Analysis of p73 gene in hepatocellular carcinoma
Karaciğer kanserinde p73 geninin analizi
- Tez No: 79354
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1998
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
ÖZET KARACİĞER KANSERİNDE p73 GENİNİN ANALİZİ Necati Fındıklı Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Mehmet Öztürk Ağustos 1998 Hepatoselüler karsinom (HCC) dünyada sekizinci en yaygın kanserdir. Epidemiyolojik olarak araştırılmış risk faktörleri arasında hepatit B virüsü (%80'den fazla), hepatit C virüsü ve afiatoksinler başta gelmektedir. Hepatoselüler karsinogenezin moleküler mekanizmaları çok iyi bilinmemektedir. Bu tümörlerde sıkça rolü olduğu saptanan tek gen p53 tümör baskılayıcı genidir. Ancak, bu genin mutasyonu ya da inaktivasyonu HCC'lerin yaklaşık %30'unda gözlenmiştir. Hepatoselüler karsinogenezin tam olarak anlaşılabilmesi için diğer genlerin de incelenmesi gerekmektedir. p73 yakın zamanda p53-homoloğu bir gen olarak bulunmuştur. Bu çalışmada, bu genin hepatoselüler karsinomdaki olası rolü araştırılmıştır. p73 geninin HCC'deki yapısı ve ifadesi, olası değişimler açısından incelenmiştir. Önce p73'ün alternatif olarak ifade edilen iki transkriptini (p73a ve p73|3) ayni zamanda incelemek için yeni bir yöntem geliştirilmiştir. RT-PCR'a dayanan bu teknik, p73 transkriptlerinin miktarını kabaca belirleyebilmektedir. Böylece HCC tümörlerden ve normal karaciğerden türetilmiş 8 hücre hattında p73a'nm ifade edildiği gözlenmiştir. Buna karşılık p73p sadece 5 farklılaşmış hücre hattında görüldü. Farklılığını yitirmiş 3 hücre hattında ise p73|3 bulunamadı. Bu hücrelenin farklılaşma durumları RT-PCR tekniği ile albumin ve alfa-fetoprotein transkriptleri incelenerek test edildi. Bu transkriptler 5 farklılaşmış hücrenin 3 'ünde görüldü ancak 3 farklılığım yitirmiş hücre hattında görülmedi. Daha sonra, 25 HCC örneği p73 geninin seçilmiş ekzonlarmdaki olası mütasyonlan belirlemek amacıyla non-radyoaktif heterodupleks testi, radyoaktif SSCP analizi, restriksiyon enzim analizi ve DNA dizi analizi yöntemleri ile tarandı. p53 geninin en çok mütasyona uğradığı bilinen ekzonlarma benzerlik gösteren p73 eksonlarmda mutasyon bulunmadı. Bu gözlemlerden yola çıkarak, p73 geninin HCC de mütasyona uğramadığı, ama hepatoselüler farklılaşmada kritik bir rol oynayabileceği sonucunu çıkardık. p73p sadece farklılaşmış hücrelerde görüldüğünden, bu form karaciğere-özgün genlerin RNA ifadesinin düzenlenmesinde rol oynayabilir. Bu hipotezin ek çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT ANALYSIS OF p73 GENE IN HEPATOCELLULAR CARCINOMA Necati Fındıklı M.S. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Prof. Dr. Mehmet Öztûrk August 1998 Hepatocellular carcinoma (HCC) is the eighth most frequent cancer worldwide. Epidemiologically-studied risk factors include hepatitis B virus (greater than 80%), hepatitis C virus and aflatoxins. Molecular mechanisms of hepatocarcinogenesis are poorly understood. The only gene known to be consistently involved in these tumors is the p53 tumor suppressor gene. However, this gene was found to be mutated or inactivated in about 30% of HCC. There is a need to study additional genes in order to fully understand hepatocellular carcinogenesis. p73 has been identified recently as a p53-homolog gene. In this study, we analyzed the possible involvement of this gene in HCC. We investigated both the expression and structure of p73 gene in HCC for possible alterations. We first developed a novel method to analyze the expression of alternatively spliced transcripts of p73 (p73a and p73|3) simultaneously. This technique, based on RT-PCR, allows the analysis of p73 transcripts semi-quantitatively. We found that p73a was expressed ubiquituously in 8 cell lines derived from normal liver or HCC tumors. Interestingly, p73|3 was present only in 5 differentiated but not in 3 undifferentiated cell lines. The differentiation status of these cell lines were tested by the analysis of albumin and a-fetoprotein transcripts by RT-PCR. These transcripts were present in 3/5 differentiated but not in 3 undifferentiated cell lines. Next, we screened 25 HCC samples for possible mutations of p73 gene at selected exons with non-radioactive heteroduplex test, radioactive SSCP analysis, restriction enzyme analysis and DNA sequencing. No alterations were found in exons homologous to those of p53 known to harbor mutational hotspots.From these observations, we conclude that p73 gene is not mutated in HCC, but it may play a critical role in hepatocellular differentiation. As p73p was found in differentiated cell lines, this form may be involved in transcriptional regulation of liver-specific genes. Additional studues are needed to confirm this hypothesis.
Benzer Tezler
- Acquired expression of transcriptionally active p73 in hepatocellular corcinoma cells
Karaciğer kanseri hücrelerinde p73'ün transkripsiyonel olarak aktif formunun edinilmiş ifadesi
ABDÜLKADİR EMRE SAYAN
Doktora
İngilizce
2002
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Determination and verification of new targets in liver cancer
Karaciğer kanserinde yeni hedeflerin belirlenmesi ve doğrulanması
UMUT EKİN
Doktora
İngilizce
2022
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Helicobacter pylorı ve epstein barr virüsü ilişkili gastrik karsinomların P73 ekspresyon profili ve klinikopatolojik parametrelerle ilişkisi
The relationship between helicobacter pylori and epstein barr virus-associated gastric carcinomas with P73 expression profile and clinicopathological parameters
BURCU GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Moleküler TıpBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA ÖZÇELİK
- Kolorektal kanser olgularında atm, RAD51 veTP73 genetik varyasyonlarının incelenmesi
Investigation of ATM, RAD51 and tp73 genetic variations in colorectal cancer patients
MERVE YAZICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAKİR ÜMİT ZEYBEK
- Identifcation of the interacting domain of P53 family members with P33 ING1 protein
P53 protein ailesinin P33 ING1 proteini ile ilişkiye giren bölgesinin belirlenmesi
DENİZ DİNÇEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY