Geri Dön

RFLP ile HCV türünün tayini

Determination of the HCV genotype by RFLP

  1. Tez No: 80186
  2. Yazar: KAZIM SOYLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İSMAİL HAKKI GÖKHUN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Kronik hepatit, PCR, HCV-Genotip, RFLP 85, Cronic hepatitis, PCR, HCV-Genotype, RFLP 86
  7. Yıl: 1997
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

ÖZET Bu çalışmada histopatolojik olarak kronik hepatit tanısı almış, Anti- HCV antikoru HCV-RNA'sı (+) olan 45 hastanın serumunda 'Restriction Fragment Length Polymorphism' (RFLP) yöntemi ile HCV türünün tayini yapılmıştır.Hastaların % 60'ı erkek olup, yaş ortalaması 42.5 ( 21-64), kadınların yaş ortalaması 45 ( 18-63) idi. Anti-HCV-Ab tayininde Abbott firmasına ait II. kuşak ELISA kiti kullanılmıştır. HCV-RNA tayininde ise hasta serumları, GSCN ve fenol- kloroform karışımları ile ekstrakte edilerek, elde edilen virüs RNA'sı ters transkripsiyon ile cDNA elde edilmiştir. Virüs genomunun çok iyi korunduğu belirtilen 5 'NCR bölgesine ait primerler kullanılarak nested- PCR yapılmıştır. PCR ürünü agarose jel elektro forezinde yürütülerek, j eldeki ethidiumbromür sayesinde bantlar görünür hale getirilmişlerdir. Bir DNA markerı ile kıyaslanarak bant büyüklüğü 25 1 bp uzunluğunda olan numuneler pozitif olarak kabul edilmiştir. 251 bp'lik bu DNA fragmanları, genotip tayini yapılmak üzere, HaelII, Rsal, Mval, Hinf I, ScrFI ve BstU I restriksiyon endonükleazları ile kesildikten sonra PAGE' de yürütülerek, baz uzunluklarına göre ayrılmaları sağlanmıştır. Bu uzunluklar 0XHae III DNA marker' ı ile kıyaslanarak tesbit edilmiştir. Hastaların 34 'ü (% 76) tip lb, 6 'sı tip la (% 12), 2 'si tip 2a ve bir tanesi tip 3 ve bir tanesi de tip 4 olarak değerlendirilmiştir. Bu bulgular daha önce 'tip spesifik primer' 1ar kullanarak yapılmış olan benzer bir çalışma ile karşılaştırılmıştır.

Özet (Çeviri)

SUMMARY (Determination of the HCV Genotype by RFLP) In this study HCV genotypes have been determinated using the RFLP technique in the sera of 45 patients who were histopathologically diagnosed as chronic hepatitis and whose anti-HCV antibodies and HCV-RNA were positive. 60 % of the patients were males with a mean age of 42.5 (21-64). Mean age of the female group was 45 (18-63). Abbott second generation ELISA kit was used for the determination of Anti-HCV antibody. Virus RNA obtained by GSCN and phenol- chloroform extraction was converted to cDNA by reverse transcription for the determination of HCV-RNA. Nested PCR was performed by using the primer belonging to 5'NCR which is known to be well conserved. PCR product is applied to agarose gel electrophoresis. Bands have been made visible making use of the ethidium bromide in the gel. Comparing with a DNA marker samples having bands of 251 bp were accepted as positive. After cutting with Hae III, Rsa I, Mva I, ScrF I and BstU I restriction endonucleases these 251 bp DNA fragments were applied to PAGE and separated according to their base lengths for the the determination of genotypes. Out of 45 patients 34 of (76 %) were evaluated as type lb, 6 ( 12 %) as type la, 2 as type 2a, one as type 3 and one as type 4. The findings were compared to a similar study which had used ' type spesific primer'.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    80205

    Ülkemizde HCV türünün tayini

    HCV genotype determination in Turkey

    KAZIM SOYLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    BiyokimyaAnkara Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL HAKKI GÖKHUN

  2. Tez No

    107602

    Diabetes Mellitus, Lichen Planus hastalarında ve damar içi madde kullanıcılarında Hepatit C virüsü taşıyıcılığı ve genotipleri

    Genotypes and carriage of hepatitis C virus in diabetes mellitus, lichen planus and intravenous drug abuser

    MELİKE AVŞAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Tıbbi BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. BEYAZIT ÇIRAKOĞLU

  3. Tez No

    352934

    Kronik hepatit C hastalarında pyrosekanslama yöntemi ile hepatit C virusu (HCV) genotiplerinin belirlenmesi

    Detection of hepatitis c virus (HCV) genotypes by pyrosequencing in chronic HCV patients

    OĞUZHAN HANCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YASEMİN BULUT

  4. Tez No

    83737

    Molecular cloning and characterization of the common 1b subtype of HCV from Turkey

    Türkiye'de baskın olarak görünen hepatit C virüsü 1b alt tipinin moleküler klonlanması ve karakterizasyonu

    ASLI ÖZTAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

  5. Tez No

    248093

    Kronik hepatit C enfeksiyonunda mannoz bağlayan lektin düzeylerinin ve mannoz bağlayan lektin polimorfizmlerinin tedavi cevabına etkisi

    Effects of levels of mannose binding lectin and mannose binding lectin polymorphisms to the response of treatment in chronic hepatitis C infection

    SÜHEYLA KÖMÜR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıÇukurova Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. A.SEZA İNAL

Geri Dön