Preimplantation genetic diagnosis in balanced rearrangement carriers and investigation of inter chromosomal effect
Dengeli yapisal kromozom anomalisi taşıyıcılarında preimplantasyon genetik tanı ve kromozomlar arası etkilerin incelenmesi
- Tez No: 797664
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALPER YILMAZ, PROF. DR. ŞEHİME GÜLSÜN TEMEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Genetik, Biostatistics, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 125
Özet
Dengeli yapısal kromozom anomalisi (YKA) taşıyıcıları, yüksek oranda dengesiz gamet üretimi ve buna bağlı olarak transfer edilebilir embriyo sayısının düşük olması nedeniyle IVF tedavilerine başvuran hastaların içersinde en kötü prognozlu hasta gruplarından birini oluşturmaktadır. Taşıyıcılara ait genetik ve klinik birçok özelliğin tedavi sonuçları üzerindeki etkileri ne kadar ortaya konulabilirse, tedavi verimliliğinin arttırılması da o derece mümkün olacaktır. Bu faktörlerin ortaya konması bu hastalara daha kişiselleştirilmiş bir tedavi sunulmasına ve bebek sahibi olma şanslarının artırılmasını sağlamak için gereklidir. Bu gibi konuların yanında ayrıca, 1963'te,“kromozomlar arası etki”(KAE) adlı bir hipotez ile, YKA taşıyıcılarının embriyolarında YKA dışındaki diğer kromozomların da segregasyon açısından negative yönde etkileneceği iddia edilmiştir. Bu hipotez çoğunlukla gözleme dayalıdır, istatistiksel kanıtlardan yoksundur ve analitik araçlarla test edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı, tek bir merkezden bugüne kadarki en geniş veri setini kullanarak transfere uygun, normal/dengeli embriyoların oranını etkileyen faktörleri araştırmak ve“KAE”hipotezini test etmekti. Nihai hedef, preimplantasyon genetik testi (PGT) için başvuran hastalar için kişiselleştirilmiş tedavilerin geliştirilmesi ve makine öğrenmesi algoritmaları kullanarak tahmine dayalı modeller oluşturmaktı. Veri analizi, 2015-2019 yılları arasında Şişli Memorial Hastanesi Tüp Bebek ünitesine başvuran 300 çiftin genetik ve klinik sonuçlarını içermektedir. Kontrol grubu, birçok klinik özellik açısından bire-bir eşleştirilen vakalardan seçildi. aCGH ve NGS yöntemleriyle analiz edilen 1835 embriyo ve 117.033 kromozom çifti üzerinde SPSS ve R-yazılımı kullanılarak istatistiksel analiz yapıldı. Taşıyıcıların yeniden düzenleme tipi, anne yaşı ve cinsiyetinin transfer edilebilir embriyo oranı üzerinde önemli etkileri olduğu tespit edildi. KAE'ye dair bir kanıt bulunmadı ve bu nedenle hipotez (en azından) bu veriseti için reddedildi. Bu çalışma, gelecekte YKA hastaları için kişiselleştirilmiş tedavi ve daha iyi genetik danışmanlık sağlayabilmek için parametrelerin anlaşılmasına ve gelişmiş istatistiksel yöntemler ve makine öğrenimi/yapay zeka araçlarının kullanımıyla tahmine dayalı bir model geliştirilmesine yardımcı oldu.
Özet (Çeviri)
Balanced structural chromosome rearrangement (SR) carriers are poor prognosis patients in IVF due to the production of a high proportion of unbalanced gametes and a correspondingly low number of transferable embryos. Genetic and clinical outcomes are highly variable and not easy to predict due to a high number of factors. There is an urgent need to identify these factors in order to offer these patients a more personalized treatment and improve their chances of having a baby. Since 1963, a hypothesis entitled the“inter-chromosomal effect”(ICE) claimed that SRs induce further chromosomal abnormalities among non-rearranged chromosomes in gametes/embryos. This hypothesis is mostly based on observation, lacks statistical evidence and needs to be tested with analytical tools. The purpose of this study was therefore to investigate factors that affect the proportion of chromosomally balanced embryos available for transfer and test the“ICE”hypothesis. The end goal was to establish predictive models using machine learning algorithms to improve personalized treatments for SR carriers seeking preimplantation genetic testing (PGT-SR). Data analysis comprised genetic and clinical outcomes from 300 couples referred to Şişli Memorial Hospital in vitro Fertilization (IVF) unit between 2011-2019. A well-matched control group was selected from the same database. 1835 embryos and 117,033 chromosome pairs were analyzed by array comperative genomic hybridization (aCGH) and next generation sequencing (NGS). Statistical analysis was performed using SPSS and R-software. Rearrangement type, maternal age and sex of the carrier were found to have significant impacts on the proportion of transferable embryos. Results did not support any evidence for an ICE and the hypothesis was therefore rejected. This study helped to provide a predictive model with the use of advanced statistical and machine learning tools to reveal parameters to provide personalized treatment and better genetic counselling for PGT-SR couples in the future.
Benzer Tezler
- Farklı kültür ortamlarının embriyo gelişim üzerine etkileri
Embryo development effects of different culture media
CİHAN GÖKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Histoloji ve EmbriyolojiYeni Yüzyıl ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN ORAL
- Fetal foku interfaz nükleuslarında 13, 18, 21, X ve Y kromozom anöploidilerinin fluoresan in situ hibridizasyon yöntemi ile araştırılması
Detection of numerical aberrations of chromosomes 13, 18, 21, X and Y in interphase nucleus of fetal tissues by fluorescence in situ hybridization
GÜLLEYLA KILIÇ
- Erkek faktörlü hastalarda embriyo gelişimi ve IVF sonuçlarının preimplantasyon genetik tanı ile değerlendirilmesi
Evaluation of embryo development and IVF results with preimplantation genetic diagnosis in patients with male factors
EMRAH GÜNGÖR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Histoloji ve EmbriyolojiBiruni ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜLAY İREZ
- Kalıtsal retinal distrofilerde genetik etiyolojinin tüm ekzom dizileme yöntemi ile retrospektif araştırılması
Retrospective investigation of genetic etiology in inherited retinal dystrophies by whole exome sequencing
ZÜLAL KELEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYFER ÜLGENALP
- ÇOMÜ Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Tanı Merkezi'nde değerlendirilen infertilite olgularına ait sitogenetik sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi
The retrospective evaluation of the cytogenetic results of i̇nfertility cases evaluated at The Medical Genetic Diagnosis Center of COMU Medical Faculty
DERYA ÖZDİL KAHVECİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SILAN