Geri Dön

Study of virulence genes variation of uropathogenic E. coli using of multilocus sequence typing technique in patients of kidney failure in Anbar province

Anbar ilinde böbrek yetmezliği hastalarında multilocus dizi tipleme tekniği kullanılarak üropatojenik E. coli'nın virülans gen varyasyonunun incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 779280
  2. Yazar: MOHAMMED JASIM MOHAMMED MOHAMMED
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMED ABDULJABBAR SULEIMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 111

Özet

Mevcut çalışmada yaklaşık 120 klinik örnek, Al-Anbar ilindeki Ramadi eğitim hastanesine başvuran Iraklı erkek ve kadın hastalardan toplandı. Bu örneklerin dağılımı şu şekildeydi: İdrar yolu enfeksiyonu olan 60 idrar örneği toplandı ve böbrek yetmezliği (UTIs) olan hastalardan fazladan 60 idrar örneği alındı. Tüm hasta idrar örnekleri MacConkey agar, kanlı agar ve Eosin Metilen mavisi üzerinde kültürlendi. Tüm hasta örnekleri pozitif kültürdü. Kültürel, morfolojik, biyokimyasal özelliklere ve VITEK'e göre bakteri suşları belirlendi. Her bir E. coli izolatı, beş önemli geni tanımlamak için bakteriyel DNA ekstraksiyonuna tabi tutuldu: 16S RNA, FimH, Hly, Cnf ve PapC. Bu genler, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) tekniği kullanılarak amplifiye edildi. Mevcut çalışmada, bakteri genleri için moleküler tipleme, multilocus sekans tipleme (MLST) kullanılarak incelenmiştir. Böbrek yetmezliği hastalarıyla ilgili olarak, örneklerin sadece 27'si (%45) E. coli olarak tanımlanırken, geri kalan 33'ü (%55) diğer türler olarak tanımlandı. Benzer şekilde, UTI hastalarından sadece 43'ü (%71,7) E. coli olarak, kalan yüzde 17'si (%28,3) ise diğer türler olarak tanımlandı. Hastalar arasında böbrek yetmezliği ve UTI klinik örnekleri cinsiyete göre sırasıyla erkeklerde 33 (%55) ve 22 (%36,6) ve kadınlarda 27 (%45) ve 38 (%63,4) olmak üzere dağıtıldı. Mevcut çalışmanın bulgularına göre, 50-60 yaş arası böbrek yetmezliği olan erkek ve kadın hastalarda sırasıyla %29,9 ve %25,9 ile en yüksek yüzde oranı vardı. bunu sırasıyla %24,2 ve %25,9 ile 40-50 yaş arasındakiler izlemektedir. Bu çalışmadaki UTI hastaları ile ilgili olarak, UTI'li erkek hastaların 20 ila 30 ve 30 ila 40 yaşları arasında (her iki yaş grubunda yüzde 22,7'dir) geliştirme olasılığı daha yüksekti. Ek olarak, sonuçlar kadınlar arasında 30-40 yaş grubunun en yüksek UTI oranına (%28,9) sahip olduğunu ve bunu 40-50 yaş grubunun (%23,60) izlediğini göstermiştir. UTI hastalarından izole edilen bakteri izolatları, çalışma kapsamındaki antibiyotik setine karşı aşağıdaki şekilde yüksek direnç kaydetti: Sefepim, Piperasilin, Trimetoprim/Sülfametoksazol, Ticarcillin/Clavulanic acid, Ceftazidime, Ticarcillin, Ciprofloxacin ve Aztreonam için sırasıyla sadece 42 (%97,67), 41 (%95,35), 40 (%93,02), 40 (%93,02), 40 (%93,02), 39 (%90,70) ve 38 (%88,37)'idi. Benzer şekilde, izolatlar, aşağıdaki gibi bir dizi antibiyotik için yüksek hassasiyette kaydedilmiştir: ertapenem, levofloksasin, imipenem, meropenem, tigesiklin ve amikasin için sırasıyla sadece 36 (%83,72), 37 (%86,05), 37 (%86,05), 38 (%90,70) 39 (%90,70) ve 41 (%95,35) idi. Ayrıca, çalışma altındaki antibiyotikler için böbrek yetmezliği olan hastalardan izole edilen direnç suşları, sefazolin 21 (%77,78), seftazidim 22 (%81,48) ve siprofloksasin 23 (%85,19) için yüksek oranda not edildi. Ayrıca böbrek yetmezliği hastalarından izole edilen tüm suşların sırasıyla tobramisin 22 (%81,48), tigesiklin 26 (%96,30), levofloksasin 27 (%100) ve amikasin 27 (%100) 'ye yüksek duyarlılık gösterdiği kaydedildi. Virülans genleri FimH, PapC, Cnf ve Hly ile ilgili olarak, tüm suşlar bu genlerin yanı sıra 16S RNA'yı da içeriyordu, burada tüm izolatlar her bir 16S RNA, FimH, PapC, Cnf ve Hly gen için %100 rapor edildi.

