Geri Dön

Tikrit/Irak'taki idrar yolu enfeksiyonu hastalarından izole edilen p. aeruginosa bakterilerinde moleküler tanımlama, antibiyotik direnci ve virülans faktörlerinin tespiti

Molecular identification, antibiotics resistance and detection of virulence factors in p. aeruginosa bacteria isolated from urinary tract infection patients in Tikrit /Iraq

PDF İndir

  1. Tez No: 958697
  2. Yazar: AMEL MAHROOZ ABDULLAH ABDULLAH
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SERDAL TARHANE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 166

Özet

Pseudomonas aeruginosa, idrar yolu enfeksiyonlarının (İYE) sebeplerinden biridir. İYE'ler, dünya çapında her yıl milyonlarca kişiyi etkileyen en yaygın bakteriyel enfeksiyonlar arasındadır. İYE'ler, özellikle üropatojenlerin antibiyotiklere karşı giderek daha fazla direnç kazandığı için büyük bir sağlık sorunu teşkil etmektedir. Çalışma, her iki cinsiyetten de idrar yolu enfeksiyonu yaşayan hastalardan 175 idrar örneği toplama işlemini içermiştir. Örnek toplama dönemi, 2023 Şubat ile 2023 Haziran arasında Tikrit Eğitim Hastanesi ve Tikrit Şehri'ndeki Alaskari Hastanesi'nden gerçekleştirilmiştir. Otuz izolat (P. aeruginosa bakterisinin %17,1'i) elde edilmiştir. İzolatlar, MacConkey agar, cetramide agar ve kan agarı kültür ortamları kullanılarak geleneksel yöntemle tanı konmuş, ardından katalaz ve oksidaz testleri ve biyokimyasal testler yapılmıştır. Nihai tanı, VİTEK2 cihazı kullanılarak konmuştur. VİTEK2 cihazının doğruluk oranları sırasıyla %97, %98 ve %99 olarak bulunmuştur. İzolatların 14 antibiyotiğe karşı duyarlılığı, Vitek 2 cihazıyla test edilmiştir. Çalışma sonuçları, antibiyotik direncinde farklar olduğunu göstermiştir. En yüksek direnç oranı, Ticarcillin için %100, aztreonam için %93,3, piperacillin için %86,6, gentamicin için %83,3, ticarcillin/clavulanate için %76,6 ve tobramycin için %73,3 olarak bulunmuştur. Ardından, fenotipik virülans faktörleri, kültür ortamları kullanılarak tespit edilmiştir. Hemolysin üretimi, dirençli ve duyarlı izolatlar için %100 olarak bulunmuş, pyocyanin üretimi dirençli ve duyarlı izolatlar için %80, proteaz üretimi dirençli izolatlar için %93,3 ve duyarlı izolatlar için %86,6, lipaz üretimi dirençli izolatlar için %80 ve duyarlı izolatlar için %66,6, fosfolipaz C üretimi dirençli ve duyarlı izolatlar için %86,6 ve alkalin proteaz üretimi dirençli suşlar için %66,6 ve duyarlı izolatlar için %53,3 olarak bulunmuştur. Ardından, 20 izolatın DNA'sı ekstrakte edilerek virülans genlerinin varlığı PCR tekniğiyle tespit edilmiştir. Sonuçlar, toxA ve plcH geninin dirençli ve duyarlı izolatlarda %100 bulunduğunu göstermiştir ve bantların moleküler ağırlıkları sırasıyla (396 bp) ve (307 bp) olmuştur. AprA ve lasB genlerinin varlığı, duyarlı izolatların %80'inde bulunmuştur ve bantların moleküler ağırlıkları sırasıyla (450 bp) ve (482 bp) olmuştur. 