Geri Dön

A computational approach to evaluate the pka's ofquinazoline derivatives

Kuinazolin türevlerinin asidite sabitlerinin hesapsal yaklaşımlarla değerlendirilmesi

  1. Tez No: 765111
  2. Yazar: MELİSA KIRAN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. FATMA AHU AKIN, PROF. VİKTORYA AVİYENTE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Fiziksel Kimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 100

Özet

Kimyadaki en ¨onemli sabitlerden biri iyonla¸sma (ayrı¸sma) sabitidir (pKa). Potansiyel bir ila¸c i¸cin pKa de˘gerinin/de˘gerlerinin g¨uvenilir bir ¸sekilde tahmin edilmesi, ¨ozellikle ila¸c ke¸sfi ve geli¸stirmesinin ba¸slarında kritiktir. ˙Iyonize ila¸cların yakla¸sık % 68'inin zayıf bazlardan olu¸stu˘gu s¨oylenmektedir [1]. Kinazolin ve t¨urevlerinin iyonla¸sma sabiti i¸cin verimli bir tahmin metodolojisi geli¸stirmede ilk adım olarak ¨u¸c protokol ¨uzerinde ¸calı¸stık. Birincisi, kuinazolin ve t¨urevlerinin hesaplanan atomik y¨ukleri ile deneysel pKa arasındaki do˘grusal ili¸skiye dayanmaktadır. G¨ozlemlerimize dayanarak, g¨ozlemlenen pKa'ları yeniden ¨uretmek i¸cin en uygun y¨ontem, M06L/6- 311++G** d¨uzeyinde (R2 = 0.93) CPCM'yi (˙Iletken Gibi Polarize Edilebilir S¨urekli Modeli) kullanarak NPA (Do˘gal N¨ufus Analizi) atom y¨uk¨un¨u hesaplamaktır. Kinazolin ve t¨urevlerinden olu¸san bir koleksiyonun deneysel pKa'sı, ¸ce¸sitli yo˘gunluk fonksiyonelleri, temel setler ve ¸c¨ozme y¨ontemleri kullanılarak hesaplanan birka¸c Kavramsal Yo˘gunluk Fonksiyonel Teorisi tanımlayıcısı ile kar¸sıla¸stırıldı. En y¨uksek yakla¸sımlar, ¸c¨oz¨uc¨u olarak su kullanan CPCM solvasyon modeliyle M06L/6-311++G** kullanılırken elde edildi. C¸ alı¸smamızın son kısmında ise, kuinazolin t¨urevlerinin sulu iyonla¸sma sabiti de˘gerlerini izodesmik reaksiyon kullanarak hesaplamak i¸cin metodoloji olarak M06L/6-311++G**//CPCM kullanıldı.

Özet (Çeviri)

One of the most important constants in chemistry is the ionization (dissociation) constant (pKa). Estimating the pKa value(s) for a potential drug is critical, especially since computations are considerably less expensive than obtaining pKa values experimentally. Nearly 68 % of ionized medicines are said to have weak bases [1]. As a first step in developing an efficient estimation methodology for the pKa of quinazoline and derivatives we studied three protocols. First one is based on the linear relationship between computed atomic charges of quinazoline and derivatives and the experimental pKa. Based on our observations, the optimum method for reproducing observed pKa's is to compute NPA (Natural Population Analysis) atomic charge using the CPCM (Conductor Like Polarizable Continuum Model) at the M06L/6-311++G** level (R2 = 0.93). The experimental pKa of a collection of quinazoline and derivatives were compared to several Conceptual Density Functional Theory descriptors computed. The highest approximations were observed when employing the M06L/6-311++G** with the CPCM solvation model using water as a solvent. In the final part of our study, M06L/6-311++G** have been used, in combination with CPCM continuum solvent model, to calculate the aqueous pKa values of quinazoline derivatives by using an isodesmic reaction. Possible improvements to current methodology are suggested

Benzer Tezler

  1. Stratejik yönetim modeli olarak sürdürülebilirlik dengeli hedef kartı ve bir işletmede uygulanması

    Sustainability balanced scorecard as a stratejic management system and a case study

    BUSE DUYGU DAĞIDIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Akıllı Sistemler Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ ÖZKAN

  2. Karmaşık kentsel oluşumların değerlendirilmesi için hesaplamalı bir yaklaşım

    A computational approach for evaluating complex urban formations

    ÖZLEM ATAK DOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilişim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLEN ÇAĞDAŞ

  3. System agency for bottom-up design: The use of computational design systems for Middle Eastern architecture

    Tümevarımcı tasarım için sistem modeli: Hesaplamalı tasarım sistemlerinin Ortadoğu mimarlığındaki kullanımı

    NOUR ABUZAID

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERYEM BİRGÜL ÇOLAKOĞLU

  4. Bulanık çok modlu kaynak kısıtlı proje çizelgeleme problemlerinin çözümü için matematiksel bir model

    A mathematical model for the solution of the fuzzy multi mode resource-constrained project scheduling problems

    ÖMER ATLI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiHava Harp Okulu Komutanlığı

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CENGİZ KAHRAMAN

  5. Computational screening of dual cation ammine metal borohydrides

    Çift katyonlu amin metal bor hidrürlerin hesaplamalı taraması

    YUSUF KIŞLAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ADEM TEKİN