Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde trihelix gen ailesi üyelerinin genom düzeyinde tanımlanması ve çeşitli abiyotik stresler sırasında ifade profilleri
Genome-wide identification of Trihelix gene family members in common bean (Phaseolus vulgaris L.) and expression profiles during various abiotic stress
- Tez No: 770930
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İLKER BÜYÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Trihelix transkripsiyon faktörü ailesi, bitki büyüme ve gelişiminin düzenlenmesinde ve çeşitli abiyotik streslere yanıt vermede oldukça önemlidir. GT faktörleri olarak da adlandırılan Trihelix ailesi, korunmuş bir trihelix DNA bağlanma alanına sahip bitkiye özgü bir transkripsiyon faktörü gen ailesidir. Bu tez çalışmasında, fasulyede Trihelix genlerinin genom çapında tanımlanması ve detaylı biyoinformatik analizleri gerçekleştirilmiştir. Genel olarak fasulye genomunda beş alt kategoride (GT-1, GT-2, GTγ, SH4 ve SIP1) sınıflandırılan toplamda 38 adet Trihelix geni (PvTH) olduğu tespit edilmiştir. Tanımlanan bu PvTH'lerin filogenetik ilişkileri, kromozomlar üzerindeki dağılımı, tandem ve segmental duplikasyon durumları, gen yapıları, promotor bölgelerinin analizleri, ekzon-intron yapıları, miRNA analizleri, kodladıkları proteinlerdeki korunmuş motiflerin belirlenmesi, proteinlerin tahmini üç boyutlu yapıları ve Arabidopsis ve soya ile sintenik ilişkilerinin analizi gerçekleştirilmiştir. Ayrıca RNAseq verilerine dayalı olarak tuz ve H2O2 ile ilişkili genlerin ifade analizleri yapılmış ve stres muamelesi sonrası qPCR analizi ile değişen mRNA ekspresyon seviyeleri incelenmiştir. Yapılan tez çalışma sonucunda bazı PvTH genlerinin tuz ve H2O2'ye karşı istatistiksel olarak anlamlı yanıtlar verdikleri belirlenmiştir ve bu genlerin strese karşı verilen cevapta rol oynayabileceği düşünülmüştür. Elde edilen bulgular literatür için yenidir ve fasulye genomunda Trihelix gen ailesinin kapsamlı bir şekilde anlaşılmasına yardımcı olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
The Trihelix family of transcription factors is very important in regulating plant growth and development and in responding to various abiotic stresses. The Trihelix family, also called GT factors, is a plant-specific transcription factor gene family with a conserved trihelix DNA binding domain. In this thesis, genome-wide identification and detailed bioinformatics analyzes of Trihelix genes in bean were performed. In general, a total of 38 Trihelix genes (PvTH) classified in five subcategories (GT-1, GT-2, GTγ, SH4 and SIP1) were found in the bean genome. Phylogenetic relationships of these identified PvTHs, their distribution on chromosomes, tandem and segmental duplication status, gene structures, analyzes of promoter regions, exon-intron structures, miRNA analyzes, determination of conserved motifs in the proteins they encode, predicted three-dimensional structures of proteins and syntenic relationships with Arabidopsis and soybean were analyzed. In addition, based on RNAseq data, the expression analyzes of salt and H2O2 genes were performed and the changing mRNA expression levels were examined by qPCR analysis after stress treatment. As a result of the thesis study, it was determined that some PvTH genes gave statistically significant responses to salt stress and H2O2, and it was thought that these genes might play a role in stress response. The findings are new to the literature and are thought to help a comprehensive understanding of the Trihelix gene family in the bean genome.
Benzer Tezler
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde WOX gen ailesi üyelerinin genom düzeyinde tanımlanması ve tuz stresi sırasında ifade profilleri
Genome-wide identification of WOX gene family members in Phaseolus vulgaris L. and their expression profiling during salt stress
SİMAY EZGİ AKBULUT
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde nano-çinko oksit (ZnO) ve nano-titanyum oksit (TiO2NP)uygulamalarının bazı biyokimyasal parametreler üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of effects of nano-zinc oxide (ZnO) and nano-titanium oxide (TiO2NP) applications on some biochemical parameters of bean (Phaseolus vulgaris L.) plant
SERDAR ÜZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiBitlis Eren ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZ AYHAN KİREÇCİ
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde Whirly ve Arr-B genlerinin genom düzeyinde tanımlanması, karakterizasyonu ve biyotik stres cevabi ile olan ilişkilerinin gen ifadesi düzeyinde belirlenmesi
Genome-wide identification and characterization of whirly and Arr-B genes in common bean (Phaseolus vulgaris L.) and assessment of their possible role in biotic stress response at gene expression level
FATMA ŞEYMA GÖKDEMİR
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde bakteri aşılamasının azot fiksasyonuna ve bitkinin kök ve toprak üstü organlarına etkisi.
Bean (Phaseolus vulgaris L.) nitrogen fixation of inoculation in plant and soil and plant stem above effects organ
MEHTAP AKKURT
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinde Yabby ve Dof genlerinin kuraklık stresi ile olan ilişkilerinin salisilik asit etkisiyle karşılaştırmalı olarak gen ifadesi düzeyinde incelenmesi
Investigation of the Yabby and Dof transcription factors at gene expression level during drought stress conditions in Phaseolus vulgaris L. and the effect of salicylic acid
ARZU GİZEM KIRICI