16 izolasyonun genetik dizisi, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'ne (NCBI) kayıtlı olarak belirlenmiştir. toxA geni, toplam sekiz mutasyon ile en yüksek genetik varyasyonu göstermiştir. 1 numaralı izolat iki transversiyon mutasyonu sergilemiştir; 2 numaralı izolat üç transversiyon ve bir geçiş (transition) mutasyonu göstermiştir; 3 ve 4 numaralı izolatların her biri birer transversiyon mutasyonu taşımaktadır. aprA geni, beş mutasyon ile ikinci en fazla varyasyon gösteren gen olmuştur. 1, 3 ve 4 numaralı izolatlar geçiş mutasyonları içerirken, 2 numaralı izolat hem transversiyon hem de geçiş mutasyonları sergilemiştir. plcH geninde ise iki substitüsyon mutasyonu tespit edilmiştir: 1 numaralı izolatta bir transversiyon, 2 numaralı izolatta bir geçiş mutasyonu bulunmuştur. 3 ve 4 numaralı izolatlarda herhangi bir mutasyon saptanmamıştır; bu da plcH geninin, toxA ve aprA genlerine kıyasla daha fazla genetik korunum gösterdiğini düşündürmektedir. Son olarak, lasB geninde dört izolatın hiçbirinde mutasyon tespit edilmemiştir. P. aeruginosa'nın filogenetik ağacı toxA ve aprA genleri için çizilmiş ve analiz edilmiştir. Yerel izolatlar diğer ülkelerden gelenlerle karşılaştırıldığında kimlik yüzdesi %99 olmuştur. Filogenetik ağaç, plcH ve lasB genleri için de çizilmiştir. Yerel izolatlar diğer ülkelerden gelenlerle karşılaştırıldığında kimlik yüzdesi %100 olmuştur. toxA, plcH, lasB ve aprA genleri, NCBI'nin GenBank'ine kaydedilmiştir. Gen ekspresyonu, kırk izolatın (her bir gen için 10 izolat: toxA, plcH, aprA ve lasB) analiz edilerek, iki gruba ayrılmıştır: dirençli gen izolatları ve hassas gen izolatları. Sonuçlar, Test edilen genler arasında, toxA geni en yüksek fold change (kat değişim) farkını göstermiştir; p-değeri (P = 0.02), dirençli izolatlarda duyarlı izolatlara kıyasla gen ifadesinin istatistiksel olarak anlamlı düzeyde arttığını göstermektedir. lasB geni, p-değeri (P = 0.020) ile ikinci sırada yer almış ve gen ekspresyon düzeyleri arasında anlamlı bir fark göstermiştir. plcH geni de anlamlı bir gen ifade farkı sergilemiş olup, p-değeri 0.013 olarak bulunmuştur. Son olarak, aprA geni de p-değeri 0.018 ile istatistiksel olarak anlamlı bir gen ekspresyon farkı ortaya koymuştur. toxA, plcH, lasB ve aprA genlerine ait diziler, erişim numaraları altında NCBI GenBank veri tabanına başarıyla gönderilmiş ve kayıt altına alınmıştır

