Optimization of the production process and purification of SARS-CoV-2 S1 protein using SUMO fusion tag and DSBC leader peptide
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 768484
- Danışmanlar: PROF. DR. TAMER YAĞCI, DR. HASAN ÜMİT ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
SARS-CoV-2 pandemi haline gelmiş olan Covid-19 hastalığına sebep olan Coronaviridae ailesinin en yeni üyesidir. Covid-19 dünya genelinde ölümlere sebep olmakla birlikte bu hastalığı geçirmiş olan kişilerde yıllar içerisinde kalıcı hasarlar bıraktığı belirlenmiştir. Bu sebepler hem Covid-19 tedavisi hem de aşı çalışmalarının önemini göstermektedir. Bu tez kapsamında, bahsedilen çalışmalarda da kullanılmak üzere SARS-CoV-2 Spike proteininin alt birimi olan S1 proteinin, rekombinant olarak Escherichia coli ekspresyon sistemlerinde çözünür olarak üretiminin yapılması amaçlanmıştır. E. coli ekspresyon sistemlerinde rekombinant protein üretiminde karşılaşılan bir problem proteinlerin çözünür olarak üretilmesidir. Bu çalışmada, SARS-CoV-2 S1 proteininin çözünür olarak üretilebilmesi amacıyla SUMO füzyon etiketi ve DsbC sinyal peptidi kullanılmıştır. SUMO füzyon etiketinin, rekombinant çözünür protein üretimine etkisinin bakılması için ilk olarak S1 geni pET SUMO vektörüne klonlanmıştır. Sekanslama ile S1 genini doğru oryantasyonda içeren plazmitler seçilmiş ve ekspresyon kontrolü için Escherichia coli SHuffle, BL21 (DE3) ve BL21 Star(DE3) pLysS suşlarına transforme edilmiştir. Sıcaklık, IPTG konsantrasyonu ve zamanın, S1 proteininin ekspresyonu üzerine etkilerine bakılmıştır. Yapılan deneyler sonucunda E.coli SHuffle hücrelerinde, 0.4 mM IPTG indüksiyonundan sonra 16 ℃ sıcaklıkta, 140 rpm çalkalama ile 24 saatlik inkübasyonla S1 proteininin kısmi olarak çözünür halde üretildiği belirlenmiştir. DsbC sinyal peptidinin, rekombinant çözünür protein üretiminin etkisine bakılması için pET30a (+) vektörüne klonlanmış olan S1 geninin, E.coli SHuffle hücrelerinde ekspresyon kontrolü yapılmıştır. Farklı sıcaklık, IPTG konsantrasyonu ve zaman denemelerinin sonunda pET30a (+) vektörüne klonlanmış S1 geninin SHuffle hücrelerinde çözünür olarak üretilmediği tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
SARS-CoV-2 is the newest member of the Coronaviridae family that causes the Covid-19 disease, which has become a pandemic. Although Covid-19 causes deaths worldwide, it has been determined that it has left permanent damage over the years in people who have had this disease. These reasons show the importance of both Covid-19 treatment and vaccine studies. Within the scope of this thesis, it is aimed to produce recombinantly soluble S1 protein, which is the subunit of SARS-CoV-2 Spike protein, in Escherichia coli expression systems to be used in the aforementioned studies. A problem encountered in the production of recombinant proteins in E. coli expression systems is the production of proteins in soluble form. In this study, SUMO fusion tag and DsbC signal peptide were used to produce the SARS-CoV-2 S1 protein in a soluble form. To examine the effect of the SUMO fusion tag on the production of recombinant soluble protein, the S1 gene was first cloned into the pET SUMO vector. Plasmids containing the S1 gene in the correct orientation were selected by sequencing and transformed into Escherichia coli SHuffle, BL21 (DE3) and BL21 Star (DE3) pLysS strains for expression control. The effects of temperature, IPTG concentration and time on the expression of S1 protein were examined. As a result of the experiments, it was determined that S1 protein was produced in a partially soluble form in E.coli SHuffle cells after induction of 0.4 mM IPTG after 24 hours of incubation at 16 ℃ with 140 rpm shaking. In order to examine the effect of DsbC signal peptide on soluble protein production, S1 gene cloned into pET30a (+) vector and expression was performed in E.coli SHuffle cells. At the end of different temperatures, IPTG concentrations and time intervals, it was observed that the S1 gene cloned in the pET30a (+) vector was not expressed soluble in SHuffle cells.
Benzer Tezler
- Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2)'nin vero hücre hattı ile farklı kültür teknikleri kullanılarak üretimi
Production of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) using different culture techniques by vero cell line
MUHAMMET ALİ UYGUT
Doktora
Türkçe
2023
BiyomühendislikFırat ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMET ŞABAN TANYILDIZI
PROF. DR. AYKUT ÖZDARENDELİ
- Large-scale manufacturing and characterization of a SARSCOV-2 virus-like particle vaccine adsorbed onto alhydrogel and adjuvanted with K3 CPG oligodeoxynucleotide for phase 1/2 clinical trials
SARSCOV-2 pandemisine karşı virüs benzeri parçacık temelli, alum absorbe ve K3 CPG olıgodeoksinükleotid adjuvantlı aşı adayının faz 1/2 klinik deneyler için üretimi ve incelenmesi
ARTUN BÜLBÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL
- Sıvı sıvı ekstraksiyonu ile maya atıksuyu membran çıkışından uçucu yağ asidi geri kazanımı
Recovery of volatile fatty acids from anaerobic fermantation broth by liquid liquid extraction
AYŞEGÜL NALAN ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MAHMUT ALTINBAŞ
- Kesikli proseste biyodizel üretiminin optimizasyonu ve en uygun teknikle üretilmesi
Optimization of transesterification of biodiesel in batch process and using best avaliable techniques in the production
MEHMET ÜNSAL
Doktora
Türkçe
2010
Kimya MühendisliğiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT KESKİNLER
- Buğday tarlası atıklarından ksilitol üretim koşullarının optimizasyonu ve ksilitolün saflaştırılması
Optimization of xylitol production conditions from wheat field waste and purification of xylitol
SERDAL SABANCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Gıda MühendisliğiGaziosmanpaşa ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM AKPINAR