The relationships between gene variations and climate in two bird species breeding in Anatolia
Anadolu'da üreyen iki kuş türünde gen varyasyonları ile iklim arasındaki ilişkiler
- Tez No: 798429
- Danışmanlar: PROF. DR. UTKU PERKTAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Zooloji, Biology, Zoology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Çevresel etkilere karşı sirkadiyen saati düzenleyen negatif geri beslemeli bir yolakta Clock geni tarafından kodlanan CLOCK proteini transkripsiyon aktivatörü olarak görev yapar. Bu genin ürününün C-terminalinde glutamin tekrarlarına bağlı varyasyonlar bulunur. Bunun yanı sıra omurgalılarda ifade edilen Adcyap1 geni, hipofiz adenilat siklaz aktive edici polipeptidini (PACAP) kodlar. Bu ürünün birçok fizyolojik ve davranışsal karakter üzerinde çeşitli etkileri vardır. Çalışmalar, Adcyap1 geninin 3' translasyonel olmayan bölgesinde, potansiyel olarak RNA transkript modifikasyonlarına yol açan basit dizi tekrarına bağlı varyasyonları ortaya çıkarmıştır. Bu aday genlerin yaşam öyküsü fenolojileri üzerindeki etkilerine dayanan çalışmalar, farklı alelik varyasyonların tüy değişimi, dispersal zamanı ve mesafesi, göç zamanlaması, göç huzursuzluğu, göç mesafesi, göç statüsü, kuluçka büyüklüğü, kuluçka süresi, yumurtlama ve yumurtadan çıkma zamanı ve üreme enlemi gibi sirkadiyen ritimle ilgili karakterlerle ilişkili olduğunu göstermektedir. Fakat, Clock ve Adcyap1 genlerinin bu fenolojilerin altyapısını ne derece oluşturduğunu açığa çıkarmak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır. Bu tezde de bayağı ispinoz (Fringilla coelebs) ve florya (Chloris chloris) popülasyonlarındaki Clock ve Adcyap1 polimorfizmlerinin coğrafi yapısı fiksasyon indekslerini hesaplanarak ve moleküler varyans analizi, temel bileşen analizi ve STRUCTURE yazılımı kullanılarak keşfedilmeye çalışılmıştır. Ayrıca bayağı ispinoz ve florya türlerinde biyoiklimsel değişkenlerin (örneğin, sıcaklığın ve yağışın mevsimselliği, iklim heterojenliği), coğrafi değişkenlerin (örneğin, enlem, boylam ve yükseklik) ve morfolojik karakterlerin (örneğin, kanat ve vücut uzunluğu) alel uzunlukları ile olan ilişkisi lineer modeller ile incelenmiştir. Sonuç olarak, bu 2 tür için popülasyon bazında farklılaşma bulunamamıştır. Ancak özellikle Adcyap geni biyoiklimsel değişkenlerle dikkate değer bir ilişki göstermiştir. Lineer modellere göre, ispinoz alellerinin dağılımı, yukarıda hipotez edildiği gibi, iklim heterojenliği ve sıcaklığın mevsimselliği ile pozitif bir korelasyon göstermiştir. Benzer olarak, Clock alel uzunluğu ispinozda boylam ile ilişkilendirilmiştir. Göçle ilgili morfolojik karakterler olan primer, kuyruk ve vucüt uzunluğu ile Adcyap1 uzunluğu arasında her iki tür için de pozitif ilişkiler bulunmuştur. Sonuçlar minimum alelin her iki gen bölgesi için baskın etki gösterebileceğini düşündürmektedir. Son olarak, florya popülasyonlarının heterozigotluğu ile Clock gen uzunluğunun ilişkili olduğu gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
CLOCK protein is encoded by the Clock gene in a negative feedback loop which regulates the circadian clock in response to environmental stimuli by functioning as a transcription activator. Glutamine repeat variations are found at the C-terminus of the product of this gene. The other gene, Adcyap1, expressed in vertebrates encodes pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide (PACAP). This product has several impacts on physiological and behavioral characters. Studies have revealed simple sequence repeat variation in the 3' non-translational region of the Adcyap1 gene, possibly leading to RNA transcript modifications. Studies based on the effects of these candidate genes on life history phenologies show that different allelic variations are associated with circadian rhythm-related characters such as feather change, dispersal timing and distance, migration timing, migration restlessness, migration distance, migration status, clutch size, incubation duration, laying and hatching date, and breeding latitude. However, further studies are needed to reveal the extent to which the Clock and Adcyap1 genes constitute the genetic basis of these phenologies. In this thesis, the geographic structure of the Clock and Adcyap1 polymorphisms in the common chaffinch (Fringilla coelebs) and the European greenfinch (Chloris chloris) populations was tried to be discovered by calculating fixation indices and using analysis of molecular variance, principal component analysis, and STRUCTURE software. In addition, associations of bioclimatic variables (e.g., seasonality of temperature, precipitation, and climate heterogeneity), spatial variables (e.g., latitude, longitude, and altitude), and morphological characters (e.g., wing and body length) with allele lengths were investigated by linear models in chaffinch and greenfinch species. As a result, no population differentiation was found for these 2 finch species. However, especially the Adcyap gene showed remarkable relationships with bioclimatic variables. According to linear models, the distribution of chaffinch alleles was positively correlated with climate heterogeneity and temperature seasonality, as hypothesized above. Similarly, Clock allele length of chaffinch was correlated with longitude. Positive associations were also found between the migration-related morphological characters, primary, tail, and body length, and Adcyap1 length in both species. The combined results suggest that the minimum allele lengths might show dominant effects for both gene regions. Finally, it was observed that the heterozygosity of greenfinch populations was associated with the mean Clock gene length.
Benzer Tezler
- Markov zincirleri ile pazar payı tahmini ve renkli televizyon pazarına ilişkin bir uygulama
Market share estimation of colored TV with markov chains for the period of 1990-1995
BÜLENT MENGÜÇ
- Triticum boeoticum Boiss. ve T. urartu Thum. ex Gandil. popülasyonlarının yeni nesil dizileme yöntemi ile araştırılması
Investigation of Triticum boeoticum Boiss. ve T. urartu Thum. ex Gandil. populations with next generation sequencing methods
ATA UMUT ÖZSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURCU TARIKAHYA HACIOĞLU
- Nadir ve daryayılışlı Scutellaria yildirimlii M. Çiçek & Yaprak, Sideritis gulendamii H.Duman & F.A. Karavelioğulları ve Salsola grandis Freitag, Vural & N. Adıgüzel Türlerinin ISSR tekniği ile genetik çeşitliliğinin koruma amaçlı belirlenmesi
The assessment of genetic diversity of Three Rare and Narrowly Distributed Endemic specıes Scutellaria yildirimlii M. Çiçek & Yaprak, Sideritis gulendamii H. Duman & F. A. Karavelioğulları and Salsola grandis Freitag, Vural & N. Adıguzel by using ISSR fingerprinting in terms of conservation
MERVE YILDIRIM
- Türk Holstein boğalarının FASN geni varyant genotipleri ile etin yağ asitleri arasındaki ilişki
The relationship between FASN gene variant genotypes and fatty acids of meat in Turkish Holstein bulls
HİLAL ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikTrakya ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SÜLEYMAN KÖK
DR. SERTAÇ ATALAY
- Mısır (Zea mays L.) bitkisinde dna metilasyonu ve heterosis ilişkileri üzerine bir araştırma
A study on the dna methylation and heterosis relations in maize (Zea mays L.)
EMİNE UYGUR GÖÇER
Doktora
İngilizce
2019
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET KARACA