Geri Dön

Acquired expression of transcriptionally active p73 in hepatocellular corcinoma cells

Karaciğer kanseri hücrelerinde p73'ün transkripsiyonel olarak aktif formunun edinilmiş ifadesi

  1. Tez No: 129236
  2. Yazar: ABDÜLKADİR EMRE SAYAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2002
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 161

Özet

ÖZET Karaciğer kanseri hücrelerinde p73'ün transkripsiyonel olarak aktif formunun edinilmiş ifadesi A. Emre Sayan Doktora Tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tez yöneticisi: Prof. Dr. Mehmet Öztürk 2002, 127 sayfa P53 geni tümör oluşumu sırasında en sık mutasyona uğrayan gendir. Tanımlanmasından 1997 yılma kadar, p53 geninin insan genomunda yalnız olduğu düşünülüyordu. p53 proteininin fonksiyonel homologları kodlayan p73 ve p63 genleri sırasıyla 1997'de ve 1998'de bulunmuştur. p53'ün aksine, p73 veya p63 geni olmayan farelerin tümör oluşumuna yatkınlıklarında bir değişiklik olmadığı gibi, bu genlerde görülen mutasyon sıklığı da p53'e oranla çok düşüktür. Ayrıca yine p53'ün aksine, p73 ve p63'te kapsamlı bir alternatif kırpılma ve gen ifadesi değişimleri bulunmaktadır. Bu sebeplerden dolayı, bu yeni p53 homologları atipik ve Knudson hipoyezine uymayan tümör baskılayıcı genler olarak değerlendirilmektedir. Aflatoksine bağlı, bir kodona özgül p53 mutasy onunun HCC etiyopatoloj isindeki önemi, p53'ün fonksiyonel kaybının HCC gelişiminde önemli bir faktör olduğunu vurgulamaktadır. p53 mutasy onlarının HCC 'deki önemi ile ilgili pek çok çalışma olduğu halde, p53 homologları ile ilgili çalışma çok azdır. Bu nedenle biz, yeni p53 homologlarından biri olan p73'ün HCC gelişimindeki olası rolünü araştırdık. Bunun için p73'ün 3' alternatif kırpılma ve ifade profilini bir seri HCC kökenli hücre hattında araştırdık. Sonuçlarımız, p73'ün normal karaciğere kıyasla HCC hücre hatlarında kırpılma ve ifade değişimlerine uğradığını gösterdi. İnsan genom projesinin tamamlanmasının ardından p73 genini taşıyan kontig databaza sunuldu. p63 geninde bir alternatif promotorun varlığı ve fare p73'ünde bir alternatif promotorun tanımlanması üzerine p73 genininde olası bir promotor ve ekson tanımlamak üzere in siliko bir analiz yaptık. Çalışmalarımız sonucunda insan p73 geninden kodlanan yeni bir transkripti in vivo olarak