Determination of Campylobacter ssp. isolates from stool samples and their antibiotic susceptibility
Dışkı örneklerinden Campylobacter spp. izolatlarının elde edilmesi ve bu izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
- Tez No: 793799
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ, DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR SAĞIROĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Campylobacter spp, Quinolone resistance, MALDI-TOF MS, AST, MAMA PCR
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Bu çalışma Erciyes Üniversitesi hastanelerine ishal şikâyeti ile başvuran hastalarda Campylobacter izolatlarının prevalansını belirlemek, antibiyotik direncini ortaya çıkarmak ve kinolon direncini genetik olarak saptamak amacıyla yapılmıştır. Erciyes Üniversitesi hastanelerine ishal şikâyeti ile başvuran bireylerden alınan dışkı örnekleri (150) mikrobiyoloji laboratuvarına gönderildi. Gaita örneklerinin ilk izolasyonunda gram boyama, son izolasyonunda ise selektif besiyeri kullanıldı. Kültürde üreyen Campylobacter izolatlarının tür düzeyinde teşhisi MALDI-TOF MS ile yapıldı, izolatların sırasıyla %82,4 (42/51) ve %17,6 (9/51) oranlarında C. jejuni ve C. coli oldukları belirlendi. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri (AST) Mueller Hinton Fastidious (MHF) agarda EUCAST tavsiyelerine göre disk difüzyon yöntemi ile yapıldı. Siprofloksasin, tetrasiklin ve eritromisin için sırasıyla %94 (47/50), %58 (29/50) ve %2 (1/50) direnç oranları belirlendi. C. jejuni suşlarının her üç antibiyotiğe karşı C. coli'den daha dirençli olduğu görüldü. Siprofloksasine dirençli izolatlardaki mutasyonları belirlemek için gryA geninin PCR ürünleri, spesifik bir primer kullanılarak mismatch amplifikasyon mutasyon testi (MAMA PCR) ile elde edildi ve dizi analizi yapıldı. Dizilenen 7 izolatın tamamında kinolon direncinin bir belirteci olan Thr-86 to-I mutasyonu gözlendi. Yine bu çalışmada 7 sessiz mutasyon 2 tane de novel mutasyon saptandı. incelenen dışkı örneklerinden %35,33 (53/150) oranında Campylobacter spp. izole edilmiş olup, pozitif izolatların çoğu (%64,15, 34/25) 0-10 yaş grubundan, özellikle erkeklerden elde edilmiştir (%75,5, 40/ 53). Anahter kelimeler: Campylobacter spp., kinolan direnci, MALDI-TOF MS, ADT, MAMA PCR
Özet (Çeviri)
This study was carried out to determine the prevalence of Campylobacter isolates, to reveal antibiotic resistance and to genetically detect quinolone resistance in patients who applied to Erciyes University hospitals with the complaint of diarrhea. Stool samples (150) from individuals with diarrhea who applied to different units at Erciyes University hospitals sent to the microbiology laboratory. Gram stain was used for the initial isolation of the stool samples, and selective medium was used for the final isolation. Species-level diagnosis of Campylobacter isolates grown in culture was determined by MALDI-TOF MS. C. jejune and C. coli strains were determined at the rates of 82.4% (42/51) and 17.6% (9/51), respectively. Antibiotic susceptibility tests (AST) of the isolates were assigned on Mueller Hinton Fastidious (MHF) agar according to the EUCAST recommendations by disc diffusion method. Respectively 94% (47/50), 58% (29/50) and 2% (1/50) resistance rates determined for ciprofloxacin, tetracycline, and erythromycin. C. jejuni strains showed higher resistance to all three antibiotics more than C. coli. To identify mutations in isolates resistant to ciprofloxacin, PCR products of the gryA gene were obtained by mismatch amplification mutation test (MAMA PCR) using a specific primer and sequenced. Thr-86 to-I mutation, which is a marker of quinolone resistance, was observed in all 7 isolates sequenced. Again, in the current study, while 7 silent mutations were identified, 2 novel mutations were detected. Campylobacter spp. was isolated at a rate of 35.33% (53/150) from the stool samples examined, and most of the positive isolates (64.15%, 34/25) were obtained from 0-10 age group, especially male (75.5%, 40/53) individuals.
Benzer Tezler
- Kasaplık sığırlarda campylobacter varlığının ISO 10272-1:2017 ile belirlenmesi
Determination of campylobacter presence in slaughtered cattle by ISO 10272-1:2017
FATMA GÜRLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Besin Hijyeni ve TeknolojisiBursa Uludağ ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE GÜL EYİGÖR
- Çeviren ineklerde bakteriyel infertilite nedenlerinin ve sıklığının belirlenmesi
Determination of causes and incidence of bacterial infertility in repeat breeder cows
MÜCAHİT PALAZ
Doktora
Türkçe
2018
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜJGAN İZGÜR
- Nevşehir Bölgesi ʼnde satışa sunulan tavuk karkaslarından izole edilen campylobacter jejunı izolatlarının moleküler karakterizasyonu ve antibakteriyel duyarlılıklarının belirlenmesi
Determination of molecular characterization and antibacterial sensitivities of campylobacter jejuni isolated from chickhen carcasses offered for sale in Nevşehir Region
CAN YAMAN
Doktora
Türkçe
2024
Besin Hijyeni ve TeknolojisiErciyes ÜniversitesiVeteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
DOÇ. DR. HARUN HIZLISOY
- Akut gastroenteritli hastaların klinik örneklerinde salmonella, shigella ve campylobacter türlerinin kültür ve PCR yöntemi ile tespit edilmesi ve antibiyogram duyarlılığının saptanması
Determination of salmonella, shigella and campylobacter species by culture and PCR method in clinical samples of patients with acute gastroenteritis and determination of antibiotic sensitivity
GAMZE AVCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GastroenterolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ KİRAZ
- Klinik örneklerden campylobacter türlerinin üretilmesinin araştırılması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Investigation of growth of campylobacter species from clinical specimens and determination of their antimicrobial susceptibility
RECEP BORUCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI