A computational approach to evaluate the pka's ofquinazoline derivatives
Kuinazolin türevlerinin asidite sabitlerinin hesapsal yaklaşımlarla değerlendirilmesi
- Tez No: 765111
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. FATMA AHU AKIN, PROF. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fiziksel Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Kimyadaki en ¨onemli sabitlerden biri iyonla¸sma (ayrı¸sma) sabitidir (pKa). Potansiyel bir ila¸c i¸cin pKa de˘gerinin/de˘gerlerinin g¨uvenilir bir ¸sekilde tahmin edilmesi, ¨ozellikle ila¸c ke¸sfi ve geli¸stirmesinin ba¸slarında kritiktir. ˙Iyonize ila¸cların yakla¸sık % 68'inin zayıf bazlardan olu¸stu˘gu s¨oylenmektedir [1]. Kinazolin ve t¨urevlerinin iyonla¸sma sabiti i¸cin verimli bir tahmin metodolojisi geli¸stirmede ilk adım olarak ¨u¸c protokol ¨uzerinde ¸calı¸stık. Birincisi, kuinazolin ve t¨urevlerinin hesaplanan atomik y¨ukleri ile deneysel pKa arasındaki do˘grusal ili¸skiye dayanmaktadır. G¨ozlemlerimize dayanarak, g¨ozlemlenen pKa'ları yeniden ¨uretmek i¸cin en uygun y¨ontem, M06L/6- 311++G** d¨uzeyinde (R2 = 0.93) CPCM'yi (˙Iletken Gibi Polarize Edilebilir S¨urekli Modeli) kullanarak NPA (Do˘gal N¨ufus Analizi) atom y¨uk¨un¨u hesaplamaktır. Kinazolin ve t¨urevlerinden olu¸san bir koleksiyonun deneysel pKa'sı, ¸ce¸sitli yo˘gunluk fonksiyonelleri, temel setler ve ¸c¨ozme y¨ontemleri kullanılarak hesaplanan birka¸c Kavramsal Yo˘gunluk Fonksiyonel Teorisi tanımlayıcısı ile kar¸sıla¸stırıldı. En y¨uksek yakla¸sımlar, ¸c¨oz¨uc¨u olarak su kullanan CPCM solvasyon modeliyle M06L/6-311++G** kullanılırken elde edildi. C¸ alı¸smamızın son kısmında ise, kuinazolin t¨urevlerinin sulu iyonla¸sma sabiti de˘gerlerini izodesmik reaksiyon kullanarak hesaplamak i¸cin metodoloji olarak M06L/6-311++G**//CPCM kullanıldı.
Özet (Çeviri)
One of the most important constants in chemistry is the ionization (dissociation) constant (pKa). Estimating the pKa value(s) for a potential drug is critical, especially since computations are considerably less expensive than obtaining pKa values experimentally. Nearly 68 % of ionized medicines are said to have weak bases [1]. As a first step in developing an efficient estimation methodology for the pKa of quinazoline and derivatives we studied three protocols. First one is based on the linear relationship between computed atomic charges of quinazoline and derivatives and the experimental pKa. Based on our observations, the optimum method for reproducing observed pKa's is to compute NPA (Natural Population Analysis) atomic charge using the CPCM (Conductor Like Polarizable Continuum Model) at the M06L/6-311++G** level (R2 = 0.93). The experimental pKa of a collection of quinazoline and derivatives were compared to several Conceptual Density Functional Theory descriptors computed. The highest approximations were observed when employing the M06L/6-311++G** with the CPCM solvation model using water as a solvent. In the final part of our study, M06L/6-311++G** have been used, in combination with CPCM continuum solvent model, to calculate the aqueous pKa values of quinazoline derivatives by using an isodesmic reaction. Possible improvements to current methodology are suggested
Benzer Tezler
- Stratejik yönetim modeli olarak sürdürülebilirlik dengeli hedef kartı ve bir işletmede uygulanması
Sustainability balanced scorecard as a stratejic management system and a case study
BUSE DUYGU DAĞIDIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiAkıllı Sistemler Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ ÖZKAN
- Karmaşık kentsel oluşumların değerlendirilmesi için hesaplamalı bir yaklaşım
A computational approach for evaluating complex urban formations
ÖZLEM ATAK DOĞAN
- System agency for bottom-up design: The use of computational design systems for Middle Eastern architecture
Tümevarımcı tasarım için sistem modeli: Hesaplamalı tasarım sistemlerinin Ortadoğu mimarlığındaki kullanımı
NOUR ABUZAID
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERYEM BİRGÜL ÇOLAKOĞLU
- Bulanık çok modlu kaynak kısıtlı proje çizelgeleme problemlerinin çözümü için matematiksel bir model
A mathematical model for the solution of the fuzzy multi mode resource-constrained project scheduling problems
ÖMER ATLI
Doktora
Türkçe
2012
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiHava Harp Okulu KomutanlığıEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENGİZ KAHRAMAN
- Computational screening of dual cation ammine metal borohydrides
Çift katyonlu amin metal bor hidrürlerin hesaplamalı taraması
YUSUF KIŞLAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADEM TEKİN