tanımladık. Bu transkriptten oluşacak olası proteinde transaktivasyon bölgesi olmayacağından bu proteini VI'Dominant Negatif p73' (DN-p73) ve önceden bilinen p73 formunu da 'Transaktive Edebilen p73' (TA-p73) olarak adlandırdık. Bu iki transkriptin promotorları farklı olduğundan ve muhtemelen farklı transkripsiyon faktörleri tarafından regüle edildiklerinden, bunların ifadesini yarı-kuantitatif RT-PCR metoduyla çalıştık. Normal karaciğerde sadece DN-p73 ifadesine rastlarken; HCC kökenli hücre hatlarının çoğunun ve primer HCC tümörlerinden bazılarının DN-p73 ifadesini korurken, TA-p73 ifadesini edindiklerini gösterdik. TA-p73 promotorunda E2F1 transkripsiyon faktörü bağlanma noktaları bulunmaktadır. Retinoblastoma proteini (pRB) E2F1 transkripsiyon faktörünün en güçlü inhibitörlerinden biridir ve Rb yolu bileşenlerinin regülasyonundaki bozukluklara HCC de sıklıkla rastlanmaktadır (Rb geni mutasyonları ve pRB proteini yıkımıyla ilgili bozukluklar ile plö'nın mutasyonları ve epigenetik mekanizmalar ile inaktivasyonu). Biz TA-p73'ün bazı HCC kökenli hücre hatları ve primer HCC tümörlerinde edinilmiş ifadesi gösterdiğimizden, bu ekspresyonun Rb yolu regülasyonundaki bozuklukların indikatörü ve sebebi olabileceğini düşündük. Bu hipotezi pRb, pl6 ve endojen E2F1 transkripsiyon faktörü hedeflerinin (cyclin E, pl4ARF and TA-p73) ifadesi analizini yaparak test ettik. Sonuçlarımız Rb yolu bileşenlerinde %75 inaktivasyon ve TA-p73 ifadesi ile de kısmi bağdaşma olduğunu gösterdi. TA-p73, p53'ün pro-apoptotik ve hücre döngüsü düzenleyicisi fonksyonlarmı taklit ettiğinden, aslında TA-p73'ün HCC hücrelerindeki edinilmiş ifadesi tumor gelişimini desteklememektedir. Mutant p53 proteinin, p53 ve TA-p73 proteinlerinin pro-apoptotik fonksiyonlarını engellediği bilindiğinden, 15 HCC kökenli hücre hattında p53 proteininin durumunu kontrol ettik. Bu hücre hatlarının %87'sinde mutant veya fonksiyonel olmayan p53 olduğunu tesbit ettik. Özetle, fare DN-p73'ünün insan homologunu tanımladık ve p73 geninden sentezlenen 3' alternatif kırpılma ve 5' farklı promotor sonucu oluşan değişik gen ürünlerinin, normal karaciğere kıyasla primer tümörler ve HCC kökenli hücre hatlarındaki ifadesinin analizini yaptık. Ayrıca TA-p73 ifadesini Rb yolu inaktivasyonu ve mutant p53 expresyonu varlığı ile bağdaştırdık. VII

