Pankreas kanserlerinde tanı ve tedaviye yönelik işaretçilerin in silico yöntemlerle tespiti
Detection of diagnostic and treatmental markers in pancreas cancers by in silico methods
- Tez No: 773448
- Danışmanlar: PROF. DR. ENDER BERAT ELLİDOKUZ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: İç Hastalıkları, Internal diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Amaç: Pankreas kanseri mortalitesi yüksek kanserler arasında yer almaktadır. Çoğunlukla hastalık tanı anında metastatik olmakta ve sağkalım süresi azalmaktadır. Bu nedenle pankreas kanserinde erken tanı ve tedavi çok daha önemli olmaktadır. Tanı ve tedavi amacıyla kullanılabilecek olan biyobelirteç özelliğindeki gen/genler ve/veya hastalık oluşmasında önemli olan yolaklar tam olarak netleştirilmemiştir. Bu çalışmada da agresif seyirli ve hızlı metastaz yapma özelliğinde olan pankreas kanseri için erken tanı ve tedavisinde kullanılabilecek yeni moleküler hedeflerin bulunması amaçlanmıştır. Materyal ve metot: Pankreas duktal adenokarsinomunda normal dokuya göre farklı eksprese olan genleri bulmak amacıyla GEO (Gene Expression Omnibus) veritabanı kullanıldı. Toplamda 68 adet normal dokuya, 81 adet pankreatik duktal adenokarsinomaya ait mikroarray verisi toplandı. Bu veri setleri RStudio programında işlenerek Gen Ontolojisi (GO), Kyoto Genler ve Genler Ansiklopedisi (KEGG), Hallmark ve Metabolit yolak analizi yapıldı. Elde edilen bu genlerden protein-protein etkileşim analizi yapılması amacıyla STRING (Etkileşen genlerin saptanması için arama aracı) veritabanı kullanıldı ve Cytoscape' e aktarılarak görselleri elde edildi. Bulgular: 68 adet normal dokuya, 81 adet pankreatik duktal adenokarsinomaya ait mikroarray verisinden istatistiksel olarak anlamlı değişim gösteren 107 adet gen elde edildi. Bu genlerden 26 tanesinin down regüle, 81' nin ise up regüle olduğu görüldü. Yolak analizleriyle birlikte pankreas kanserinde genlerin özellikle ekstraselüler matriks düzenlenmesi, epitelyal-mezenşimal geçiş gibi yollar üzerinden etki ettiği gösterildi. Protein-protein etkileşim analiziyle birlikte bu etkileşim ağının merkezinde FN1, COL1A2, TIMP1, POSTN, COL3A1, MMP1, EGF, THBS2, ALB, ITGA2' nin yer aldığı görüldü. Sonuç: Bu çalışma pankreas kanserinde farklı eksprese olan birçok geni tespit etmiş olup tanısal/prognostik belirteçler ve yeni tedavi hedeflerinin belirlenmesi amacıyla ileri araştırmalar için yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Objectives: Pancreatic cancer is among the cancers with high mortality. Most of the pancreatic cancers are diagnosed in metastatic dieaseas therefore survival times are short. Early diagnosis of pancreatic cancer has a huge impact on treatment and survival time therefore focusing on diagnosis in early stage is much more important. Gene/genes with biomarker properties that can be used for pancreatic cancer diagnosis and treatment and/or pathways that are important in disease formation haven't been fully understanded. In this study, we aimed to find new molecular targets that can diagnose panceatic cancer in early stages and impact treatment options for pancreatic cancer, which has an aggressive course and rapid metastasis. Material and Method: GEO (Gene Expression Omnibus) database was used to find genes that are expressed differently in pancreatic ductal adenocarcinoma compared to normal tissue. In total, microarray data of 68 normal tissues and 81 pancreatic ductal adenocarcinomas were collected. These data sets were processed in the RStudio program, and Gene Ontology (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genes (KEGG), Hallmark and Metabolite pathway analysis were performed. The STRING (Search tool for the retrieval of interacting genes) database was used for protein to protein interaction analysis from these obtained genes and their images were obtained by transferring them to Cytoscape. Results: 107 genes with statistically significant changes were obtained from the microarray data of 68 normal tissues and 81 pancreatic ductal adenocarcinoma. It was seen that 26 of these genes were down-regulated and 81 of them were up-regulated. Along with pathway analysis, it was shown that genes in pancreatic cancer act through pathways such as extracellular matrix regulation and epithelial-mesenchymal transition. With the protein-protein interaction analysis, it was seen that FN1, COL1A2, TIMP1, POSTN, COL3A1, MMP1, EGF, THBS2, ALB, ITGA2 are located at the center of this interaction network. Conclusion: This study identified many differentially expressed genes in pancreatic cancer and will be helpful for further research to identify diagnostic/prognostic markers and new therapeutic targets.
Benzer Tezler
- Pankreas kanserlerinde EGFR, GLUT1, S100A4, mezotelin ve MUC16 ekspresyonun immünhistokimyasal olarak değerlendirilmesi ve bulguların klinikopatolojik verilerle karşılaştırılması
Immunohistochemical evaluation of EGFR, GLUT1, S100A4, mezotelin ve MUC16 expression in pancreatic cancers and comparison of findings with clinicopathologic data
CEREN BİLKAN ÖGE
- Pankreas tümörlerinin operabilite kriterlerinde BT anjiografinin yeri
Diagnostic value of CT angiography in the operability criteria of pancreas tumors
ONUR TUTAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Radyoloji ve Nükleer Tıpİstanbul ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASIM GÜNDÜZ ÖĞÜT
- Bazı sindirim sistemi kanserlerinde SEZ6L2'nin tanı amaçlı kullanım potansiyeli
Diagnostic use of SEZ6L2 in some digestive system cancers
BİRSEN BAĞCILAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHRİYE PELİN ARDA
- Pankreas kitlelerinde ameliyat öncesi bilgisayarlı tomografi sonuçları ile Ameliyat sonrası patoloji sonuçlarının kıyaslanması
Comparison of postoperative pathology results with preoperative computed tomography results in pancreatic masses
MUSA ATLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Genel CerrahiAnkara ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK MEVLÜT HAZİNEDAROĞLU
- Safra kesesi kanserinde prognostik faktörler
Prognostic factors in gallbladder cancer
OSMAN BANDIRMALI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Genel CerrahiErciyes ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ZEKİ YILMAZ