Özet (Çeviri)

Pseudomonas aeruginosa is one of the causes of urinary tract infections. UTIs are among the most frequent bacterial infections, affecting millions globally annually. UTIs are a major healthcare concern, especially as uropathogens become increasingly resistant to antibiotics. The study included collecting 175 urine samples from patients suffering from urinary tract infections of both sexes. The sample collection period was from February 2023 to June 2023 from Tikrit Teaching Hospital and Alaskari Hospital in Tikrit City. Thirty isolates (17.1%) of P. aeruginosa bacteria were obtained. The isolates were diagnosed using the traditional method of MacConkey agar, cetramide agar, and blood agar culture media, followed by catalase and oxidase tests and biochemical tests. The final diagnosis was made using the VITEK2 device. The probability was 97%, 98%, and 99%, respectively. Antibiotic sensitivity tests of the isolates for 14 antibiotics were tested by VITEK2. The results of the study showed a difference in antibiotic resistance. The highest resistance rate was 100% for Ticarcillin, aztreonam 93.3%, piperacillin 86.6%, gentamicin 83.3%, ticarcillin/clavulanate 76.6%, and tobramycin.73.3%. Then, the phenotypic virulence factors were detected using culture media such as hemolysin production, which was 100% for resistant and sensitive isolates, pyocyanin production was 80% for resistant and sensitive isolates, protease production was 93.3% for resistant isolates and 86.6% for sensitive isolates, lipase production was 80% for resistant isolates and 66.6% for sensitive isolates, phospholipase C production was 86.6% for resistant and sensitive isolates, and alkaline protease production was 66.6% for resistant strains and 53.3% for sensitive isolates. Then, DNA was extracted from 20 isolates, and the presence of virulence genes was detected using the PCR technique. The results showed that the presence of toxA and plcH gene was 100% in the resistant and sensitive isolates, the bands had a molecular weight (396 bp)and (307bp), respectively). The results showed that the presence of aprA and lasB genes was 80% of the sensitive isolates. It was found that bands had a molecular weight (450bp) and (482 bp)respectively. Determine the genetic sequence for 16 isolates registered in the National Center for Biotechnology Information (NCBI). toxA gene exhibited the highest level of genetic variation, with a total of eight mutations detected. Isolate no. 1 showed two transversion mutations; isolate no. 2 exhibited three transversion and one transition mutation; and isolates no. 3 and 4 each showed one transversion mutation. aprA gene ranked second in terms of variation, with five mutations observed. Isolates no. 1, 3, and 4 showed transition mutations, while isolate no. 2 exhibited both transversion and transition mutations. plcH gene showed two substitution mutations one transversion in isolate no. 1 and one transition in isolate no. 2. No mutations were observed in isolates no. 3 and 4, suggesting that the plcH gene may be more genetically conserved compared to toxA and aprA. Finally, no mutations were detected in the lasB gene across all four isolates . The phylogenetic tree of P.aeruginosa was drawn and analyzed for the toxA and aprA genes. When comparing local isolates with those from other countries, the identity percentage was 99%. The phylogenetic tree was also drawn for the plcH and lasB genes. When comparing local isolates with those from other countries, the identity percentage was 100%. Gene expression was analyzed in forty isolates (10 per gene): toxA, plcH, aprA, and lasB), which were divided into two groups: resistant isolates and sensitive isolates. Among the tested genes, toxA exhibited the highest fold change difference, with a (p.value P= 0.02) indicating a highly significant upregulation in resistant isolates compared to sensitive isolates. lasB gene followed, with a (p.value P= 0.020), also showing a statistically significant difference in expression levels between resistant and sensitive isolates. plcH gene displayed a significant expression difference as well, with a (p.value 0.013). Lastly, aprA gene showed a statistically significant difference in gene expression, with a (p.value 0.018), The sequences of the four genes toxA, plcH, lasB, and aprA have been successfully submitted and registered in the NCBI GenBank database under the accession numbers

Benzer Tezler

  1. Tez No

    666370

    Ajeel petrol sahasının (Tikrit-Irak) petrol sistemi parametrelerinin incelenmesi

    Petroleum system parameter investigation of Ajeel oil field (Tikrit- Iraq)

    ABBAS FALAH GHARIB

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Jeoloji MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ MÜJDAT ÖZKAN

  2. Tez No

    705416

    The analysis of the relationship between strategic management stages and organizational structure case study: The opinions of a sample of employees in the Tikrit University

    Stratejik yönetimin aşamaları ile organizasyon yapısı arasındaki ilişkinin analizi vaka çalışması: Tikrit Üniversitesi çalışan örneklerinin görüşleri

    YOUSIF ABDULRAHMAN HASAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    İşletmeİstanbul Gedik Üniversitesi

    İşletme Yönetimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ENVER ALPER GÜVEL

  3. Tez No

    611505

    The impact of social media on university students in Iraq and Turkey

    Başlık çevirisi yok

    ABDULNASER MUTASHAR FASHAKH

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Bilim ve TeknolojiAltınbaş Üniversitesi

    Bilişim Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OĞUZ BAYAT

  4. Tez No

    815162

    Investigation of the relationship between vitamin d and osteoporosis in patients individuals with gout

    Gut hastası bireylerde d vitamini ve osteoporoz ilişkisinin araştırılması

    JAMAL YOUNIS MUSTAFA ALBIRO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ KARAİPEKLİ

  5. Tez No

    958708

    Ai in education: An inquiry in iraqi Universities

    Eğitimde yapay zeka: Irak Üniversitelerinde bir araştırma

    MAHA ABDULWAHHAB ABED ABED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBahçeşehir Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı

    Assist. Prof. Dr. ERDEM ERZURUM

Geri Dön