Staphylococcus aureus izolatlarinin biyokimyasal ve moleküler olarak tanımlanması, PVL geninin saptanması
Biochemical and molecular identifiction of staphylococcus aureus isolatles detection of PVL gene
- Tez No: 783703
- Danışmanlar: PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK, PROF. DR. NAJWA SHİHAB AHMED AL-SAMARİA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Bu çalışma, Irak hastanelerindeki yara ve yanık hastalarında Staphylococcus aureus'un antibiyotik direnci ile ilgili risk faktörlerini belirlemeyi ve bu virülansı PVL geni ile ilişkilendirmeyi amaçlamaktadır. Al-Yarmuk Genel Eğitim ve Bağdat Tıp Şehri Hastanesi'nde yanık ve yara enfeksiyonu olan hastalardan 200 klinik örnek alınmıştır. Bunların incelenmesi sonucunda 103 örnekte S. aureus belirlenmiştir. 50 örnek biyokimyasal olarak test edilirken kalan 53'ü VITEK2 sistemi kullanılarak tanımlanmıştır. VITEK2 sisteminde antimikrobiyal duyarlılık testi için dört antibiyotik kullanılmıştır. İncelenen izolatların, Sefoksitin (% 100), Benzilpenisilin (% 96,2), Oksasilin (% 94,3) dirençli ve Gentamisin'e (% 96,2) duyarlı olduğunu ve tüm izolatların Metisiline Dirençli olduğu tespit edilmiştir. 16S rRNA geninin saptanması ve PVL virülans geni'nin saptanması için 53 izolatta Staphylococcus aureus'un moleküler tanımlaması için geleneksel PCR yapılmıştır. Bunun sonucunda test edilen izolatlarda 16S rRNA (% 100) ve PVL (% 35,8) agaroz jelde görüntülenmiştir. Daha sonra 16SrRNA geni için 12 bakteri izolatına ve PVL geni için 5 bakteri izolatına dizileme uygulanmış, ve NCBI'deki dizilim 16S rRNA geni %99 ve PVL geni %99 özdeşliklerini göstermiştir. Daha sonra Gerçek zamanlı PCR uygulandı. PVL prevalansı %41.5 idi. PVL'nın kat geni ekspresyonu 2,1, 16S rRNA'nın ise 0,8 olarak bulunmuştur. PVL önceki çalışmalara göre MRSA klinik izolatlarında daha yüksek prevalansa sahip olduğu ve MRSA'nın virülans ve patojenitesini arttırdığı, ayrıca bu MRSA'ların test edilen antibiyotiklere karşı yüksek çoklu ilaç direncine sahip olduğu sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
This study aimed to identify the risk factors for wounds and burns patients in Iraq hospitals by antibiotic resistance of Staphylococcus aureus, and relate that virulence to their associated with PVL gene. 200 clinical samples were taken from patients with burns and wound infections at Al-Yarmuk General Education and Baghdad Medical City Hospital. As a result of their examination, Staphylococcus aureus was determined in 103 samples. While 50 samples were tested biochemically, the remaining 53 were identified using the VITEK2 system. Four antibiotics were used for antimicrobial susceptibility testing in the VITEK2 system. It was determined that the examined isolates were resistant to Cefoxitin (100 %), Benzylpenicillin (96.2 %), Oxacillin (94.3 %) and sensitive to Gentamicin (96.2 %), and all isolates were Methicillin-Resistant. Conventional PCR was performed for the molecular identification of S. aureus in 53 isolates for the detection of the 16S rRNA gene and the detection of the PVL virulence gene. As a result, 16S rRNA gene (100 %) and PVL gene (35.8 %) were visualized on agarose gel in tested isolates. Then, sequencing was applied to 12 bacterial isolates for the 16SrRNA gene and 5 bacterial isolates for the PVL gene, which gave positive results for two genes, and the alignment in the NCBI showed identities of 16SrRNA gene 99% and PVL gene 99% with global isolates of Staphylococcus aureus. Real-time PCR was applied for the detection of PVL genes in 53 isolates. The prevalence of the PVL gene was 41.5%. The fold gene expression of the PVL gene was 2.1 and the 16SrRNA was 0.8. In this study, it was concluded that the PVL virulence gene, which has a role in leukocyte lysis and tissue necrosis, has a higher prevalence in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus clinical isolates compared to previous studies and increases the virulence and pathogenicity of MRSA, as these MRSA had high multidrug resistance to the tested antibiotics.
Benzer Tezler
- Alüminyum ve baryum dirençli çevre izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of environmental isolates resistant to aluminium and barium
GAMZE SERİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyolojiKırıkkale ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSUN ERGENE
DOÇ. DR. BÜLENT İÇGEN
- Molecular identification and antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli isolated in urine cultures from Shamiya State Hospital (Iraq)
Şamiye Devlet Hastanesi (Irak) idrar kültürlerinden izole edilen Escherichia coli'nin moleküler tanımlanması ve antimikrobiyal direnç profilleri
ALI HAMEED NEAMAH ALHUSSEINI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
MikrobiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET OĞUZ ÖZTÜRK
- Güney Irak'ta gebe kadınlarda idrar yolu enfeksiyonuna neden olan bakterilerin izolasyonu ve antibiyotik direnç genlerinin moleküler teknikler ile tanımlanması
The isolation and identification of bacteria causing urinary tract infection in pregnant women and the identification of antibiotic resistance genes by molecular technique in Southern Iraq
MUQDAD JABBAR ALI AL-RIKABI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR
DR. ÖĞR. ÜYESİ WİSAM JASİM ABED ALI
- Muş yöresindeki mastitisli sütlerden Staphylococcus aureus ve Pseudomonas aeruginosa izolasyonu ve plazmit içeriklerinin belirlenmesi
Isolation of Staphylococcus aureus ve Pseudomonas aeruginosa from mastitis milk in Mus region and determination of plasmid content
NİMETULLAH AKCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiMuş Alparslan ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YUSUF ALAN
- Molecular study of the biofilm formation associated with methicillin-resistance of Staphylococcus aureus isolated from clinical samples
Klinik örneklerden izole edilen Staphylococcus aureus'un metisiline direnci ile ilişkili biyofilm oluşumunun moleküler çalışması
MUSTAFA SAHIB ABS ABS
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IRMAK POLAT
PROF. DR. HASANAİN KHALEEL IBRAHİM SHAREEF