Klinik klebsiella pneumonıae izolatlarında fenotipik ve genotipik yöntemlerle karbapenemaz araştırılması
Investigation of carbapenemase in clinical klebsiella pneumoniae strains by phenotypic and genotypic methods
- Tez No: 799797
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE MELTEM YALINAY
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae, Modifiye Hodge testi, Karbapenem inaktivasyon yöntemi, Carbapenemase producing Klebsiella pneumoniae, Modified Hodge test, Carbapenem inactivation method
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Karbapenemazları eksprese eden Enterobacterales'in dünya çapında yayılması, halk sağlığı açısından önemli bir risk taşımaktadır. Karbapenemazlar küresel dağılım göstermektedir. Kıtasal, ulusal, bölgesel ve hatta merkezden merkeze görülme sıklığında önemli değişiklikler gözlenmektedir. Karbapenemazların saptanmasına yönelik birçok fenotipik ve genotipik test bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, Klebsiella pneumoniae suşlarındaki karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle duyarlılığının karşılaştırılmasının yanı sıra lokal, ulusal ve uluslararası karbapenemaz epidemiyolojik verilerine katkıda bulunmaktır. Çalışmamıza Ocak 2020- Mart 2021 tarihleri arasında, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 76 hastaya ait olan 95 adet Klebsiella pneumoniae izolatı dahil edilmiştir. Karbapenemaz tarama kriterlerine uyan tüm izolatlara, karbapenemaz varlığını fenotipik olarak göstermek amacıyla, karbapenem inaktivasyon yöntemi ve Modifiye Hodge testi uygulanmıştır. Çalışmamızda Modifiye Hodge testinin duyarlılığı %94, karbapenem inaktivasyon yönteminin duyarlılığının %91 olduğu görülmüştür. Genotipik test olan PCR sonuçları değerlendirildiğinde, izolatların %69.2'sinde tek başına OXA-48, %16.7'sinde OXA-48+NDM birlikteliği, %2.6'sında OXA-48+VIM birlikteliği, %1.3'ünde OXA-48+KPC birlikteliği, %5.1'inde tek başına KPC, %3.8'inde KPC+VIM birlikteliği görülmüştür. 1 izolatta OXA-48+KPC+VIM olmak üzere üç gen bölgesi görülmüştür. Genotipik değerlendirmede kullanılan PCR moleküler analiz yönteminin duyarlılığının %100 olduğu gösterilmiştir. Karbapenem inaktivasyon yöntemi ve Modifiye Hodge testinin duyarlılıklarının çalışmamızda yüksek çıkması ve PCR testi ile karşılaştırıldıklarında uygulanabilirliklerinin fazla olması nedeniyle rutin laboratuvarlarda daha rahat kullanılabilir. Ancak moleküler testlerdeki duyarlılığın tam olması sebebiyle genotipik yöntemlerle doğrulama direnç sürveyans çalışmaları açısından önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
The worldwide spread of Enterobacterales expressing carbapenemases poses a significant public health risk. Carbapenemases show a global distribution. Continental, national, regional and even from center to center there are significant variations in the incidence. There are many phenotypic and genotypic tests for the detection of carbapenemases. The aim of this study is to contribute to local, national and international carbapenemase epidemiological data, as well as to compare the susceptibility of carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae strains with phenotypic and genotypic methods. Our study included 95 Klebsiella pneumoniae isolates belonging to 76 patients, isolated from various clinical samples sent to Gazi University Medical Faculty Medical Microbiology Laboratory between January 2020 and March 2021. Carbapenem inactivation method and Modified Hodge test were applied to all isolates that met the carbapenemase screening criteria in order to phenotypically demonstrate the presence of carbapenemase. In our study, the sensitivity of the Modified Hodge test was %94, and the sensitivity of the carbapenem inactivation method was %91. When the PCR results were evaluated, OXA-48 alone in %69.2 of the isolates, OXA-48+NDM in %16.7, OXA-48+VIM in %2.6, OXA-48+KPC in %1.3 ,KPC alone in %5.1, %3.8 had KPC+VIM together. Three gene regions, OXA-48+KPC+VIM, were seen in 1 isolate. The sensitivity of the PCR molecular analysis method used in genotypic evaluation has been shown to be %100. Since the sensitivity of the carbapenem inactivation method and the Modified Hodge test was higher in our study and their applicability is higher compared to the PCR test, they can be used more easily in routine laboratories. However, due to the full sensitivity of molecular tests, confirmation by genotypic methods is important for resistance surveillance studies.
Benzer Tezler
- Toplum ve hastane kaynaklı klebsiella pneumoniae suşlarında oxa-48 ve alt türevlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi
Determining OXO-48 and its variants with conventional and molecular methods in klebsiella pneumoniae isolates originated from community and hospital
ARZU UYANIK PARLAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU
- Kan kültüründen izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of the presence of carbapenemase in K. pneumoniae and E.coli strains isolated from blood culture by phenotypic and molecular methods
ASİYE BIÇAKÇIGİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU SANCAK
- Kateter kaynaklı kan dolaşımı enfeksiyonu etkenlerinin belirlenmesi ve biyofilm oluşumunun fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Determination of etiologic agents of catheter related bloodstream infection and investigation of biofilm formation by phenotypic and genotypic methods
SİBEL GÜMÜŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METE EYİGÖR
- Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti
An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.
ÖZGE ALKAN BİLİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR
- Klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem ve kolistin direnç mekanizmalarının moleküler olarak araştırılması
Molecular investigation of carbapenem and colistin resistance mechanisms in klebsiella pneumoniae isolates
NESLİHAN GENİŞEL
Doktora
Türkçe
2020
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİ GÜL