Investigation of thermodynamic properties of favipiravir and ribavirin molecular structures used in the treatment of Covid-19 and their interaction with dna bases by DFT
Covıd-19 tedavisinde kullanılan favipiravir ve ribavirin moleküler yapılarının termodinamik özelliklerinin ve dna bazları ile etkileşiminin DFT ile araştırılması
- Tez No: 785612
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM YÜKSEKTEPE ATAOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
SARS-CoV-2 tedavisinde kullanılan ve ayrıca son yıllarda insanların koranavirüs hastalığı (COVID-19) tedavisinde ihtiyaç duyduğu ilaçlardan favipiravirin ve ribavirinin moleküler yapılarının farklı özellikleri Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (YFT) B3LYP/6-311G(d, p) ve 6-311+G(d, p) yöntemleri kullanılarak araştırılmıştır. Favipiravir ve ribavirinin moleküler yapılarının geometrik optimizasyonu taban durumda, gaz ve su çözücü ortamlarında yapılmış, bağ parametreleri elde edilmiş ve bulunan teorik sonuçlar literatürdeki değerler ile karşılaştırılmıştır. Enerji hesaplamalarından, moleküler orbital enerji değerleri elde edilerek, her iki ortam için, elektron ilgisi, elektronegatiflik, kimyasal potansiyel, kimyasal sertlik, yumuşaklık, elektrofilisiti indeks gibi küresel reaktivite parametreleri elde edilmiştir. Küresel reaktivite değerleri kullanılarak ΔN (yük transfer) ve ECT (elektrofilisiti temelli yük transfer) gibi iki parametre yardımıyla adenin, guanin, sitozin ve timin DNA bazları ile favipiravir ve ribavirin moleküler yapıları arasındaki etkileşimler su ortamında araştırılmıştır. Optimize edilen favipiravin ve ribavirin moleküler yapıları kullanılarak her iki ortam için taban durumda frekans hesabı yapılmış ve moleküler yapıların entropi, entalpi, ısı sığası, sıfır nokta titreşim enerjisi ve Gibbs serbest enerji gibi termodinamik özellikleri araştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
Different properties of the molecular structures of favipiravir and ribavirin, which are used in the treatment of SARS-CoV-2 and also needed in the treatment of coronavirus disease (COVID-19) in recent years, have been investigated using Density Functional Theory (DFT) B3LYP/6-311G(d, p) and 6-311+G(d, p) methods. The geometrical optimization of the molecular structures of favipiravir and ribavirin was made in the ground state, gas, and water solvent environments, the bond parameters were obtained and the theoretical results were compared with the values in the literature. By obtaining molecular orbital energy values from energy calculations, global reactivity parameters such as electron affinity, electronegativity, chemical potential, chemical hardness, softness, and electrophilicity index were obtained for both environments. The interactions between adenine, guanine, cytosine, and thymine DNA bases and the molecular structures of favipiravir and ribavirin were investigated in water with the help of two parameters such as ΔN (charge transfer) and ECT (electrophilicity-based charge transfer) using global reactivity values. By using the optimized molecular structures of favipiravir and ribavirin, ground state frequency calculations were made for both environments, and thermodynamic properties of molecular structures such as entropy, enthalpy, heat capacity, zero point vibration energy, and Gibbs free energy were investigated.
Benzer Tezler
- Moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak lösin taşıyıcı proteinlerin ve dinein motor proteinlerin termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of leucine transporters and dynein motor proteins using molecular dynamics simulations
SEMA ZEYNEP YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Nortriptilin hidroklorür'ün sulu çözeltisinin termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of aqueous solution of nortriptyline hydrochloride
MUHAMMET TAHA KALPAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Fizik ve Fizik MühendisliğiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN SAVAROĞLU
- Güneş havuzlarının termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of solar ponds
ABDULLAH İSKENDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET KARAKILÇIK
- Yan zincirde klor-1,3-dioksalan grubu içeren akrilat kopolimerlerinin invers gaz kromatografisi ile termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of copolymers containing chlore-1,3-dioxalane group as side chain by inverse gas chromatograpy
İLBEY ÖNCÜ
- Ters gaz kromatografisi yöntemi ile polistirenin termodinamik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of thermodynamic properties of polystrene by inverse gas chromatography method
MURAT BÖREKCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Kimya MühendisliğiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. FATMA TÜMSEK