Determination of protein structures using distance constraints
Uzaklık kısıtlamaları kullanılarak proteinlerin yapılarının belirlenmesi
- Tez No: 76465
- Danışmanlar: PROF.DR. İVET BAHAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1998
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
30 residüden oluşan bir protein zincirine değişik kısıtlamalar koyarak, orijinali polimerler için geliştirilmiş olan kooperatif kinematik (CK) modeli uygulanmıştır. Amaç proteine konulan uzaklık kısıtlamalarının yerinin ve sayısının zincirin konformasyon uzayını azaltmakta ne kadar önemli olduğunu araştırmaktı. Önce, zincirin uçlarına tek bir tane kısıtlama getirilmiştir, daha sonra kısıtlamanın yeri zincirin ortası olarak değiştirilmiştir. Bunun sonucunda konulan kısıtın yerinin üç boyutlu yapının oluşumunda çok önemli olduğu görülmüştür. Son olarak zincirde birbirine yakın olan iki residüye konulan kısıtlama incelenmiştir. İkinci aşamada, kısıt sayısı ikiye çıkarılmıştır ve kısıtlama sayısının konformasyon uzayını azaltmakta önemli olduğu gözlenmiştir. Son çalışma olarak Rop adlı dimerik proteinin yapısını geliştirilen analitik yöntemle elde etmeye çalışılmıştır. Bu işlem için, lrop'un ot-karbonları arasındaki (protein yapısı Bilgi Bankasından elde edilen) gerçek mesafelerden yararlanılarak üç kısıtlama kullanılmıştır. Sonuç olarak elde edilen en düşük enerjili konformasyon gerçek bir proteinin üç boyutlu yapısı kabul edilebilir bir doğrulukla, sınırlı mesafe kısıtlamaları kullanılarak tahmin edilebileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Constraints of different types are applied to a protein chain of 30 residues by using a low resolution model adopted from the cooperative kinematics (CK) model of polymers. The aim was to investigate the importance of the location and number of the distance restraints in reducing the conformational space accessible to the chain. Initially, one constraint is applied to the chain ends. Then, the place of the constraint is changed to the middle of the chain. It was observed that the place of the constraint is very important in the formation of the tertiary structure. Also, the effect of applying a constraint between two residues which are close to each other along the chain is investigated. At the second stage of calculations, the number of constraints is increased to two, and the results confirm that increasing the number of constraints effectively restricts the conformational space. A helical protein, referred to as the Rop dimer, is explored as a last case by applying three different distance restraints, which are originally calculated from the real distances of a-carbons in the Protein Databank structure. The resulting lowest energy conformation showed that a real protein structure can also be predicted with a reasonable accuracy level by using a limited number of distance restraints.
Benzer Tezler
- Kumarin-hidrazon temelli bir schıff bazı ile pepsin/hsa arasındaki bağlanma özelliklerinin spektroskopik ve moleküler kenetlenme metotları ile incelenmesi
Investigation of binding properties between a schiff base based on coumarin-hydrazone and pepsin/hsa by spectroscopic and molecular docking methods
ESRA ÖZGENÇ
- Simulation of protein structure by a simplified model: Application to the rop dimer
Protein yapısının basitleştirilmiş bir modelle simülasyonu
E. DEMET AKTEN
Yüksek Lisans
İngilizce
1996
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Bölümü
PROF. DR. İVET BAHAR
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Squence-structure relationships in globular proteins
Küresel proteinlerde dizin yapı ilişkisi
MİNE KAPLAN
- Similarity search and analysis of protein sequences and structures: A residue contacts based approach
Protein dizilerinin ve yapılarının benzerlik araması ve analizi: Amino asit temaslarına dayalı bir yaklaşım
AHMET SAÇAN
Doktora
İngilizce
2008
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN FERHATOSMANOĞLU
PROF. DR. İ. HAKKI TOROSLU
- Iğdır ekolojik koşullarında toplanan adi yonca (Medicago sativa L.) genotiplerinin bitkisel, verim, kalite ve moleküler karakterizasyon özelliklerinin belirlenmesi
Determination of phenological, morphological, yield, quality and molecular characteri̇zati̇on properties of alfalfa (Medicago sativa L.) genotypes collected in Igdir ecological conditions
BARIŞ EREN
