NFAT and IRF4: The characterization of a new regulatory AXİS in SK-MEL-28 melanoma cell line
NFAT ve İRF4: SK-MEL-28 melanom hücre hattında yenı bir yolak tanımlanması
- Tez No: 785423
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 137
Özet
Melanom kanser tedavisinin geç evrelerde başarı oranı hala sınırlıdır. Melanom başlangıcı ve ilerlemesinde yer alan yolakların karakterize edilmesi önemlidir. Kalsiyum ile ilgili yolaklar, kanser tedavilerinde ilgi görmektedir ve melanom hücrelerinin aktif kalsiyum sinyaline sahip olduğu gösterilmiştir. Nuclear Factor of Activated T-cells (NFAT), NFAT4 (NFATc3) dahil olmak üzere, kalsiyum seviyelerine bağlı regüle edilen transkripsiyon faktörleri (TF) ailesindendir. İnterferon Düzenleyici Faktör 4 (IRF4), lenfoid kanserlerin yanı sıra melanomda da yüksek ekspresyona sahip olan diğer ilgilendiğimiz TF'dır. Her iki TF, ilk olarak immün hücrelerinde transkripsiyonel regülasyonda önemli rolleri olan TF olarak tanımlanmıştır. Bugüne kadar, hiçbir çalışma melanomda NFAT4 ve IRF4 fonksiyonlarını ilişkilendirmedi. SK-MEL-28 hücre hattında aktif kalsiyum regülasyonu, NFAT4 lokalizasyonuna immünofloresan görüntülemesiyle gösterildi. NFAT4 veya IRF4'ün kaybı, GFP rekabet deneyi ile, rekabet azalması tespit edildi. Trypan mavisini hücre dışında bırakma deney sonucunda canlı hücre oranında azalma tespit edildi. Kolonilerin kristal mor boyanması ile, koloni oluşum potansiyelinde azalma gözlemlendi. Matrigel kaplı transwell deneyinde, NFAT4 kaybı sonrasında invazyonda azalması gözlemlendi. IRF4'ün proksimal promotörü üzerindeki NFAT4 bağlanması ChIP-qPCR ile gösterildi ve qRT-PCR ve western blot deneyleri, IRF4 transkripsiyonunun NFAT4 tarafından regüle edildiği gösterilmiştir. NFAT4 ve IRF4 ekspresyonu kamuya açık hasta melanom doku numunesinden yapılan uzamsal gen ekspresyon analizinde benzer ekspresyon profili gösterdi. Bu çalışmanın sonuçları, doğrudan melanom hedeflerinin geliştirilmesi, birleşik veya adjuvan tedavinin geliştirilmesi için bir temel olarak kullanılabilecektir ve NFAT4-IRF4 ekseni önemli role işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Successful melanoma treatment is limited in late stages of the disease. Characterizing pathways involved in melanoma initiation and progression is therefore of importance. Calcium related pathways are of interest in cancer treatments and melanoma cells were shown to have active calcium signaling. Regulation of Nuclear Factor of Activated T-cells (NFAT) family of transcription factors (TFs), including NFAT4 (NFATc3) are calcium dependent and this TF is the scope of this study. Interferon Regulatory Factor 4 (IRF4) is another TF of interest with high expression in melanoma next to lymphoid cancers. Both TFs were first identified in immune cells with important roles in transcriptional regulation. To date, no study has linked NFAT4 and IRF4 functions in melanoma. Active calcium signaling in SK-MEL-28 cell line was investigated by immunofluorescence imaging of NFAT4 localization. Loss of NFAT4 or IRF4 resulted in decreased competitive fitness by GFP competition assay. Trypan blue exclusion assay resulted in decreased % of viable cells. Reduced colony formation potential was observed by crystal violet staining of colonies. Matrigel coated transwell assay resulted in decreased invasion upon NFAT4 loss. NFAT4 binding on IRF4's proximal promoter was shown by ChIP-qPCR and additional qRT-PCR and western blot experiments showed transcriptional regulation of IRF4 transcription. NFAT4 and IRF4 expression in publicly available patient melanoma tissue sample with spatial gene expression showed similar patterns. All together, results of this study indicate an important role for the NFAT4-IRF4 axis that may be used as a fundamental for development of direct melanoma targets, combinatorial, or development of adjuvant therapy.
Benzer Tezler
- High temperature superconductor (HTS) thin film device applications for IoT
IoT için yüksek sıcaklık süper iletken (HTS) ince film cihaz uygulamaları
BASSAM MOHAMMED JASIM JASIM
Doktora
İngilizce
2025
Fizik ve Fizik MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT KALELİ
- PI3K/Akt/mTOR ve/veya Calcineurin/NFAT inhibisyonunun PDGF ile indüklenmiş tümör hücre proliferasyonuna etkisinin in-vitro araştırılması
In-vitro investigation of PI3K/Akt/mTOR and/or Calcineurin/NFAT inhibition on PDGF-induced tumor cell proliferation
HARUN ÜN
- Hematopoetik sitokin interlökin-7 ve mutant interlökin-7'nin (W143) hücre içi sinyal düzenlenmesindeki rolü
The Role of hematopoietic sitocin interleukin-7 and mutant interleukin-7 in cell signal transduction
GÜLLÜ GÖRGÜN
Doktora
Türkçe
2000
Tıbbi BiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADNAN MENEVŞE
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Molecular and immunological aspects of TH-17, 22 and T-REG in coronavirus (Covid-19) patients
Koronavirüs (Covid-19) hastalarında TH-17, 22 ve T-REG'in moleküler ve immünoloji̇k yönleri̇
MOHANAD HAYDER ABDULNABI ALMIHANYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ORAL DÜZDEMİR