Endodermal hepatic organoid (EHEPO) culture development and characterization with single-cell sequencing
Endodermal hepatik organoid (EHEPO) kültürünün geliştirilmesi ve tek hücre bazında karakterizasyonu
- Tez No: 785650
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL BAĞRIYANIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Son yıllarda hızla gelişen organoid teknolojisi, insan organı benzeri yapıların 3 boyutlu kültür koşullarında üretilmesine olanak sağlamakta ve hastalıkların modellenmesinde ve ilaç taramalarında yaygın olarak kullanılmaktadır. 2D hücre kültürü ve hayvan modellerine göre avantajları, yapısal ve fizyolojik olarak insan dokularına benzer bir modeldir ve kültürle oluşturulan nişte embriyogenezi taklit ederek pluripotent veya organa özgü multi-potent kök hücreleri organa özgü hücrelere farklılaştırabilme özelliğine sahiptir. Bu teknolojinin en önemli limitasyonu, bu farklılaşma sürecinde olgunlaşma sorunları yaşamasıdır. Bu çalışma kapsamında, indüklenmiş pluripotent kök hücre kültür koşullarından farklılaştırılan endoderm kaynaklı hepatik organoidler (eHEPO), daha olgun ve daha iyi işlev gösterecek şekilde kültür modifikasyonları yapılmıştır. Modifiye eHEPO (M-eHEPO) protokolü kurulduktan sonra Albümin, CYP3A4 seviyeleri ve gen ifadeleri belirlenmiş. Sonuç olarak, eHEPO'da yüksek oranda ifade edilen fetal dönem biyobelirteci AFP geninin baskılandığı ve PROX1 ve FXR geni gibi hepatosit biyobelirteçleri, modifiye edilmiş modelde önemli ölçüde ifadesinin arttığı, ancak yine de eHEPO/DM durumunda AAT ve ALB gen ifadelerinin diğer modellere göre daha yüksek seviyede ifade edildiği ve ALB salınımının da daha fazla olduğu görülmüştür. Tek hücre karakterizasyonunda kolanjiyosit, endotel ve diğer non-parankim hücrelerinin varlığı, iki modelinde kompleks bir yapısının olduğu görülmüş, Modifiye protokolde, Hepatosit miktarının olması ve karaciğer progenitor hücrelerinin azalması modifiye protokolün hepatosit farklılaşmasını indüklediğini göstermektedir. Sonuç olarak M-eHEPO'da, hepatosit belirteçleri ifadelerinin kabul edilebilir düzeyde olması, fetal karaciğer dönem belirteci olan AFP'nin baskılaması ve farklı hücre grupları içeren bu modelde hepatosit hücre grubunun artmış olması, olgunlaşma probleminin önüne geçilmesine bir adım daha yaklaşıldığını ve organoid teknolojisinde kullanılabilen yeni bir yöntem olabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Organoid technology, which has developed rapidly in recent years, allows the production of human organ-like structures under 3D culture conditions, and is widely used in modeling diseases and drug screening. Superior advantages over 2D cell culture and animal models are that it is structurally and physiologically like human tissues and can differentiate pluripotent or organ-specific multi-potent stem cells into organ-specific cells by mimicking embryogenesis in the culture-created niche. The most important limitation of this technology is that it cannot fully complete this differentiation process, that is, it experiences maturation problems. In this study, endodermal-derived hepatic organoids (eHEPO) differentiated from induced pluripotent stem cell culture conditions were modified to be more mature and function better. After the modified eHEPO (M-eHEPO) protocol was established, Albumin, CYP3A4 levels and gene expressions were determined. In conclusion, it was observed that the fetal period biomarker AFP gene, which is highly expressed in eHEPO, was suppressed and hepatocyte biomarkers such as PROX1 and FXR gene were significantly increased in the M-eHEPO. However, in the case of eHEPO/DM, it was observed that AAT and ALB gene expressions were expressed at a higher level than in other models, and ALB release was higher. The presence of cholangiocyte, endothelial and other non-parenchymal cells in the single cell characterization showed that models have a complex structure. In the M-eHEPO, increased hepatocyte composition and decreased liver progenitor cells indicate that the modified protocol induces hepatocyte differentiation more. These suggest that M-eHEPO is a possible method that can be used in organoid technology.
Benzer Tezler
- Development of lysosomal acid lipase deficiency model in 3 dimensional hepatic organoids
3 boyutlu hepatik organoidlerde lizozomal asit lipaz eksikliği modelinin geliştirilmesi
KÜBRA NUR KAPLAN İLHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL BAĞRIYANIK
- İn-vitro hepatik organoid modelinin geliştirilmesi
Development of in-vitro hepatic organoid model
SOHEIL AKBARI
Doktora
Türkçe
2018
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL BAĞRIYANIK
PROF. DR. NUR ARSLAN
- Modelling hTERT cancer-associated mutations via crispr-Cas9 in 3d liver organoids
Kanser ilişkili hTERT mutasyonlarının 3d karaciğer organoidlerinde crıspr-Cas9 ile modellenmesi
CANAN ÇELİKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL BAĞRIYANIK
DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK
- Çocukluk çağı solid tümörlerinde aminoasit düzeyleri
Başlık çevirisi yok
MELTEM PELİT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1994
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Verteporfirin'in ilk hafta embriyolarında endodermal hücreler üzerindeki etkisi
The effect of verteporfin of the endodermal development of the first week mouse embryos
SELEN KUM ÖZŞENGEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Histoloji ve EmbriyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL ERGİN