Klinik klebsiella pneumoniae izolatlarında virülans genlerin belirlenmesi
Determination of virulance genes in clinical klebsiella pneumoniae isolates
- Tez No: 779802
- Danışmanlar: PROF. DR. ELİF SEVİM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 60
Özet
Klebsiella pneumoniae, memelilerin mukozal yüzeylerinde ve çevrede yaygın olarak (toprak, su vb.) bulunan Gram negatif kapsüllü bir bakteridir. İnsanlarda, bu bakteri gastrointestinal sistemde ve daha seyrek olarak nazofarenkste kolonize olur ve buradan dolaşıma girerek diğer dokuları enfekte edebilir. Patojenik K. pneumoniae suşları, idrar yolu, solunum yolu ve kan enfeksiyonları dahil olmak üzere çok çeşitli bulaşıcı hastalıklara neden olma potansiyeline sahiptir. Bu bakteri aynı zamanda patojenitesine katkıda bulunan farklı virülans faktörlerine sahiptir. Konakçı savunmalarının üstesinden gelmelerini sağlayan kapsüller, fimbrialar, lipopolisakkaritler (LPS) ve sideroforlar bu virülans faktörlerinden en önemlileridir. Çalışmamızda klinik örneklerden izole edilen ve Vitek-2 otomatize sistem ile K. pneumoniae olarak tanımlanan 24 adet izolat Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarı stoklarından alınmıştır. İzolatların total DNA'ları kaynatma yöntemi ile izole edilmiştir. İzolatların kapsül oluşumu ile ilgili rmpA, magA ve wcaG genleri, LPS ile ilgili uge ve wabG genleri, tip-I ve Tip-II fimbria ile ilişkili fimH ve mrkD genleri, nitrojen mekanizması ile ilgili ureA ve allS genleri ve siderofor üretimi ile ilgili iutA, iroD, ybtA ve entB genlerinin varlığı ve kapsül serotipleri spesifik primerler kullanılarak PZR yardımı ile araştırılmıştır. Bunun yanı sıra izolatların hipermukoviskozite (hmv) özelliği string test ile fenotipik olarak belirlendi. Gerçekleştirilen çalışmalar sonucunda sadece Kp12 izolatının hmv özelliğine sahip olduğu tespit edildi. Gerçekleştirilen PZR çalışmaları sonucunda izolatların tamamında wabG ve uge genlerini, % 96 (23/24)'sında entB geni, %87,5 (21/24)'inde mrkD ve ureA genleri, %62,5 (15/24)'inde ybtA geni, %8 (2/24)'inde allS geni ve %4 (1/24)'ünde rmpA geni tespit edilmiştir. Buna karşın hiçbir izolatta wcaG, magA, iutA, iroD ve fimH genleri ve kapsül tespit edilememiştir. Enfeksiyon etkeni K.pneumoniae izolatlarında kapsül, LPS yapı, adezinler, sideroforlar ve hispermuskovizkozite özelliği bu izolatların patojenitelerinin temelini oluşturmaktadır. K.pneumoniae'ya bağlı enfeksiyonların kontrolünde antibiyotik direncinin yanı sıra bu virülans faktörlerinin sürekli takibi bu bakteri tarafından neden olunan enfeksiyonların önlenmesi, teşhisi ve tedavisinde yeni stratejiler geliştirmeye yardımcı olabilir.
Özet (Çeviri)
Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative bacterium which has capsule and was found on the mucosal surfaces of mammals and commonly in the environment (soil, water, etc.). In humans, K. pneumoniae colonizes in the gastrointestinal tract and, less frequently, in the nasopharynx, and infects other tissues by entering circulation system. Pathogenic strains of K. pneumoniae have the potential to cause a wide range of infectious diseases, including urinary tract, respiratory tract, and blood infections. This bacterium has also different virulence factors that contribute to its pathogenicity. Capsules which allow them to overcome host defenses, fimbria, lipopolysaccharides (LPS) and siderophores are the most important of these virulence factors. In our study, 24 isolates isolated from clinical samples and identified as K. pneumoniae with Vitek-2 automated system were taken from Kırşehir Ahi Evran University Training and Research Hospital, Medical Microbiology laboratory stocks. The total DNA of the isolates was extracted by the boiling method. The presence of rmpA, magA and wcaG genes related to the capsule formation, uge and wabG genes related to LPS, type I and Type-II fimbria-related fimH and mrkD genes, ureA and allS genes related to nitrogen mechanism, iutA, iroD ybtA and entB genes related to siderophore production and capsule serotypes of the isolates were investigated by PCR using specific primers. In addition, the hypermucoviscosity (hmv) properties of the isolates were phenotypically determined by string test. As a result of the studies, only isolate Kp12 was found to show hmv feature. As a result of the PCRs, wabG and uge genes were detected in all isolates, entB gene in 96% (23/24), mrkD and ureA genes in 87.5% (21/24), ybtA gene in 62.5% (15/ 24), allS gene in 8% (2/24) and rmpA gene in 4% (1/24). However, wcaG, magA, iutA, iroD and fimH genes and capsules were not detected in any isolate. In the infectious agent K.pneumoniae isolates, capsule, LPS structure, adhesins, siderophores and hypermucoviscosity feature form the basis of the pathogenicity of these isolates. Continuous monitoring of antibiotic resistance as well as these virulence factors in the control of infections caused by K. pneumoniae, may help developing new strategies in the prevention, diagnosis, and treatment of infections caused by this bacterium.
Benzer Tezler
- NDM-1 karbapenemaz üreten klinik Klebsiella pneumoniae izolatlarında antibiyotik direncinin ve virülans genlerin karakterizasyonu
Characterization of antibiotic resistance and virulance genes in clinical Klebsiella pneumoniae isolates producing NDM-1 carbapenemase
ÖMER KARAKAMIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF SEVİM
- Determination of some virulence genes and antibiotic resistance profiles of Klebsiella pneumoniae strains of cats and dogs origin
Kedi ve köpek kökenli Klebsiella pneumonıae suşlarının virülens genlerinin ve antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi
ANWAR OMER ELFAROUG ELHASSAN AHMED ANWAR OMER ELFAROUG ELHASSAN AHMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU FINDIK
- Hastane kaynaklı kan dolaşım enfeksiyon etkeni klebsiella pneumoniae virülans genlerinin tüm genom dizileme yöntemi ile değerlendirilmesi
Evaluation of virulence genes of klebsiella pneumoniae causing hospital-acquired bloodstream infection by whole genome sequencing method
ŞEYDA ŞİLAN OKALİN YAMAÇ
Doktora
Türkçe
2023
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM MEHMET ALİ ÖKTEM
- Sığır mastitisi ve çevresel kaynaklı klebsiella pneumoniae suşlarının virulans faktörlerinin belirlenmesi
Determination of virulence factors of bovine mastitis and environmentally originated klebsiella pneumoniae strains
MEVLÜT ATALAY
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiSelçuk ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UÇKUN SAİT UÇAN
- Klinik Enterobacteriaceae izolatlarında fosfomisin direncinin moleküler epidemiyolojisi ve biyolojik özelliklere etkisi
Molecular epidemiology of fosfomycin resistance and effect on biological properties in clinical Enterobacteriaceae isolates
MUSTAFA ÖKEER
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAYRI ERAÇ