Özet (Çeviri)

ABSTRACT Acquired expression of transcriptionally active p73 in hepatocellular carcinoma cells A. Emre Sayan Ph.D. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Prof. Dr. Mehmet Öztürk 2002, 127 pages P53 gene is the most common mutated tumor suppressor gene during tumorigenesis. From its description till 1997, p53 gene was thought to stand alone in the human genome. In 1997, p73 gene and in 1998, p63 gene was identified which are encoding functional homologues of p53 protein. Unlike p53, the knock out mice for p73 and p63 genes did not yield a tumor prone phenotype and the mutation frequency of these genes is very low compared to p53 gene. There is also extensive alternative splicing and changes in the expression pattern of p73 and p63, unlike p53. Thus the new p53 homologues were considered as non-classical and non-Knudson type tumor suppressor genes. A codon specific, aflatoxin ingestion related p53 mutation was shown to be important in the ethiopathology of HCC so loss of p53 function is a major factor during HCC development. The rate of p53 functional inactivation was determined by lots of studies in HCC but the knowledge for new p53 homologues is scarce. We aimed to define the probable function of the new p53 homologue, p73 in HCC development. For this purpose, we have analyzed the 3' alternative splicing and expression pattern of p73 in a series of HCC derived cell lines. Our results showed the alteration of splicing and expression in HCC cell lines compared to normal liver. ^ After the completion of human genome project, the contig harboring the p73 gene“U was entered to the public database. With the hints of the presence of an alternative M promoter in the p63 gene and the description of the alternative promoter in mouse -jty p73 gene, we have made an in silico analysis to identify the probable promoter and ^”B exon within p73 gene. Our studies revealed the in vivo description of a new human > » p73 encoded transcript. The proposed protein product of the transcript was lacking the transactivation domain so it was named as Dominant Negative p73 (DN-p73) and IV ±nthe former p73 was renamed as Transactivating p73 (TA-p73). Since the promoters of these two transcripts are different and probably under the regulation of different transcription factors, we studied the expression pattern of them by semi quantitative RT-PCR method. We have shown the presence of only DN-p73 in normal in normal liver. HCC derived cell lines and primary HCC tumors also express DN-p73 together with the acquired expression of TA-p73 in most of the cell lines and some of the primary HCC tumors. The promoter of TA-p73 was shown contain E2F1 transcription factor binding sites. The Retinobastoma protein (pRb) is the most potent inhibitor of the E2F1 transcription factor and the dysregulation of the Rb pathway components is a common event in HCC development (Rb gene mutations and proteolytic dysregulation of pRb and mutational and epigenetic inactivation of pi 6). We have shown the expression of TA-p73 in some of the HCC derived cell lines and primary HCC tumors so the acquired expression of TA-p73 in HCC cells might be the indicator and the effect of of Rb pathway dysregulation. We tested this hypothesis by analyzing the expression of pRb and pi 6, together with the endogenous E2F1 transcription factor targets such as cyclin E, pl4ARF and TA-p73. Our results showed a 75% inactivation of Rb pathway components and a partial correlation of TA-p73 expression in HCC cells. The acquired expression of TA-p73 in HCC cells is unfavorable during tumorigenesis since TA-p73 mimics the pro- apoptotic and cell cycle regulatory function of wild type p53. Mutant p53 proteins were shown to inhibit the pro-apoptotic fuction of wild- type p53 and TA-p73. We have analyzed the p53 protein status of 15 HCC derived cell lines and defined the presence of mutant p53 or no functional p53 protein in 87% of the HCC derived cell lines. As a summary, we have identified the human homologue of mouse DN-p73 and defined the 3' alternative splicing and 5' differential promoter initiation products of p73 gene encoded products in normal liver versus a series of HCC derived cell lines and primary tumors. Moreover we have correlated the expression of TA-p73 with Rb pathway inactivation and expression of mutant p53 proteins. V

Benzer Tezler

  1. Tez No

    519008

    Investigating the role of the mediator complex in estrogen receptor alpha-mediated transcription

    Medıator kompleksin östrojen reseptörü alfanın düzenlediği transkripsiyondaki rolünün araştırılması

    TUĞÇE CANAVAR YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyokimyaİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MURAT ALPER CEVHER

  2. Tez No

    416559

    Characterization of molecular-level changes due to MicroRNA-125b expression in breast cancer cells by spectroscopic and chemometric analysis techniques

    Meme kanseri hücrelerinde MikroRNA-125b ifadesinin moleküler düzeyde neden olduğu değişimlerin spektroskopik ve kemometrik analiz teknikleri ile karakterizasyonu

    NİHAL ŞİMŞEK ÖZEK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDE SEVERCAN

    DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  3. Tez No

    716098

    Mediatör kompleksinin östrojen reseptörü-pozitif meme kanserinin tamoksifen direncindeki rolü

    The role of mediator complex in tamoxifen resistance of er-positive breast cancer

    PELİN GÜLİZAR ERSAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ONUR ÇİZMECİOĞLU

  4. Tez No

    810379

    Analysis of the promoter of the barley gene, blt4.9, which encodes a lipid transfer protein

    Bir lipid transfer protein kodlayan arpa geni blt4.9'un promotör analizi,

    ŞENAY VURAL KORKUT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    BiyoteknolojiUniversity of Newcastle upon Tyne

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MONICA HUGHES

  5. Tez No

    474492

    Meme karsinomunda epitelyal mezenşimal dönüşümün E-kadherin, snail, TGF-β, lyric ve fibronektin antikorları ile immünohistokimyasal olarak değerlendirilmesi

    Immunohistochemical evaluation of epithelial mesenchymal transition in breast carcinoma by E-cadherin, snail, TGF-β, lyric and fibronectin antibodies

    EMİNE EBRU TAMİRCİ DENİZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    PatolojiBaşkent Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU ŞEBNEM AYVA

Geri Dön