Investigation of thermodynamic properties of favipiravir and ribavirin molecular structures used in the treatment of Covid-19 and their interaction with dna bases by DFT
Covıd-19 tedavisinde kullanılan favipiravir ve ribavirin moleküler yapılarının termodinamik özelliklerinin ve dna bazları ile etkileşiminin DFT ile araştırılması
- Tez No: 785612
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM YÜKSEKTEPE ATAOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: COVID 19, DNA, Favipiravir, Ribavirin, Yoğunluk fonksiyonu teorisi, COVID 19, DNA, Favipiravir, Ribavirin, Density function theory
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
SARS-CoV-2 tedavisinde kullanılan ve ayrıca son yıllarda insanların koranavirüs hastalığı (COVID-19) tedavisinde ihtiyaç duyduğu ilaçlardan favipiravirin ve ribavirinin moleküler yapılarının farklı özellikleri Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (YFT) B3LYP/6-311G(d, p) ve 6-311+G(d, p) yöntemleri kullanılarak araştırılmıştır. Favipiravir ve ribavirinin moleküler yapılarının geometrik optimizasyonu taban durumda, gaz ve su çözücü ortamlarında yapılmış, bağ parametreleri elde edilmiş ve bulunan teorik sonuçlar literatürdeki değerler ile karşılaştırılmıştır. Enerji hesaplamalarından, moleküler orbital enerji değerleri elde edilerek, her iki ortam için, elektron ilgisi, elektronegatiflik, kimyasal potansiyel, kimyasal sertlik, yumuşaklık, elektrofilisiti indeks gibi küresel reaktivite parametreleri elde edilmiştir. Küresel reaktivite değerleri kullanılarak ΔN (yük transfer) ve ECT (elektrofilisiti temelli yük transfer) gibi iki parametre yardımıyla adenin, guanin, sitozin ve timin DNA bazları ile favipiravir ve ribavirin moleküler yapıları arasındaki etkileşimler su ortamında araştırılmıştır. Optimize edilen favipiravin ve ribavirin moleküler yapıları kullanılarak her iki ortam için taban durumda frekans hesabı yapılmış ve moleküler yapıların entropi, entalpi, ısı sığası, sıfır nokta titreşim enerjisi ve Gibbs serbest enerji gibi termodinamik özellikleri araştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
Different properties of the molecular structures of favipiravir and ribavirin, which are used in the treatment of SARS-CoV-2 and also needed in the treatment of coronavirus disease (COVID-19) in recent years, have been investigated using Density Functional Theory (DFT) B3LYP/6-311G(d, p) and 6-311+G(d, p) methods. The geometrical optimization of the molecular structures of favipiravir and ribavirin was made in the ground state, gas, and water solvent environments, the bond parameters were obtained and the theoretical results were compared with the values in the literature. By obtaining molecular orbital energy values from energy calculations, global reactivity parameters such as electron affinity, electronegativity, chemical potential, chemical hardness, softness, and electrophilicity index were obtained for both environments. The interactions between adenine, guanine, cytosine, and thymine DNA bases and the molecular structures of favipiravir and ribavirin were investigated in water with the help of two parameters such as ΔN (charge transfer) and ECT (electrophilicity-based charge transfer) using global reactivity values. By using the optimized molecular structures of favipiravir and ribavirin, ground state frequency calculations were made for both environments, and thermodynamic properties of molecular structures such as entropy, enthalpy, heat capacity, zero point vibration energy, and Gibbs free energy were investigated.
Benzer Tezler
- Investigation of microstructure and thermodynamic properties of NiTiCu shape memory alloy aged at different temperatures
Farklı sıcaklıklarda yaşlandırılan NiTiCu Şekil hafızalı alaşımın termodinamik ve mikroyapı özelliklerinin araştırılması
AZAD IBRAHIM HAJI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Fizik ve Fizik MühendisliğiFırat ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENGİZ TATAR
- Ters gaz kromatografisi yöntemi ile polistirenin termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of polystrene by inverse gas chromatography method
MURAT BÖREKCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Kimya MühendisliğiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. FATMA TÜMSEK
- Güneş havuzlarının termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of solar ponds
ABDULLAH İSKENDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET KARAKILÇIK
- Yan zincirde klor-1,3-dioksalan grubu içeren akrilat kopolimerlerinin invers gaz kromatografisi ile termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of copolymers containing chlore-1,3-dioxalane group as side chain by inverse gas chromatograpy
İLBEY ÖNCÜ
- Çift yaklaşımı ile Ising modelinin termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of the Ising model with pair approximation of cluster variational method
ÜMİT BAYAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Fizik ve Fizik MühendisliğiAdnan Menderes ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CESUR EKİZ