Investigating the effects of PKNOX2 and its interactors in P53 pathway regulation in bone marrow mesenchymal stem cells
Kemik iliği mezenkimal kök hücrelerinde P53 yolağı regülasyonunda PKNOX2 ve etkileşimlerinin araştırılması
- Tez No: 784180
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞEN ÖZCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Moleküler Tıp, Biochemistry, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Mezenkimal Kök Hücreler (MKH), in-vitro moleküler mekanizmaları için iyi bir platformdur. MKH'ler çeşitli uyaranları moleküler sinyal mekanizmaları ile algılayıp cevap vermektedir. p53 sinyal yolağı, DNA hasarı gibi birçok sinyalin iletilmesinde görev alan bir moleküler sinyal mekanizmasıdır. p53 sinyal yolağı, transkripsiyonel ve post-translasyonel birçok mekanizma ile sıkı kontrol edilmektedir. Bir TALE homeodomain protein ailesi üyesi olan PKNOX2, TP53 geninin transkripsiyonel aktivatörüdür. Günel-Özcan grubu tarafından daha önce yapılan bir çalışmada, PKNOX2'nin etkileştiği proteinler, Ko-immünopresipitasyon (Ko-IP) sonrası proteom analizi ile tespit edilmiştir. Bu çalışma kapsamında, PKNOX2 ile etkileştiği bilinen proteinler ile p53 ile etkileştiği BioGRID veritabanından alınan proteinler karşılaştırılmış ve bu karşılaşmadaki proteinler arasından stres koşulları altında sinyallenmede rol oynayabileceği düşünülen iki protein, DNAJA1 ve RPS3 seçilerek araştırmalara devam edilmiştir. H2O2, DEB ve γ irradyasyon olacak şekilde üç stres uygulaması, Kemik İliği Mezenkimal Kök Hücrelerine (Kİ-MKH) uygulanmış ve PKNOX2, DNAJA1, RPS3 ve p53 ifade seviyeleri western blotlama ile ölçülmüştür. PKNOX2 ifadesinin γ irradyasyon ve DEB uygulamasıyla anlamlı olarak azaldığı ve p53 ifadesinin de H2O2 uygulamasıyla anlamlı olarak arttığı, RPS3 ve DNAJA1 ifadelerinde ise anlamlı bir değişik olmadığı gözlemlenmiştir. Anti-PKNOX2 ve anti-p53 antikorları ile Ko-IP yapılmıştır. Ko-IP sonuçları ile bütün etkileşimler için kesin bir sonuç alınamamasının ardından Ko-IP protokolünde iyileştirme yapılmıştır. İyileştirilmiş Ko-IP protokolü ile yapılacak gelecek çalışmalar, ilgili etkileşimlerin açığa çıkarılmasını sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Mesenchymal Stem Cells (MSC) are good platforms to study in-vitro molecular mechanisms. Like all cells, MSCs detect and respond to various stimuli with molecular signal mechanisms. p53 signal pathway is a well-known molecular mechanism for transduction of cellular stresses such as DNA damage. p53 signal pathway is heavily regulated in both transcription and post-translational modification of its elements. PKNOX2, a member of TALE homeodomain protein family, is a transcriptional activator of p53. In a previous study by Günel-Özcan lab group, protein interactors of PKNOX2 were determined by proteomics analysis following Co-immunoprecipitation. For this study, the interactors of PKNOX2 from proteomics was compared with the interactors of p53 obtained from BioGRID database and two proteins, DNAJA1 and RPS3 were selected as possible common interactors with possible signaling functions under stress conditions. In this study, three different sources of DNA damage stress, H2O2, DEB and γ-Irradiation were applied to human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells (BM-MSC) and protein expression levels of DNAJA1, RPS3, p53 and PKNOX2 were measured with western blotting. PKNOX2 expression was found to be decreasing in DEB and γ-Irradiation significantly, p53 expression was found to be increasing in H2O2 application significantly. Expression levels of RPS3 and DNAJA1 were found to be stable under stress. Co-Immunoprecipitation was performed with anti-PKNOX2 and anti-p53 antibodies but the results were inconclusive for any interactions. Co-immunoprecipitation protocol was improved. Further study with this improved protocol is needed to unveil these interactions.
Benzer Tezler
- Investigating the effects of collagen fibril alignments on hepatocellular carcinoma cells
Kolajen fibril hizalanmasının hepatoselüler karsinom hücreleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi
SELİN OKTAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyomühendislikİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURÇAK ALP
DR. ÖĞR. ÜYESİ CİHANGİR YANDIM
- Kolemanit ve kolemanit atıklarının kendiliğinden yerleşen betonların reolojik ve sertleşmiş özelliklerine etkilerinin ıncelenmesi
Investigating the effects of colemanite and colemanite ore wastes on rheological and hardened properties of self compacting concretes
OĞUZ ŞEKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
İnşaat MühendisliğiBartın Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED YASİN DURGUN
- Investigating the effects of post-mold cure on warpage in electronic packaging processes
Elektronik paketleme işlemlerinde kalıp sonrası kürlemenin parça çarpılması üzerine etkilerinin incelenmesi
ARDA KADOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Makine MühendisliğiTürk-Alman ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET İPEKOĞLU
PROF. DR. ULRİCH ALEXANDER HANDGE
- Sıçan ovaryumunda oluşturulan deneysel iskemi – reperfüzyon hasarında kudret narı'nın (Momordica charantia) etkilerinin araştırılması
Investigating the effects of Momordica charantia on experimental ischemia - reperfusion injury in rat ovary
FIRAT AŞIR
Doktora
Türkçe
2022
Histoloji ve EmbriyolojiDicle ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN DEVECİ
- Preoperatif değerlendirmede asa skoru ve LEE indeksi kullanımının postoperatif yoğun bakım ünitesine yatış oranı üzerine etkilerinin araştırılması
Investigating the effects of the use of asa score and LEE index during preoperative evaluation on the ratio of intensive care unit admissions
TUĞBA UC EYÜBOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Anestezi ve ReanimasyonSağlık Bilimleri ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
UZMAN DR. ŞENAY GÖKSU