Özet (Çeviri)

Around 120 clinical specimens in the current work were collected from male and female of Iraqi patients who presented Ramadi teaching hospital in the Al-Anbar governorate. The distribution of these specimens was as follows: 60 urine specimens were collected with urinary tract infections, and extra 60 urine samples were taken from patients with renal failure (UTIs). All patient urine specimens were cultured on MacConkey agar, blood agar, and Eosin Methylene blue. All patient specimens were culture-positive. According to the cultural, morphological, biochemical characteristics, and VITEK the bacterial strains were identified. Each isolate of E. coli was subjected to bacterial DNA extraction in order to identify five important genes: 16S RNA, FimH, Hly, Cnf, and PapC. These genes were amplified using the Polymerase Chain Reaction (PCR) technique. In the current study, molecular typing for bacterial genes was studied using multilocus sequence typing (MLST). Concerning renal failure patients, only 27 (45%) of the samples were identified as E. coli, while the remaining 33 (55%) were identified as other species. Likewise, among UTI patients, only 43 (71.7%) were identified as E. coli, and the remaining percentage, 17 (28.3%), were identified as other species. The clinical specimens of renal failure and UTI among patients were distributed according to gender, into 33 (55%) and 22 (36.6%) in males and 27 (45%) and 38 (63.4%) in females, respectively. According to the findings of the current study, male and female patients with renal failure between the ages of 50 and 60 had the highest percentage rate (29.9% and 25.9%, respectively), followed by those between the ages of 40 and 50 (24.2% and 25.9% respectively). Concerning UTIs patients in the present work study, male patients with UTI were more likely to develop it between the ages of 20 and 30 and 30 and 40 years (22.7 percent in both age groups). In addition, the results showed that among females, the age group 30–40 had the highest rate of UTIs (28.9%), followed by the 40–50 age group (23.60%). The bacterial isolates which isolated from UTI patients were recorded highly resistance for set of antibiotics under study as follow: only 42(97.67%), 41(95.35%), 40(93.02%), 40 (93.02%), 40 (93.02%), 39 (90.70%) and 38 (88.37%) for Cefepime, piperacillin, trimethoprim/sulfamethoxazole, ticarcillin/clavulanic acid, ceftazidime, ticarcillin, ciprofloxacin, and aztreonam respectively. Likewise, the isolates were recorded highly sensitivity for set of antibiotics which as follow: only 36 (83.72%), 37 (86.05%), 37(86.05%), 38(90.70%) 39(90.70%) and 41(95.35%) for ertapenem, levofloxacin, imipenem, meropenem, tigecycline, and amikacin respectively. Moreover, the resistance strains that isolated from patients with renal failure for antibiotics under study were noted highly percentage for cefazolin 21 (77.78%), ceftazidime 22 (81.48%), and ciprofloxacin 23(85.19%). In addition, all strains which isolated from renal failure patients were recorded highly sensitivity for tobramycin 22(81.48%), tigecycline 26(96.30%), levofloxacin 27(100%), and amikacin 27 (100%) respectively. Concerning virulence genes FimH, PapC, Cnf and Hly, all strains were contained these genes as well as 16S RNA where all isolates were reported 100% for each genes 16S RNA, FimH, PapC, Cnf and Hly.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    131812

    üropatojen escherichia coli suşlarında ve barsak florasında bulunan kommensal escherichia coli suşlarında PAP, SFA ve AFA adezinleri kodlayan operonların saptanması

    Detection of PAP, SFA and AFA adhesin-encoding operons in uropathogenic escherichia coli strains and commensal escherichia coli strains of the gut flora

    NEŞE KİREMİT KORKUT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE ANĞ KÜÇÜKER

  2. Tez No

    539760

    Yoğun bakım hastalarının idrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli suşlarında fimh single nükleotid polimorfizmi araştırılması

    Investigation of fimh single nucleotide polymorphism in escherichia coli strains isolated from urinary cultures of intensive care patients

    SEMA KOÇYİĞİT KALCAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AZİZ RAMAZAN DİLEK

  3. Tez No

    887726

    Babil'de yaşayan ishal hastalarından izole edilen Salmonella Enterıca'nın metagenomik analizi ve bazı virülans genlerinin tanımlanması

    Metagenomic analysis of Salmonella Enterica isolated from diarrhea patients living in Babylon and identification of some virulence genes

    SHAHAD SAFAA ABBAS AL-AZZAWI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. TARKAN YORULMAZ

  4. Tez No

    885761

    Pulmoner enfeksiyondan izole edilen pseudomonas aerugınosa'nın çoklu ilaç direncinde virülans genlerinin varyasyonu

    Virulence genes variation in multidrug resistant pseudomonas aeruginosa isolated from pulmonary infection

    FOUAD MAHMOOD ABBOOD AL ALWANI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK

  5. Tez No

    416600

    Phenotypic and genetic characterization of antimicrobial resistance in salmonella isolates from different sources in Turkey

    Türkiyede farklı kaynaklarda bulunan salmonella izolatlarının antimikrobiyal dirençliliklerinin fenotipik ve genetik karakterizasyonu

    SİNEM ACAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER

    PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL

Geri Dön