Bazı biber genotiplerinin hıyar mozaik virüsüne tepkileri ve Kilis izolatlarının HRMA (high resolutıon meltıng) yöntemi ile ayrımı
The response of some pepper genotypes to cucumber mosaic virus and discrimination of Kilis isolates by HRMA (high resolution melting) method
- Tez No: 766785
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BEKİR BÜLENT ARPACI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: CMV, HRM, Biber, Capsicum annuum L, Seleksiyon, CMV, HRM, pepper, Capsicum annuum L, Selection
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kilis 7 Aralık Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 41
Özet
Bu çalışmada, Kilis ili biber üretim alanlarından toplanan Hıyar Mozaik Virüsü (Cucumber mosaic virus, CMV) izolatlarının kılıf protein bölgelerinin genetik yapısı, ile bu bölgelerin yüksek çözünürlüklü erime eğrisi (High Resolution Melting=HRMA) yöntemi ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. CMV izolatları tütün bitkisinde çoğaltılmış, izolatların kılıf protein bölgelerinin kısmi dizinleri gen bankasında kayıtlı diğer CMV izolatlarının dizinleriyle karşılaştırılması yapılmıştır. Nükleotid dizileri belirlenen CMV izolatları filogenetik olarak gruplanmış, bu izolatların yer aldığı HRM grafiği ile karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma sonucunda HRM grafiği sekans dizilerine benzer şekilde gruplanmış Kilis 3 ve Kilis 4 izolatları diğer izolatlardan ayrılmıştır. Çalışmada HRM analizlerinin sekans dizilerinin belirlenmesi öncesi izolatlar arasındaki farklılıkların belirlenmesinde kullanılabileceği belirlenmiştir. Biber izolatlarınının gen bankasında karşılaştırılması sonucunda Kilis CMV izolatları diğer izolatlardan ayrılmışlardır. İzolatlar İran'da Kına çiçeği'nden (Impatiens balsamina) izole edilen LC066478 izolatı ile Türkiye'de Turptan (Raphanus sativus) izole edilen LC066505.1 izolatı ile Kedi turbundan (Rapistrum rugosum) izole edilen LC066514, LC066511 ve LC066517 izolatları ile benzer bulunmuştur. Çalışmada Kilis 7 CMV izolatı yerel popülasyondan seçilmiş 24 adet biber genotipine (C. annuum) mekanik olarak bulaştırılmıştır. Kilis ili Elbeyli popülasyonundan geliştirilen 24 hattın CMV'ye duyarlı oldukları belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to reveal the genetic structure of coat protein regions of the Cucumber mosaic virus (CMV) isolates collected from pepper fields in Kilis provinces, and to reveal the comparison of high resolution melting analysis. CMV isolates were multiplied in tobacco plant, partial sequences of coat protein regions of isolates were compared with sequences of other CMV isolates registered in the gene bank (NCBI). Nucleotide sequences of CMV isolates were grouped phylogenetically and compared with the HRM analysis of these isolates. As a result of the comparison, Kilis 3 and Kilis 4 isolates, which were grouped similarly to the HRM analysis were separated from the other isolates. It was determined that HRM analyzes could be used to determine the differences between isolates before the sequencing. As a result of comparison of pepper isolates in gene bank, Kilis CMV isolates were separated from other isolates. Isolates LC066478 isolated from Impatiens balsamina in Iran and LC066505.1 isolated from Radish (Raphanus sativus) in Turkey and LC066514, LC066511 and LC066517 isolates isolated from Rapistrum rugosum. In the study, CMV 7 isolate from Kilis was mechanically inoculated to 24 pepper genotypes (C. annuum) selected from the local population. It was determined that 24 lines developed from the Elbeyli population of Kilis province were susceptible to CMV.
Benzer Tezler
- Önemli zeytin (Olea europaea L.) çeşitlerinin izoenzim polimorfizmleri ve genetik özellikleri
Isoenzyme polymorphisms and genetic characteristics of important olive (Olea europaea L.) cultivars and types
SEVDA DÜLGER
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ŞEKER
- Bazı biber genotiplerinin domates lekeli solgunluk virüsü(TSWV)'ne karşı dayanıklılıklarının belirlenmesi
Determination of response of the some pepper genotypes to the tomato spotted wild virus(TSWV)
KADİR ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatKilis 7 Aralık ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BEKİR BÜLENT ARPACI
- Bazı biber genotiplerinin PVYV (pepper vein yellows virus)'ye tepkilerinin belirlenmesi
Determination of some pepper genotypes response to PVYV (pepper vein yellows virus)
ALAİTTİN APALAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatKilis 7 Aralık ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BEKİR BÜLENT ARPACI
- Samsun ilinde biber üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan potato vırus Y (PVY) patotiplerinin karakterizasyonu ve bazı biber çeşit ve hatlarının PVY'ye karşı dayanıklılık düzeylerinin araştırılması
Characterization of potato virus Y (PVY) pathotypes infecting pepper in samsun province and screening some pepper breeding lines and cultivars for resistance levels to PVY
İLYAS DELİGÖZ
- Bazı yerli biber genotiplerinin karakterizasyonu ve sanayiye uygunluklarının belirlenmesi üzerine araştırmalar
Characterization of some local pepper genotypes and investigation on suitability for processsing
MEHMET KADRİ BOZOKALFA