior of simple and complex polyQ peptides studied by a multi-state CG model

    Basit ve karmaşık polyQ peptitlerin monomerik ve toplanma davranışları bir çok durumlu CG modeli ile çalışılan

    SAEID DARVISHI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Bilim ve TeknolojiKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET SAYAR

  3. Computer-aided understanding of perturbations in soft matter systems

    Başlık çevirisi yok

    BETÜL URALCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyokimyaPrinceton University

    PROF. PABLO G. DEBENEDETTI

  4. Katlanmış plaklar için sonlu eleman formülasyonu

    Finite element method formulation for folded plates

    NİHAT ERATLI (UZCAN)

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. YALÇIN AKÖZ

  5. Sabit kanatlı bir hava aracının modellenmesi ve ımc yöntemi ile iniş yaptırılması

    Modelling the fixed wing aircraft and automatic landing with imc method

    YUSUF SINCAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKER ÜSTOĞLU