Investigating the effects of PKNOX2 and its interactors in P53 pathway regulation in bone marrow mesenchymal stem cells
Kemik iliği mezenkimal kök hücrelerinde P53 yolağı regülasyonunda PKNOX2 ve etkileşimlerinin araştırılması
- Tez No: 784180
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞEN ÖZCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Moleküler Tıp, Biochemistry, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Mezenkimal Kök Hücreler (MKH), in-vitro moleküler mekanizmaları için iyi bir platformdur. MKH'ler çeşitli uyaranları moleküler sinyal mekanizmaları ile algılayıp cevap vermektedir. p53 sinyal yolağı, DNA hasarı gibi birçok sinyalin iletilmesinde görev alan bir moleküler sinyal mekanizmasıdır. p53 sinyal yolağı, transkripsiyonel ve post-translasyonel birçok mekanizma ile sıkı kontrol edilmektedir. Bir TALE homeodomain protein ailesi üyesi olan PKNOX2, TP53 geninin transkripsiyonel aktivatörüdür. Günel-Özcan grubu tarafından daha önce yapılan bir çalışmada, PKNOX2'nin etkileştiği proteinler, Ko-immünopresipitasyon (Ko-IP) sonrası proteom analizi ile tespit edilmiştir. Bu çalışma kapsamında, PKNOX2 ile etkileştiği bilinen proteinler ile p53 ile etkileştiği BioGRID veritabanından alınan proteinler karşılaştırılmış ve bu karşılaşmadaki proteinler arasından stres koşulları altında sinyallenmede rol oynayabileceği düşünülen iki protein, DNAJA1 ve RPS3 seçilerek araştırmalara devam edilmiştir. H2O2, DEB ve γ irradyasyon olacak şekilde üç stres uygulaması, Kemik İliği Mezenkimal Kök Hücrelerine (Kİ-MKH) uygulanmış ve PKNOX2, DNAJA1, RPS3 ve p53 ifade seviyeleri western blotlama ile ölçülmüştür. PKNOX2 ifadesinin γ irradyasyon ve DEB uygulamasıyla anlamlı olarak azaldığı ve p53 ifadesinin de H2O2 uygulamasıyla anlamlı olarak arttığı, RPS3 ve DNAJA1 ifadelerinde ise anlamlı bir değişik olmadığı gözlemlenmiştir. Anti-PKNOX2 ve anti-p53 antikorları ile Ko-IP yapılmıştır. Ko-IP sonuçları ile bütün etkileşimler için kesin bir sonuç alınamamasının ardından Ko-IP protokolünde iyileştirme yapılmıştır. İyileştirilmiş Ko-IP protokolü ile yapılacak gelecek çalışmalar, ilgili etkileşimlerin açığa çıkarılmasını sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Mesenchymal Stem Cells (MSC) are good platforms to study in-vitro molecular mechanisms. Like all cells, MSCs detect and respond to various stimuli with molecular signal mechanisms. p53 signal pathway is a well-known molecular mechanism for transduction of cellular stresses such as DNA damage. p53 signal pathway is heavily regulated in both transcription and post-translational modification of its elements. PKNOX2, a member of TALE homeodomain protein family, is a transcriptional activator of p53. In a previous study by Günel-Özcan lab group, protein interactors of PKNOX2 were determined by proteomics analysis following Co-immunoprecipitation. For this study, the interactors of PKNOX2 from proteomics was compared with the interactors of p53 obtained from BioGRID database and two proteins, DNAJA1 and RPS3 were selected as possible common interactors with possible signaling functions under stress conditions. In this study, three different sources of DNA damage stress, H2O2, DEB and γ-Irradiation were applied to human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells (BM-MSC) and protein expression levels of DNAJA1, RPS3, p53 and PKNOX2 were measured with western blotting. PKNOX2 expression was found to be decreasing in DEB and γ-Irradiation significantly, p53 expression was found to be increasing in H2O2 application significantly. Expression levels of RPS3 and DNAJA1 were found to be stable under stress. Co-Immunoprecipitation was performed with anti-PKNOX2 and anti-p53 antibodies but the results were inconclusive for any interactions. Co-immunoprecipitation protocol was improved. Further study with this improved protocol is needed to unveil these interactions.
Benzer Tezler
- Çift fazlı çeliklerde mikroyapının iyileştirilmesi
Improving the microstructure of dual-phase steels
MUSTAFA İNANÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Makine MühendisliğiTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CİHAN TEKOĞLU
- Ratlarda oluşturulan deneysel periodontitis modelinde sistemik olarak uygulanan stronsiyum ranelatın alveoler kemik rezorpsiyonu üzerindeki etkisinin histomorfometrik ve histopatolojik açıdan araştırılması
Investigating the effects of systemically administired strontium ranelate on alveolar bone loss histomorphometrically and histopathologically on experimental periodontitis in rats
NEBİ CANSIN KARAKAN
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2015
Diş HekimliğiCumhuriyet ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYSUN AKPINAR
- Sedanter bayanlarda uygulanan aero-plates ve kuvvet egzersizlerinin fiziksel ve kuvvet özellikleri üzerine etkisinin araştırılması
Investigating the effects of aero-plates and strength exercises on physical and strength features at sedantary women
AYŞE AKGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
SporSüleyman Demirel ÜniversitesiSpor Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KILINÇ
- FeNiMnCrCoTi0,1 yüksek entropili alaşımının mekanik ve fiziksel özelliklerine B ve Mo ilavesinin etkilerinin incelenmesi
Investigating the effects of B and Mo additions on the mechanical and physical properties of FeNiMnCrCoTi0,1 high entropy alloy
MAHMUD CEMALEDDİN YALÇIN
Doktora
Türkçe
2024
Metalurji MühendisliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ TALAŞ
- Agmatinin erken dönem anneden ayrılma stresine maruz bırakılan sıçanlarda vasküler yanıt ve kognitif fonksiyonlara etkisinin araştırılması
Investigating the effects of agmatine on vascular response and cognitive function in rats exposed to early maternal separation stress
HACER ZORTUL
Doktora
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FEYZA ARICIOĞLU