Geri Dön

Tükürük mikrobiyotasındaki diş tedavisine bağlı değişimin araştırılması: Bir adli amaçlı metagenomik analiz çalışması

Başlık çevirisi mevcut değil.

  1. Tez No: 787066
  2. Yazar: FEYZA GÜL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BEYTULLAH KARADAYI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Adli Tıp, Forensic Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
  10. Enstitü: Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 169

Özet

Geleneksel yöntemlerin yanında yeni nesil dizileme tekniklerinin kullanıma girmesiyle mikrobiyomların adli amaçlı olarak kişilerin kimliklendirilmesinde kullanılabilirliği üzerine çalışmalar da hız kazanmıştır. Bu nedenle, kişilere ait biyolojik örneklerin mikrobiyota yapısının ve hangi faktörlere göre değişim gösterdiğinin iyi bilinmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasında, bakteriyel 16S rRNA geninin değişken tüm bölgelerinin (V1 – V9) dizilişine dayanan bir yaklaşım aracılığıyla, diş çürüğü bulunan bireylerin tedavi öncesi ve tedavi sonrası tükürüklerindeki mikrobiyota yapısının adli ve klinik bakış açısı ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Amaç doğrultusunda, yaşları 18-50 arasında en az üç derin dentin çürüğü bulunan (ICDAS II > 4) 8 hasta ve herhangi bir diş ve diş eti rahatsızlığı bulunmayan (ICDAS II = 0) 2 kişi kontrol amaçlı çalışmaya dahil edilmiştir. Hasta bireylerden tedavi öncesi (BT) ve tedavi sonrası (AT) olmak üzere tükürük örnekleri toplanmıştır. Kontrol grubundan ise birer ay ara ile ikişer (BC-AC) tükürük örneği alınmıştır. Toplamda alınan 20 tükürük örneğinin mikrobiyomlarındaki bakteriyel dağılım belirleme çalışmaları, Oxford Nanopor Teknolojilerine dahil olan MinION cihazı ile gerçekleştirilmiştir. Veriler üzerinden biyoinformatik analizler yapılmış; sonuçlar amaç kapsamında istatistiksel karşılaştırma yöntemleri ve alfa/beta çeşitlilik analizleri ile değerlendirilmiştir. Sonuçlarımızı, kullandığımız uzaklık metriklerine göre değerlendirdiğimizde aktif çürük dişlere sahip bireylerin tükürüklerindeki mikrobiyal komposizyonların tedavi sonrasında da nispeten kararlı kaldığı görülmüştür. Bununla birlikte analiz sonuçlarına göre Schaalia odontolytica ve Tannerella spp. türlerinin de dahil olduğu toplam 28 cins ve tür düzeyinde bakterinin göreceli miktar seviyelerinin, bireylerin tedavi öncesi ve sonrasındaki bakteriyel dağılımlarında, anlamlı farklılık gösterdikleri tespit edilmiştir (p

Özet (Çeviri)

Starting to use new-generation sequencing techniques beside the traditional methods, the studies on microbiomes that are used on identification of individuals for forensic aims have been accelerated. Therefore, it is crucial to know the microbiota structure of the biological samples of individuals and according to what factors it may differ. In this thesis, it is aimed to compare the microbiota structure of salivas before and after treatment of individuals who have caries with a forensic and clinical viewpoint via an approach of sequencing the whole hypervariable regions (V1 – V9) of bacterial 16S rRNA genes. To realize this aim, 8 individuals who are between 18-50 having at least three deep tooth decay (ICDAS II > 4) and 2 individuals who have no tooth problems or periodontitis (ICDAS II = 0) are included in the study. The saliva samples were collected before (BT) and after treatment (AT) from the individuals who have dental caries. Saliva samples were collected twice (BC-AC) from each individual in the control group in a month. The studies of determining bacterial distribution of total 20 saliva samples have been done by MinION device which belongs to Oxford Nanopore Technologies. Bioinformatic analysis were carried out according to the outcomes; the results were evaluated by statistical comparing methods and alfa/beta variety analysis within the scope of the purpose. When we evaluate the results according to distance metrics that we used, the microbial composition of saliva in individuals who have active caries has been observed to be relatively stable. According to the results of the analysis, it has been observed that the relative abundance values of total 28 genera and species levels of bacteria which also include Schaalia odontolytica and Tannerella spp., were found to differ significantly in bacterial distribution of individuals before and after treatment (p

Benzer Tezler

  1. Primer immün yetersizliği olan çocuklarda diş çürüklerinde bulunan mikrobiyal topluluğun 16S rRNA gen bazlı metagenomik analizi ve tükürük tamponlama kapasitesi değerlendirmesi

    16S rRNA gene-based metagenomic analysis of the microbial community in dental caries in children with primary immunodeficiency and evaluation of saliva buffering capacity

    BUSHRA LUTF AHMED AL-KEBSI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖKHAN KARS

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HAZAL ÖZER

  2. Süt dişlenme dönemindeki çocukların ağız mikrobiyotasının otizm spektrum bozuklukları ile ilişkisinin değerlendirilmesi

    Assessment of the relationship between oral microbiota and autism spectrum disorders in children with primary dentition

    GÜLSEVİM USTA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Diş Hekimliğiİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Diş Hekimliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GAMZE AREN

  3. Adli bilimlerde tükürük mikrobiyotasının kimliklendirme açısından önemi

    Başlık çevirisi yok

    ZARGAI ROSTAMKHIL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜSEYİN ÇAKAN

  4. Baş boyun kanserli hastaların (HNC) mikrobiyota profil analizi ve klinik parametrelerle ilişkisi

    Microbiota profiling of patients with head and cancer and its link with clinical parameters

    İREMSU BAKIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA DEMOKAN

  5. Tükürük bezlerinde çeşitli görüntüleme yöntemlerinin değerlendirilmesi

    The Evaluating of various salivary gland imaging

    A. R. İLKER CEBECİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Radyoloji ve Nükleer TıpAnkara Üniversitesi

    Oral Diagnoz ve Radyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. NURİ YAZICIOĞLU